Išmarginta segregantinė analizė
Aptarnavimo pranašumai
Takagi ir kt., The Plant Journal, 2013
● Tiksli lokalizacija: maišant bulves su 30+30–200+200 asmenų, kad būtų sumažintas foninis triukšmas; Neninoniminių mutatantų pagrindu sukurtas kandidatų regiono prognozavimas.
● Išsami analizė: išsami kandidato geno funkcijos anotacija, įskaitant NR, Swissprot, Go, Kegg, Cog, Kog ir kt.
● Greitesnis apsisukimo laikas: greitas genų lokalizavimas per 45 darbo dienas.
● Didelė patirtis: BMK prisidėjo prie tūkstančių bruožų lokalizacijos, apimančios įvairias rūšis, tokias kaip pasėliai, vandens produktai, miškai, gėlės, vaisiai ir kt.
Aptarnavimo specifikacijos
Gyventojų:
Tėvų, turinčių priešingus fenotipus, palikuonių atskyrimas.
Pvz.
Maišymo baseinas
Kokybiniams bruožams: 30–50 asmenų (mažiausiai 20)/masė
Kiekybiniam tratisui: 5–10% asmenų, turinčių ekstremalius fenotipus visoje populiacijoje (mažiausiai 30+30).
Rekomenduojamas sekos nustatymo gylis
Bent 20x/tėvų ir 1x/palikuonių individas (pvz.
Bioinformatikos analizė
● Viso genomo pakartotinis nustatymas
● Duomenų apdorojimas
● SNP/„Indel Call“
● Kandidatų regiono atranka
● Kandidato geno funkcijos anotacija
Imties reikalavimai ir pristatymas
Imties reikalavimai:
Nukleotidai:
| GDNR mėginys | Audinių mėginys |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Augalai: 1-2 g |
| Suma: ≥2 μg (volumonas ≥15 μl) | Gyvūnai: 0,5–1 g |
| Grynumas: OD260/280 = 1,6–2,5 | Visas kraujas: 1,5 ml |
Aptarnavimo darbo srautas
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1.Sookiacijos analizės bazė Euklido atstumo (ED), kad būtų galima nustatyti kandidato regioną. Šiame paveikslėlyje
X ašis: chromosomos skaičius; Kiekvienas taškas žymi SNP ED vertę. Juodoji linija atitinka pritaikytą ED vertę. Didesnė ED vertė rodo reikšmingesnį ryšį tarp vietos ir fenotipo. Raudonojo brūkšnio linija parodo reikšmingo ryšio slenkstį.
2.Sociacijos analizė, pagrįsta SNP indeksu
X ašis: chromosomos skaičius; Kiekvienas taškas žymi SNP indekso vertę. Juodoji linija reiškia pritaikytą SNP-indekso vertę. Kuo didesnė vertė, tuo reikšmingesnė asociacija.
BMK atvejis
Pagrindinio efekto kiekybinio bruožo lokusas FNL7.1 koduoja vėlyvą embriogenezės gausų baltymą, susijusį su vaisių kaklo ilgiu agurke
Paskelbta: Augalų biotechnologijų žurnalas, 2020 m
Sekos strategija:
Tėvai (Jin5-508, YN): viso genomo rezervucija 34 × ir 20 ×.
DNR baseinai (50 ilgo kaklo ir 50 trumpo kaklo): 61 × ir 52 ×
Pagrindiniai rezultatai
Šiame tyrime atskirta populiacija (F2 ir F2: 3) buvo sugeneruota kertant ilgo kaklo agurkų liniją Jin5-508 ir trumpo kaklo yns. Du DNR baseinus sukūrė 50 ekstremalių ilgo kaklo ir 50 ekstremalių trumpo kaklo asmenų. Pagrindinio efekto QTL buvo nustatytas CHR07 atliekant BSA analizę ir tradicinį QTL žemėlapį. Kandidatų regionas buvo dar susiaurintas, tiksliai žemėlapių sudarymas, genų ekspresijos kiekybinis įvertinimas ir transgeniniai eksperimentai, kurie atskleidė pagrindinį geną kontroliuojant kaklo ilgį, CSFNL7.1. Be to, nustatyta, kad polimorfizmas CSFNL7.1 promotoriaus regione yra susijęs su atitinkama išraiška. Tolesnė filogenetinė analizė parodė, kad FNL7.1 lokusas labai tikėtina, kad atsiras iš Indijos.
 QTL žemėlapis BSA analizėje, siekiant nustatyti kandidato regioną, susijusį su agurkų kaklo ilgiu |  Agurko kaklo ilgio QTL LOD profiliai, identifikuoti chr07 |
Xu, X., et al. „Pagrindinio efekto kiekybinio bruožo lokusas FNL7.1 koduoja vėlyvą embriogenezės gausų baltymą, susijusį su vaisių kaklo ilgiu agurke.“ Augalų biotechnologijų žurnalas 18.7 (2020).
