●Platformos:„Illumina NovaSeq 6000“ ir „Novaseq X Plus“
●Sekos režimai:PE150 ir PE250
●Kokybės bibliotekų kontrolė prieš seką
●Duomenų sekos nustatymas QC ir pristatymas:QC ataskaitos ir neapdorotų duomenų pateikimas „FastQ“ forma
●Seksavimo paslaugų universalumas:Klientas gali pasirinkti seką juosta, srauto ląstele arba pagal reikiamus duomenis (dalinės juostos sekos nustatymas).
●Didelė „Illumina“ sekos platformos patirtis:su tūkstančiais uždarų projektų su įvairiomis rūšimis.
●QC ataskaitos sekos pateikimas:su kokybės metrika, duomenų tikslumu ir bendtu sekos nustatymo projekto našumu.
●Subrendęs sekos nustatymo procesas:su trumpu apsisukimo laiku.
●Griežta kokybės kontrolė: Mes įgyvendiname griežtus QC reikalavimus, kad užtikrintume nuolat aukštos kokybės rezultatų pateikimą.
Platforma | Srauto ląstelė | Sekos nustatymo režimas | Vienetas | Apskaičiuota išvestis |
„Novaseq X“ | 10B (8 juostos) | PE150 | Viena juosta Dalinė juosta | 375 GB / juosta |
25b (8 juostos) | PE150 | Viena juosta Dalinė juosta | 1000 GB/juosta | |
„NovaSeq 6000“ | SP srauto ląstelė (2 juostos) | PE250 | Srauto ląstelė Viena juosta Dalinė juosta | 325–400 m skaitymas / juosta |
S4 srauto ląstelė (4 juostos) | PE150 | Srauto ląstelė Viena juosta Dalinė juosta | ~ 800 GB / juosta |
Duomenų suma (x) | Koncentracija (qPCR/nm) | Tūris | |
Dalinės juostos sekos nustatymas
| X ≤ 10 gb | ≥ 1 nm | ≥ 25 μl |
10 gb <x ≤ 50 gb | ≥ 2 nm | ≥ 25 μl | |
50 gb <x ≤ 100 gb | ≥ 3 nm | ≥ 25 μl | |
X> 100 gb | ≥ 4 nm | ≥ 25 μl | |
Juostos sekos nustatymas | Už juostą | ≥ 1,5 nm / bibliotekos baseinas | ≥ 25 μl / bibliotekos baseinas |
Be koncentracijos ir bendro kiekio, taip pat reikalingas tinkamas smailės modelis.
PASTABA: Norint užtikrinti tvirtą bazinio skambutį, reikia „Phix Spike-In“ juostos sekos.
Mes rekomenduojame kaip pavyzdžius pateikti išankstines bibliotekas. Jei jums reikia, kad BMKGENE atliktų bibliotekos kaupimą, skaitykite
Bibliotekos reikalavimai dalinio juostos sekos nustatymui.
Pagrindinė smailė turėtų būti 300–450 bp.
Bibliotekos turėtų turėti vieną pagrindinę smailę, be adapterio užteršimo ir jokių pradmenų dimerių.
Prieš seką, įvertinant bibliotekos sumą ir suskaidymą, pateikiama ataskaita apie bibliotekos kokybę.
1 lentelė. Duomenų sekos nustatymo statistika.
ID ID | Bmkid | RAW skaito | Neapdoroti duomenys (BP) | Švarūs skaitymai (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6 861 036 000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
1 paveikslas. Kokybės pasiskirstymas išilgai kiekvieno pavyzdžio
2 paveikslas. Bazinio turinio pasiskirstymas
3 paveikslas. Skaitymo turinio pasiskirstymas sekos nustatymo duomenimis