De novo bakterijų genomo surinkimas
Teikiame pilną bakterijų genomo surinkimo paslaugą, garantuojame 0 tarpų. Tai įmanoma integruojant ilgo skaitymo sekos nustatymo technologijas, tokias kaip Nanopore ir PacBio surinkimui ir trumpo skaitymo sekos nustatymą su Illumina surinkimo patvirtinimui ir ONT nuskaitymo klaidų taisymui. Mūsų paslauga teikia visą bioinformatinę darbo eigą nuo surinkimo, funkcinės anotacijos ir pažangios bioinformatinės analizės, siekiant konkrečių tyrimų tikslų. Ši paslauga leidžia sukurti tikslius etaloninius genomus įvairiems genetiniams ir genominiams tyrimams. Be to, jis sudaro pagrindą tokioms taikomoms programoms kaip padermių optimizavimas, genų inžinerija ir mikrobų technologijų kūrimas, užtikrinant patikimus ir be spragų genominius duomenis, labai svarbius mokslinėms įžvalgoms ir biotechnologinėms naujovėms tobulinti.
Paslaugos ypatybės
● Su dviem galimomis parinktimis, priklausomai nuo norimo genomo išsamumo laipsnio.
● Juodraščio genomo parinktis: trumpo nuskaitymo sekos nustatymas naudojant Illumina NovaSeq PE150.
● Užbaigti 0 tarpo genomą.
● Ilgai skaitoma sekos nustatymas naudojant „Nanopore PromethION 48“ arba „PacBio Revio“ genomo surinkimui.
● „Illumina NovaSeq“ trumpo nuskaitymo sekos nustatymas genomo patvirtinimui ir klaidų taisymui („Nanopore“) arba genomo juodraščiui generuoti.
Paslaugos privalumai
●Nulinio tarpo genomas garantuotas: Taip yra dėl Illumina sekos integravimo su ilgo skaitymo sekos nustatymu (Nanopore arba PacBio).
●Visa bioinformatikos darbo eiga:Tai apima genomo surinkimą ir daugelio genominių elementų numatymą, funkcinę genų anotaciją ir genomo vizualizaciją, pvz., Circos brėžinį.
●Plati ekspertizė: Surinkta daugiau nei 20 000 mikrobų genomų, BMKGENE suteikia daugiau nei dešimtmečio patirtį, aukštos kvalifikacijos analizės komandą, išsamų turinį ir puikų palaikymą po pardavimo.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
●Galimos kelios sekos sudarymo strategijos:Skirtingiems tyrimo tikslams ir genomo išsamumo reikalavimams.
Paslaugos specifikacijos
| Aptarnavimas | Sekos sudarymo strategija |
| Genomo juodraštis | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (pasirinktinai) |
Pavyzdiniai reikalavimai:
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanoporas | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Iliumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterijos: ≥3,5x1010 ląstelės
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Sekos duomenų kokybės kontrolė
● Genomo surinkimas
● Genomo komponentų analizė: CDS ir daugelio genominių elementų numatymas
● Funkcinė anotacija su keliomis bendromis duomenų bazėmis (GO, KEGG ir kt.) ir išplėstinėmis duomenų bazėmis (CARD, VFDB ir kt.)
● Genomo vizualizacija
Pateikiame genomą lengvai pasiekiamu „fasta“ formatu ir genomo anotacijos failą (gff).
Genų anotacija – GO
Genų anotacija – CAZY angliavandeniai
Genomo vizualizacija – cirko siužetas
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene bakterijų genomo surinkimo paslaugos per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Dai, W. ir kt. (2023) „Bacteroides uniformis F18-22, kaip saugios ir naujos probiotinės bakterijos, skirtos opiniam kolitui iš sveiko žmogaus storosios žarnos gydyti, atradimas“,Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. ir kt. (2021 m.) „Daugiams vaistams atsparūs Proteus mirabilis izoliatai, turintys blaOXA-1 ir blaNDM-1 iš laukinės gamtos Kinijoje: didėjantis pavojus visuomenės sveikatai“,Integracinė zoologija, 16(6), p. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT ir kt. (2017) „Visa endofito Bacillus flexus KLBMP 4941 genomo seka atskleidžia augalų augimo skatinimo mechanizmą ir genetinį druskos tolerancijos pagrindą“,Biotechnologijų žurnalas, 260, 38–41 p. doi: 10.1016 / J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. ir kt. (2021) „Klebsiella atsparumo daugybei replikonų plazmidės tarpininkauja plačiam antimikrobinių genų sklaidai“,Mikrobiologijos ribos, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
