Evoliucinė genetika
Paslaugos privalumai
Takagi ir kt.,Augalų žurnalas, 2013 m
●Išsami bioinformatinė analizė:leidžia įvertinti genetinę įvairovę, kuri atspindi rūšių evoliucinį potencialą, ir atskleidžia patikimą filogenetinį ryšį tarp rūšių, kurių konvergencijos ir lygiagrečios evoliucijos įtaka yra minimali
●Neprivaloma pritaikyta analizė: pvz., skirtumo laiko ir greičio įvertinimas, pagrįstas nukleotidų ir aminorūgščių lygio pokyčiais.
●Išsamios kompetencijos ir publikacijų įrašai: BMKGene daugiau nei 15 metų sukaupė didžiulę populiacijos ir evoliucinės genetikos projektų patirtį, apimančią tūkstančius rūšių ir kt., ir prisidėjo prie daugiau nei 1000 aukšto lygio projektų, paskelbtų Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal ir kt.
● Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos komanda ir trumpas analizės ciklas: turėdama didelę pažangiosios genomikos analizės patirtį, BMKGene komanda pateikia išsamias analizes greitai ir greitai.
● Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos ir reikalavimai
| Sekos tipas | Rekomenduojama populiacijos skalė | Sekos nustatymo strategija | Nukleotidų reikalavimai |
| Viso genomo sekos nustatymas | ≥ 30 asmenų, ≥ 10 asmenų iš kiekvieno pogrupio
| 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Bendras kiekis ≥ 30 ng Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra |
| Specifinio lokuso sustiprintas fragmentas (SLAF) | Žymės gylis: 10x Žymų skaičius: <400 Mb: rekomenduojama WGS <1 Gb: 100 000 žymų 1 Gb >2Gb: 300 000 žymų Max 500k žymų | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Bendras kiekis ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozės gelis: degradacijos ar užteršimo nėra arba jis yra ribotas
|
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Paslauga apima populiacijos struktūros analizę (filogenetinis medis, PCA, populiacijos stratifikacijos diagrama), populiacijų įvairovę ir populiacijų atranką (ryšio disbalansas, selektyvus naudingų vietų atranka). Į paslaugą taip pat gali būti įtraukta individuali analizė (pvz., skirtumo laikas, genų srautas).
*Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant BMKGENE
1. Evoliucijos analizė apima filogenetinio medžio konstravimą, populiacijos struktūrą ir PCA, pagrįstą genetinėmis variacijomis.
Filogenetinis medis atspindi taksonominius ir evoliucinius ryšius tarp rūšių, turinčių bendrą protėvį.
PCA siekiama vizualizuoti subpopuliacijų artumą.
Populiacijos struktūra rodo genetiškai skirtingų subpopuliacijų buvimą alelių dažnių požiūriu.
Chen ir kt. al.,PNAS, 2020 m
2.Atrankinis šlavimas
Atrankinis nuvalymas reiškia procesą, kurio metu parenkama palanki svetainė ir padidinamas susietų neutralių svetainių dažnis, o sumažinamas nesusietų svetainių dažnis, todėl sumažėja regionų.
Genomo masto aptikimas selektyviose nuskaitymo srityse apdorojamas apskaičiuojant visų SNP populiacijos genetinį indeksą (π，Fst, Tajima's D) stumdomame lange (100 Kb) tam tikru žingsniu (10 Kb).
Nukleotidų įvairovė (π)
Tajima D
Fiksavimo indeksas (Fst)
Wu ir kt. al.,Molekulinis augalas, 2018 m
3.Genų srautas
Wu ir kt. al.,Molekulinis augalas, 2018 m
4.Demografinė istorija
Zhang ir kt. al.,Gamtos ekologija ir evoliucija, 2021 m
5.Nukrypimo laikas
Zhang ir kt. al.,Gamtos ekologija ir evoliucija, 2021 m
Naršykite BMKGene evoliucinės genetikos paslaugų pažangą per kuruojamą publikacijų rinkinį:
Hassanyar, AK ir kt. (2023 m.) „SNP molekulinių žymenų ir genų kandidatų, susijusių su Apis cerana cerana lervų atsparumu Sacbrood virusui, atradimas atliekant viso genomo sekvenavimą“,Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas, 24 straipsnio 7 dalis. doi: 10.3390 / IJMS24076238.
Chai, J. ir kt. (2022).Zoologiniai tyrimai, 2022, t. 43, 3 laida, puslapiai: 469-480, 43(3), p. 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. ir kt. (2022 m.) „Vietinio Elymus sibiricus L. filogeografinis modelis ir populiacijos evoliucijos istorija Činghajaus-Tibeto plynaukštėje“,Augalų mokslo ribos, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. ir kt. (2022).Sodininkystės tyrimai, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
