Lyginamoji genomika
Paslaugos privalumai
●Išsamios kompetencijos ir publikacijų įrašai: su sukaupta BMKGene baigė virš 90 lyginamųjų genomikos projektų, kurių bendras poveikio koeficientas pasiekė 900.
●Išsami bioinformatinė analizė: analizių pakete yra aštuonios dažniausiai reikalingos analizės, kurios pateikia gerai parengtus publikuoti skaičius ir leidžia lengvai interpretuoti rezultatus
●Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos komanda ir trumpas analizės ciklas: turėdama didelę lyginamosios genomikos analizės patirtį, BMKGene komanda per trumpą laiką įvykdo įvairius individualizuotos analizės poreikius
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos
| Numatomas apsisukimo laikas | Rūšių skaičius | Analizės |
| 30 darbo dienų | 6-12 | Genų šeimos klasterizavimas Genų šeimos išplėtimas ir susitraukimas Filogenetinė medžio konstrukcija Skirtumo laiko įvertinimas (reikalingas iškastinio kuro kalibravimas) LTR įterpimo laikas (augalams) Viso genomo dubliavimas (augalams) Atrankinis slėgis Sintenijos analizė |
Bioinformatinės analizės
● Genų šeima
● Filogenetika
● Divergencijos laikas
● Atrankinis slėgis
● Sintenijos analizė
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
Pavyzdiniai reikalavimai:
Audinys arba DNR genomo sekos nustatymui ir surinkimui
Dėl audinių
| Rūšis | Audinys | Apklausa | PacBio CCS |
| Gyvūnas | Visceralinis audinys | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Raumenų audinys | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Žinduolių kraujas | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Naminių paukščių / žuvų kraujas | |||
| Augalas | Šviežias Lapas | 1-2 g | ≥ 5,0 g |
| Žiedlapis / Stiebas | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Šaknis/Sėkla | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Ląstelės | Kultivuojama ląstelė | - | ≥ 1 x 108 |
Duomenys
Glaudžiai susijusių rūšių genomo sekos failai (.fasta) ir anotacijų failai (.gff3).
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
*Čia rodomi demonstraciniai rezultatai yra iš genomų, paskelbtų naudojant Biomarker Technologies
1.LTR įterpimo laiko įvertinimas: Paveiksle parodytas unikalus bimodalinis LTR-RT įterpimo laiko pasiskirstymas Weining rugių genome, palyginti su kitomis rūšimis. Naujausia viršūnė pasirodė maždaug prieš 0,5 milijono metų.
Li Guang ir kt.,Gamtos genetika, 2021 m
2. Chayote (Sechium edule) filogeninė ir genų šeimos analizė. Analizuojant chayote ir kitas 13 giminingų genų šeimos rūšių, nustatyta, kad čajotas yra glaudžiausias giminystės ryšis su gyvatės moliūgais (Trichosanthes anguina). Chajotas, gautas iš gyvatės moliūgų maždaug 27–45 Mya, o viso genomo dubliavimasis (WGD) buvo pastebėtas chajote 25±4 Mya, o tai yra trečias WGD įvykis cucuibitaceae.
Fu A ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m
3.Sintenijos analizė. Kai kurie genai, susiję su fitohormonais vaisių vystymosi procese, buvo rasti čajotuose, gyvatėse ir moliūguose. Koreliacija tarp čajoto ir moliūgo yra šiek tiek didesnė nei tarp chajoto ir gyvatės moliūgo.
Fu A ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m
4. Genų šeimos analizė: KEGG praturtinimas dėl genų šeimos išplėtimo ir susitraukimo G.thurberi ir G.davidsonii genomuose parodė, kad su steroidų biosinteze ir brassinosteroidų biosinteze susiję genai buvo išplėsti.
Yang Z ir kt.,BMC biologija, 2021 m
5. Viso genomo dubliavimosi analizė: 4DTV ir Ks pasiskirstymo analizė parodė viso genomo dubliavimo įvykį. Vidinių rūšių smailės parodė dubliavimosi įvykius. Tarprūšių viršūnėse buvo parodyti rūšiavimo įvykiai. Analizė parodė, kad palyginti su kitomis trimis glaudžiai susijusiomis rūšimis, O. europaea neseniai patyrė didelio masto genų dubliavimąsi.
Rao G ir kt.,Sodininkystės tyrimai, 2021 m
BMK dėklas
Rožė be dygliukų: genominės įžvalgos, susijusios su prisitaikymu prie drėgmės
Paskelbta: Nacionalinė mokslo apžvalga, 2021 m
Sekos nustatymo strategija:
'Basye'sBe spygliuočių“ (R.Wichurainan) genomas:
apytiksliai 93 X PacBio + apytiksl. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Pagrindiniai rezultatai
1. Aukštos kokybės R.wichuraiana genomas buvo sukurtas naudojant ilgai skaitytus sekos nustatymo metodus, kurie duoda 530,07 Mb rinkinį (apskaičiuotas genomo dydis buvo maždaug 525,9 Mb pagal srauto citometriją ir 525,5 Mb pagal genomo tyrimą； Heterozigotiškumas buvo maždaug 1,03%). BUSCO įvertintas rezultatas buvo 93,9%. Lyginant su „Old blush“ (haploOB), šio genomo kokybę ir išsamumą patvirtino bazinis vienos bazės tikslumas ir LTR surinkimo indeksas (LAI=20,03). R.wichuraiana genome yra 32 674 baltymus koduojantys genai.
2. Daugiaomikos jungtinė analizė, susidedanti iš lyginamosios genomikos, transkriptomikos, genetinės populiacijos QTL analizės, atskleidė esminę R. wichuraiana ir Rosa chinensis specifiką. Taip pat tikėtina, kad susijusių genų ekspresijos kitimas QTL buvo susijęs su stiebo dyglių modeliavimu.
Lyginamoji Basye;s Thornless ir Rosa chinensis genomikos analizė, įskaitant sintezės analizę, genų šeimos klasterį, išsiplėtimo ir susitraukimo analizę, atskleidė daugybę variantų, susijusių su esminėmis rožių savybėmis. Labai tikėtina, kad unikalus NAC ir FAR1 / FRS genų šeimos išsiplėtimas buvo susijęs su atsparumu juodajai dėmėms.
Lyginamoji genomikos analizė tarp BT ir haploOB genomų.
Zhong, M. ir kt. „Rožė be dygliukų: genominės įžvalgos, susijusios su prisitaikymu prie drėgmės“Nacionalinė mokslo apžvalga, 2021;, nwab092.
