Amplikono sekos nustatymas (16S/18S/jo)

„Amplicon“ (16S/18S/ITS) seka su „Illumina“ yra mikrobų įvairovės analizės metodas, nustatant mikrobų profilius pagal jų sekas ir bandant iššifruoti bendruomenės turtingumą ir įvairovę kiekviename mėginyje ir tarp mėginių. „BMKCloud“ amplicono (NGS) vamzdynas leidžia analizuoti 16S, 18S, ITS ir daugybę funkcinių genų. Tai prasideda nuo skaitymo apipjaustymo, suporuotos skaitymo surinkimo ir kokybės įvertinimo, po to klasifikuojami panašūs skaitymai, kad būtų sugeneruoti operatyviniai taksonominiai vienetai (OTU), naudojami šešiuose skirtinguose analizės skyriuose. Taksonominėje anotacijoje pateikiama informacija apie kiekvieno mėginio santykinį gausą ir sudėtį, o alfa ir beta įvairovės analizė daugiausia dėmesio skiria mikrobų įvairovei atitinkamai ir tarp mėginių. Diferencinė analizė tarp grupių nustato OTU, kurie skiriasi ir naudojant parametrinius, ir neparametrinius testus, o koreliacijos analizė sieja šiuos skirtumus su aplinkos veiksniais. Galiausiai prognozuojama, kad funkcinio genų gausa remiantis žymenų genų gausa, suteikiant įžvalgos apie funkcijas ir ekologiją kiekviename mėginyje.