16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Paslaugos ypatybės
● Sekos nustatymo platforma: PacBio Revio
● Sekos nustatymo režimas: CCS (HiFi skaitymai)
● Tikslinės srities sustiprinimas ir amplikonų tandeminis susiejimas prieš paruošiant HiFi SMRT skambučių biblioteką
Paslaugos privalumai
●Didesnė taksonominė skiriamoji geba: Than trumpųjų amplikonų seka,leidžianti nustatyti aukštesnius OTU klasifikavimo rodiklius rūšių lygmeniu.
●Labai tikslus bazinis skambutis: PacBio CCS režimo seka (HiFi skaitymai).
●Be izoliacijos: Greitas mikrobų sudėties nustatymas aplinkos mėginiuose.
●Plačiai taikomas: Įvairūs mikrobų bendruomenės tyrimai.
●Išsami bioinformatinė analizė: Naujausias QIIME2 paketas (kiekybinė mikrobų ekologijos įžvalga) su įvairiomis duomenų bazės, anotacijos, OTU/ASV analizėmis.
●Plati ekspertizė: Kasmet įgyvendinant tūkstančius amplikonų sekos nustatymo projektų, BMKGENE suteikia daugiau nei dešimtmečio patirtį, aukštos kvalifikacijos analizės komandą, išsamų turinį ir puikų palaikymą po pardavimo.
Paslaugos specifikacijos
| biblioteka | Sekos sudarymo strategija | Rekomenduojami duomenys |
| Amplikonas | PacBio Revio | 10/30/50 K žymos (CCS) |
Pavyzdiniai reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) | Tūris (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Mėginius užšaldykite skystame azote 3-4 valandas ir laikykite skystame azote arba -80 laipsnių temperatūroje iki ilgalaikės rezervacijos. Būtinas pavyzdinis siuntimas su sausu ledu.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
●Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
●OTU klasterizavimas / triukšmo mažinimas (ASV)
●OTU anotacija
●Alfa įvairovės analizė: keli indeksai, įskaitant Shannon, Simpson ir ACE.
●Beta įvairovės analizė
●Tarpgrupinė analizė
●Koreliacijos analizė: tarp aplinkos veiksnių ir OUT sudėties bei įvairovės
●16S funkcinių genų numatymas
Taksonominio pasiskirstymo histograma
Bendruomenės paplitimo filogenetinis medis
Alfa įvairovės analizė: AKF
indeksas
Beta įvairovės analizė: PCoA
Tarpgrupinė analizė: ANOVA
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene amplikonų sekos paslaugos su PacBio per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Gao, X. ir Wang, H. (2023) „Alpių merino avių su dviem augimo etapais Alpių pievoje prieskrandžio bakterijų profilių ir funkcijų lyginamoji analizė prisitaikant prie skirtingos fenologijos (Regreen vs. Grassy) Alpių pievoje“, Fermentacija, 9( 1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTACIJA9010016/S1.
Li, S. ir kt. (2023) „Mikrobų tamsiosios medžiagos fiksavimas dykumos dirvožemyje naudojant kulturomika pagrįstą metagenomiką ir didelės skiriamosios gebos analizę“, npj Biofilms and Microbiomes 2023, 9:1, 9(1), p. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. ir kt. (2022) „Riebalų rūgščių druskų poveikis mišraus siloso, paruošto su liucerna, ryžių šiaudais ir kviečių sėlenomis, fermentacijos savybėms, bakterijų įvairovei ir aerobiniam stabilumui“, Maisto ir žemės ūkio mokslo žurnalas, 102 (4), p. 1475– 1487 m. doi: 10.1002 / JSFA.11482.
Yang, J. ir kt. (2023) „Oksidacinio streso biomarkerių ir žarnyno mikrobiotos sąveika Sonchus brachyotus DC ekstraktų antioksidaciniame poveikyje. in Oxazolone Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish“, Antioxidants 2023, Vol. 12, 192 psl., 12(1), p. 192. doi: 10.3390 / ANTIOX12010192.
