Exclusive Agency for Korea

Produktai

DNR/RNR sekos nustatymas -PACBIO seka

„Pacbio“ sekos platforma yra ilgai perskaityta sekos platforma, dar vadinama viena iš trečiosios kartos sekos (TGS) technologijų. Pagrindinė technologija, vienos molekulės realiuoju laiku (SMRT), įgalina skaitymų generavimą su dešimčių kilogramų ilgio. Ant „sekos nustatymo pagal sintezę“ bazę vienos nukleotidų skiriamąją gebą pasiekia nulio režimo bangolaidis (ZMW), kur apšviečiama tik ribotas tūris apačioje (molekulių sintezės vieta). Be to, SMRT sekos nustatymas iš esmės išvengia sekos specifinių šališkumo NGS sistemoje, nes dauguma PGR amplifikacijos etapų nereikia bibliotekos kūrimo procese.

Platforma: II tęsinys, „Revio“

Susisiekite su mumis

Išsami paslauga

Demonstraciniai rezultatai

Savybės

Du „Pacbio Sequencer“ sekos nustatymo režimai: nuolatinis ilgas skaitymas (CLR) ir apskrito sutarimo skaitymas (CCS)

Sekos nustatymo režimas

Bibliotekos dydis

Teoriniai duomenysDerlius (kiekvienam ląstelei)

Vienkartinė bazėTikslumas

Paraiškos

Clr

20 kb, 30 kb ir kt.

80 GB iki 130 GB

Apytiksliai. 85%

De novo, SV skambutis ir kt.

CCS

15-20 kb

14–40 GB/ląstelė (II tęsinys)

70–110 GB/ląstelė („Revio“)

Priklauso nuo pavyzdžių

Apytiksliai. 99%

De novo, SNP/Indel/SV skambučiai, ISO-SEQ,

„Revio“ ir „II tęsinio“ atlikimo ir ypatybių palyginimas

Sąlygos	II tęsinio sistema	„Revio“ sistema	Padidinti
Didesnis tankis	8 milijonai ZMW	25 milijonai ZMW	3x
Nepriklausomi etapai	1	4	4x
Trumpesnis bėgimo laikas	30 valandų	24 valandos	1,25x
30x hifi žmogaus genomai per metus	88	1 300	15x apskritai

Aptarnavimo pranašumai

● Daugiau nei 8 metų patirtis „Pacbio“ sekos platformoje su tūkstančiais uždarų projektų su įvairiomis rūšimis.

● Visiškai įrengtos naujausios „Pacbio“ sekos platformos, „Revio“, kad užtikrintų pakankamą sekos pralaidumo pralaidumą.

● Greitesnis posūkio laikas, didesnis duomenų išeiga ir tikslesni duomenys.

● Prisidėjo prie šimtų didelio poveikio „Pacbio“ įsikūrusiems leidiniams.

Imties reikalavimai

Mėginio tipas

Suma

Koncentracija （QuBIT®）

Tūris

Grynumas

Kiti

Genominė DNR

Priklauso nuo duomenų reikalavimo

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,2;
OD260/230 = 1,8–2,5 ；
Išvalyti smailę esant 260 nm ，Nėra užteršimo

Koncentraciją reikia išmatuoti QuBit ir QuBit/Nanopore = 0,8–2,5

Bendra RNR

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,5;
OD260/230 = 0,5–2,5 ；Nėra užteršimo

RIN vertė ≥ 7,5

5≥28S/18S ≥1

Aptarnavimo darbo eiga

Mėginio paruošimas

Bibliotekos statyba

Sekos nustatymas

Duomenų analizė

Projekto pristatymas

Ankstesnis: OEM gamintojo mRNR sekos nustatymo paslauga-ilga nekoduojanti sekos-iliusnacija-biomarkeris

Kitas: „Illumina“ iš anksto pagamintos bibliotekos

1.inio namo duomenų išeiga

Duomenys, gauti iš 63 ccs ląstelių (iš 26 rūšių)

Duomenys-PacBio-CCS-15 kb	Vidurkis	Maks	Min	Mediana
Išeiga - subreados (GB)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS (GB)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimerazė N50	145,651	175,430	118,118	144,689
SubReads N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14 490	19,034	9,876	14 747
Vidutinė ilgio polimerazė	67 995	89,379	49 664	66,433
Vidutinės ilgio ir poilsio	15,866	21 036	11 657	16,012
Vidutinis ilgio CCS	14 489	19,074	8 575	14 655

Duomenys, gauti iš 16 CLR ląstelių (iš 76 rūšių)

„Data-Pacbio-Clr-30KB“	Vidurkis	Maks	Min	Mediana
Išeiga - subreados (GB)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimerazė N50	39 456	121,191	15 389	35,231
SubReads N50	28 490	41 012	14 430	29,063
Vidutinė ilgio polimerazė	22 063	48,886	8 747	21 555
Vidutinės ilgio ir poilsio	17 720	27,225	8 293	17 779

2.Data QC - demonstracinė versijaDuomenų išeigos statistika

Pavyzdys	CCS skaito num	Bendros CCS bazės (BP)	CCS skaito N50 (BP)	CCS vidutinis ilgis (BP)	CCS ilgiausiai skaityti (BP)	SubReads Bases (BP)	CCS norma (%)
Pb_bmkxxx	3,444,159	54,164,122,586	15 728	15 726	36,110	863,326,330,465	6.27