Eukariotų mRNR analizė (galimos nuorodos ir de novo parinktys)
Šis dujotiekis naudoja NGS RNA-SEQ duomenis kaip įvestį ir sukuria įvairių pasroviui skirtų analizių rezultatus, įskaitant, bet tuo neapsiribojant: duomenų kokybės įvertinimo sekos nustatymą,de novoTranskripcijos vietos anotacija, kintama sujungimo analizė, diferencinės išraiškos analizė, funkcijos anotacija ir praturtinimo analizė.
Ilga nekoduojanti RNR analizė
Ilgos nekoduojančios RNR (LNCRNR) yra nekoduojantys nuorašai, kurių ilgis ilgesnis nei 200 nt, ir, kaip žinoma, vaidina vaidmenį chromatino organizavime ir reguliavime. Didelio pralaidumo sekos nustatymo technologijos ir bioinformatiniai įgalino mūsų supratimą LNCRNR sekas ir informaciją apie padėties nustatymą, kad būtų galima nustatyti LNCRNR su svarbiomis reguliavimo funkcijomis. Šis dujotiekis pateikia LNCRNR analizę, be analizės, paminėtos eukariotinės mRNR analizės vamzdyne.
16S/18S/ITS amplicon seka
„Amplicon Sequencing“ mikrobų įvairovės analizės vamzdynas buvo sukurtas atsižvelgiant į ilgametę mikrobų įvairovės projekto analizės patirtį. Dujotiekyje yra standartizuota pagrindinė analizė, apimanti pagrindinį dabartinių mikrobų tyrimų ir individualizuotos analizės analizės turinį. Analizės ataskaita yra turtinga ir išsami, turint galimybę atlikti įvairią asmeninę analizę. Be to, mėginius ir grupes galima modifikuoti skrendant, kad būtų galima pritaikyti ir valdyti.
Šautuvo metagenomikos analizė
Šautuvo metagenominės analizės vamzdyne naudojami NGS duomenys iš mišrių genominių medžiagų, išgautų iš aplinkos mėginių. Įtrauktos analizės pateikia išsamią informaciją apie rūšių įvairovę ir gausą, populiacijos struktūrą, filogenetinius ryšius, funkcinius genus ir koreliacijos tinklus su aplinkos veiksniais.
NGS-WGS variantų analizė
NGS-WGS varianto analizė yra integruotas varianto aptikimo vamzdynas, atliekantis duomenų kokybės kontrolę, sekos suderinimą, anotaciją ir genų mutacijų analizę. Dujotiekis seka „GATK“ geriausią SNP ir „Indel“ aptikimo praktiką ir naudoja „Manta“ struktūriniams variantams skambinti.
Genomo plačiosios asociacijos tyrimas (GWAS)
„GWAS“ dujotiekis yra pasroviui skirta analizė, kurioje naudojama anksčiau sugeneruotų VCF failų ir atitinkamų fenotipo duomenų apie asmenų grupę kaip įvestį. Naudodamas specifines statistines metodikas, GWAS siekia atskleisti viso genomo nukleotidų pokyčius, susijusius su fenotipiniais skirtumais. Tai vaidina lemiamą vaidmenį tiriant funkcinius genus, susijusius su sudėtingomis žmonių ligomis ir sudėtingais augalų ir gyvūnų bruožais.
Birių segregacijos analizė (BSA)
BSA analizė apima asmenų, turinčių ekstremaliems fenotipiniams bruožams, kaupimą iš atskirtos populiacijos. Palyginus diferencialinius lokusus tarp sujungtų mėginių, šis metodas greitai nustato glaudžiai susijusius molekulinius žymenis, susijusius su tiksliniais genais. Plačiai naudojamas augalų ir gyvūnų genetiniam žemėlapiui, tai yra vertinga priemonė veisimui, padedant žymekliui.
Evoliucinė genetikos analizė
Evoliucinės genetikos analizės darbo eiga pasitelkia didelę Bmkgene patirtį genetinės evoliucijos projektuose ir apima filogenetinio medžio konstrukciją, ryšių pusiausvyros analizę, genetinės įvairovės vertinimą, selektyvaus šluotos identifikavimą, giminystės analizę, pagrindinių komponentų analizę ir populiacijos struktūros apibūdinimą.
