BMKMANU S1000 erdvinis transkriptas
BMKMANU S1000 erdvinio transkripto techninė schema
Savybės
● Rezoliucija: 5 µM
● Taško skersmuo: 2,5 µM
● Dėmių skaičius: maždaug 2 mln
● 3 galimi fiksavimo srities formatai: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm arba 15 mm * 20 mm
● Kiekvienas brūkšniniu kodu pažymėtas rutuliukas užpildytas pradmenimis, sudarytais iš 4 sekcijų:
poli(dT) uodega, skirta mRNR pradėjimui ir cDNR sintezei
Unikalus molekulinis identifikatorius (UMI), skirtas ištaisyti stiprinimo paklaidą
Erdvinis brūkšninis kodas
Dalinio nuskaitymo 1 sekos nustatymo pradmenų surišimo seka
● Pjūvių H&E ir fluorescencinis dažymas
● Galimybė naudotisląstelių segmentavimo technologija: H&E dažymo, fluorescencinio dažymo ir RNR sekos integravimas, siekiant nustatyti kiekvienos ląstelės ribas ir teisingai priskirti genų ekspresiją kiekvienai ląstelei.
BMKMANU S1000 privalumai
●Subląstelinė skiriamoji geba: Kiekvienoje fiksavimo srityje buvo daugiau nei 2 milijonai erdvinių brūkšninio kodo dėmių, kurių skersmuo buvo 2,5 µm, o tarpas tarp dėmių centrų buvo 5 µm, todėl buvo galima atlikti erdvinę transkripto analizę su tarpląsteline skiriamąja geba (5 µm).
●Kelių lygių skyros analizė:Lanksti kelių lygių analizė, svyruojanti nuo 100 μm iki 5 μm, siekiant nustatyti įvairias audinių savybes esant optimaliai skyrai.
●Galimybė naudoti „Trys vienoje skaidrėje“ ląstelių segmentavimo technologiją:Sujungus fluorescencinį dažymą, H&E dažymą ir RNR sekos nustatymą vienoje skaidrėje, mūsų „trys viename“ analizės algoritmas įgalina nustatyti ląstelių ribas tolesnei ląstelių transkriptotikai.
●Suderinamas su keliomis sekos platformomis: Galimos ir NGS, ir ilgai skaitytos sekos.
●Lankstus 1–8 aktyvios fiksavimo srities dizainas: fiksavimo srities dydis yra lankstus, galima naudoti 3 formatus (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm ir 15 mm * 20 mm)
●Vieno langelio paslauga: Tai apima visus patirtimi ir įgūdžiais pagrįstus veiksmus, įskaitant krio pjūvį, dažymą, audinių optimizavimą, erdvinį brūkšninį kodą, bibliotekos paruošimą, sekos nustatymą ir bioinformatiką.
●Išsami bioinformatika ir patogus rezultatų vizualizavimas:paketą sudaro 29 analizės ir 100 ir daugiau aukštos kokybės figūrų, kartu su viduje sukurta programine įranga, skirta vizualizuoti ir pritaikyti ląstelių padalijimą ir taškinį grupavimą.
●Individualizuota duomenų analizė ir vizualizacija: galima įvairiems tyrimų užklausoms
●Aukštos kvalifikacijos techninė komanda: turintis patirties dirbant su daugiau nei 250 audinių tipų ir daugiau nei 100 rūšių, įskaitant žmones, peles, žinduolius, žuvis ir augalus.
●Viso projekto atnaujinimai realiuoju laiku: visiškai kontroliuojant eksperimento eigą.
●Pasirenkama sąnarių analizė su vienos ląstelės mRNR sekos nustatymu
Paslaugos specifikacijos
|
Pavyzdys Reikalavimai
| biblioteka |
Sekos nustatymo strategija
| Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| UŠT įterpti krio mėginiai, 3 blokai vienam mėginiui | S1000 cDNR biblioteka | Illumina PE150 (galimos ir kitos platformos) | 100 000 PE nuskaito 100 uM (60-150 Gb) | NIN>7 |
Norėdami gauti daugiau informacijos apie pavyzdžių paruošimo gaires ir aptarnavimo darbo eigą, nedvejodami kreipkitės į aBMKGENE ekspertas
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio paruošimo etape atliekamas pradinis masinis RNR ekstrahavimo bandymas, siekiant užtikrinti, kad būtų galima gauti aukštos kokybės RNR. Audinių optimizavimo etape pjūviai dažomi ir vizualizuojami bei optimizuojamos mRNR išsiskyrimo iš audinio pralaidumo sąlygos. Tada optimizuotas protokolas taikomas kuriant biblioteką, po to seka ir analizuojami duomenys.
Visa paslaugų darbo eiga apima atnaujinimus realiuoju laiku ir klientų patvirtinimus, kad būtų palaikomas atsakingas grįžtamojo ryšio ciklas ir užtikrinamas sklandus projekto vykdymas.
BMKMANU S1000 sugeneruoti duomenys analizuojami naudojant BMKGENE savarankiškai sukurtą programinę įrangą „BSTMatrix“, generuojančią Genų raiškos matricą. Iš ten sugeneruojama standartinė ataskaita, apimanti duomenų kokybės kontrolę, vidinę imties analizę ir tarpgrupinę analizę.
● Duomenų kokybės kontrolė:
Duomenų išvesties ir kokybės balų pasiskirstymas
Genų aptikimas vienoje vietoje
Audinių padengimas
● Vidinio mėginio analizė:
Genų turtingumas
Taškų grupavimas, įskaitant sumažintų matmenų analizę
Diferencinė raiškos analizė tarp klasterių: žymenų genų identifikavimas
Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas
● Tarpgrupinė analizė:
Abiejų mėginių (pvz., sergančių ir kontrolinių) dėmių pakartotinis derinimas ir pakartotinis grupavimas
Kiekvienos klasterio žymenų genų identifikavimas
Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas
Diferencinė to paties klasterio išraiška tarp grupių
Be to, BMKGENE sukūrė „BSTViewer“ yra patogus įrankis, leidžiantis vartotojui vizualizuoti genų ekspresiją ir dėmių grupavimą skirtingomis raiškomis.
BMKGene sukūrė programinę įrangą patogiai vizualizuoti
BSTViewer taškų grupavimas kelių lygių raiška
BSTCellViewer: automatinis ir rankinis ląstelių padalijimas
Vidinės imties analizė
Taškų grupavimas:
Žymėjimo genų identifikavimas ir erdvinis pasiskirstymas:
Tarpgrupinė analizė
Duomenų derinys iš abiejų grupių ir pakartotinio klasterio:
Naujų klasterių žymenų genai:
Ištirkite pažangą, kurią palengvino BMKGene erdvinės transkriptomikos paslaugos naudojant BMKManu S1000 technologiją šiame populiariame leidinyje:
Daina, X. ir kt. (2023) „Erdvinė transkriptomika atskleidžia šviesos sukeltas chlorenchimos ląsteles, skatinančias ūglių regeneraciją pomidorų nuospaudoje“,Jungtinių Amerikos Valstijų nacionalinės mokslų akademijos darbai, 120 (38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Jūs, Y. ir kt. (2023) „Sisteminis seka pagrįstų erdvinių transkriptominių metodų palyginimas“,bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
