Viso ilgio mRNR sekos nustatymas - PacBio
Savybės
● cDNR sintezė iš poli-A mRNR, po kurios paruošiama biblioteka
● Sekos nustatymas CCS režimu, generuojant HiFi skaitymus
● Viso ilgio nuorašų seka
● Analizei nereikia etaloninio genomo; tačiau jis gali būti naudojamas
● Bioinformatinė analizė leidžia analizuoti lncRNR izoformos transkriptus, genų susiliejimą, poliadenilinimą ir genų struktūrą.
Paslaugos privalumai
●Didelis tikslumas: HiFi nuskaito >99,9 % (Q30) tikslumu, palyginti su NGS
● Alternatyvi sujungimo analizė: visų nuorašų seka leidžia identifikuoti ir apibūdinti izoformą
●Plati ekspertizė: įvykdžiusi daugiau nei 1100 PacBio pilno ilgio transkripto projektų ir apdorojusi daugiau nei 2300 pavyzdžių, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia daug patirties.
●Pagalba po pardavimo: mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| PolyA praturtinta mRNR CCS biblioteka | „PacBio“ tęsinys II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai:
Nukleotidai:
● Augalai:
Šaknis, stiebas arba žiedlapis: 450 mg
Lapai arba sėklos: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis arba žarnynas: 300 mg
Viscera arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 450 mg
Kaulai, plaukai arba oda: 1 g
● Nariuotakojai:
Vabzdžiai: 6g
Vėžiagyviai: 300 mg
● Visas kraujas: 1 vamzdelis
● Ląstelės: 106 ląstelės
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥7,5; Gyvūnams: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Sudėtis: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siuntimas:
1. Sausas ledas: Mėginiai turi būti supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
● Fusion transkripto analizė
● Alternatyvi sujungimo analizė
● Lyginamoji universaliųjų vieno kopijų ortologų (BUSCO) analizė
● Nauja nuorašo analizė: kodavimo sekų (CDS) numatymas ir funkcinė anotacija
● lncRNR analizė: lncRNR ir taikinių numatymas
● „MicroSatelite Identification“ (SSR)
BUSCO analizė
Alternatyvi sujungimo analizė
Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
Funkcinė romanų nuorašų anotacija
Ištirkite pažangą, kurią palengvino BMKGene „Nanopore“ viso ilgio mRNR sekos nustatymo paslaugos šiame populiariame leidinyje.
Ma, Y. ir kt. (2023) „PacBio ir ONT RNR sekos nustatymo metodų lyginamoji analizė Nemopilema Nomurai nuodų identifikavimui“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. ir kt. (2019) „Populus stiebo transkripto vystymosi dinamika“, „Plant Biotechnology Journal“, 17(1), p. 206–219. doi: 10.1111 / PBI.12958.
Deng, H. ir kt. (2022) „Dinaminiai askorbo rūgšties kiekio pokyčiai vaisiams vystantis ir Actinidia latifolia (askorbato turtingas vaisių derlius) ir su juo susiję molekuliniai mechanizmai brendant vaisiams“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. ir kt. (2022) „Efektyvi biosintetinio kelio genų, dalyvaujančių bioaktyviuose polifilinuose Paryžiaus polyphylla, numatymas“, Communications Biology 2022, 5:1, 5(1), p. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ir kt. (2023) „Tuta absoluta (Meyrick) transkripto ir citochromo P450 genų kombinuota PacBio Iso-Seq ir Illumina RNA-Seq analizė“, Vabzdžiai, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ir kt. (2019) „Transkripto sudėtingumo tyrimas naudojant PacBio vienos molekulės analizę realiuoju laiku kartu su Illumina RNR sekos nustatymu, siekiant geriau suprasti ricinolio rūgšties biosintezę Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), p. 1–17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9.
