De novo grybelio genomo surinkimas
BMKGENE siūlo universalius grybų genomų sprendimus, tenkinančius įvairius tyrimų poreikius ir pageidaujamą genomo išsamumą. Naudojant vien trumpo nuskaitymo Illumina sekos nustatymą, galima sukurti genomo juodraštį. Trumpas skaitymas ir ilgo skaitymo sekos nustatymas naudojant Nanopore arba Pacbio yra derinami, kad būtų tobulesnis grybelio genomas su ilgesniais kontigais. Be to, Hi-C sekos integravimas dar labiau padidina galimybes, leidžiančias pasiekti pilną chromosomos lygio genomą.
Paslaugos ypatybės
Priklausomai nuo norimo genomo išsamumo laipsnio, galite pasirinkti iš trijų galimų variantų:
● Juodraščio genomo parinktis: trumpo nuskaitymo sekos nustatymas naudojant Illumina NovaSeq PE150.
● Grybelinio smulkaus genomo parinktis:
Genomo tyrimas: Illumina NovaSeq PE150.
Genomo surinkimas: „PacBio Revio“ („HiFi“ skaitymas) arba „Nanopore PromethION 48“.
● Chromosomos lygio grybelio genomas:
Genomo tyrimas: Illumina NovaSeq PE150.
Genomo surinkimas: „PacBio Revio“ („HiFi“ skaitymas) arba „Nanopore PromethION 48“.
Tvirtinimas su Hi-C agregatu.
Paslaugos privalumai
●Galimos kelios sekos sudarymo strategijos: Skirtingiems tyrimo tikslams ir genomo išsamumo reikalavimams
●Visa bioinformatikos darbo eiga:Tai apima genomo surinkimą ir daugelio genominių elementų numatymą, funkcinę genų anotaciją ir kontigų tvirtinimą.
●Plati ekspertizė: Surinkę daugiau nei 12 000 mikrobų genomų, turime daugiau nei dešimtmečio patirtį, aukštos kvalifikacijos analizės komandą, išsamų turinį ir puikų palaikymą po pardavimo.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos
| Aptarnavimas | Sekos sudarymo strategija | Kokybės kontrolė |
| Genomo juodraštis | Illumina PE150 100x | Q30≥85 % |
| Puikus genomas | Genomo tyrimas: Illumina PE150 50 x Surinkimas: PacBio HiFi 30x arba Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥ 2Mb (ONT vienaląstė) contig N50 ≥ 500 kb (kiti) |
| Chromosomos lygio genomas | Genomo tyrimas: Illumina PE150 50 x Surinkimas: PacBio HiFi 30x arba Nanopore 100x Hi-C surinkimas 100x | Tvirtinimo santykis > 90 %
|
Paslaugos reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanoporas | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Iliumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Vienaląstis grybelis: ≥3,5x1010 ląstelės
Makro grybelis: ≥10 g
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
Genomo tyrimas:
- Sekos duomenų kokybės kontrolė
- Genomo įvertinimas: dydis, heterozigotiškumas, pasikartojantys elementai
Puikus genomo surinkimas:
- Sekos duomenų kokybės kontrolė
- De novoSurinkimas
- Genomo komponentų analizė: CDS ir daugelio genominių elementų numatymas
- Funkcinė anotacija su keliomis bendromis duomenų bazėmis (GO, KEGG ir kt.) ir išplėstinėmis duomenų bazėmis (CARD, VFDB ir kt.)
Hi-C surinkimas:
- Hi-C bibliotekos vertinimas.
- Kontigų inkaravimo grupavimas, užsakymas ir orientavimas
- HI-C surinkimo įvertinimas: Remiantis etaloniniu genomu ir šilumos žemėlapiu
Genomo tyrimas: k-mer pasiskirstymas
Genomo surinkimas: geno homologinė anotacija (NR duomenų bazė)
Genomo surinkimas: funkcinė genų anotacija (GO)
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene grybelių genomo surinkimo paslaugos, naudodami kuruojamą leidinių kolekciją.
Hao, J. ir kt. (2023 m.) „Integruotas vaistinio grybo Inonotus obliquus ominis profiliavimas panardinus“,BMC genomika, 24(1), p. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. ir kt. (2023) „Genomo sekos nustatymas atskleidžia kviečių aštrių akių dėmių patogeno Rhizoctonia cerealis evoliuciją ir patogeninius mechanizmus“,Augalų žurnalas, 11(2), p. 405–416. doi: 10.1016 / J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. ir kt. (2023 m.) „Keturių Clarireedia rūšių genomo ištekliai, sukeliantys dolerio dėmes įvairiose velėnose“,Augalų liga, 107(3), p. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS ir kt. (2023) „Tetrapolinės poravimosi sistemos genetiniai ir molekuliniai įrodymai valgomajame grybe Grifola frondosa“,Grybų žurnalas, 9 (10), p. 959. doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
