16S/18S/ITS amplikonų sekvenavimas-NGS
Paslaugos ypatybės
● Sekos nustatymo platforma: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S ir ITS trumpų regionų stiprinimas, be kitų stiprinimo tikslų.
● Lankstus amplikono pasirinkimas.
● Ankstesnė projekto patirtis su keliais stiprinimo taikiniais.
Paslaugos privalumai
●Be izoliacijos:Greitas mikrobų sudėties nustatymas aplinkos mėginiuose.
●Didelė raiška: Aplinkos mėginiuose, kurių sudėtyje yra mažai komponentų.
●Plačiai taikomas: Įvairūs mikrobų bendruomenės tyrimai.
●Išsami bioinformatinė analizė: Naujausias QIIME2 paketas (kiekybinė mikrobų ekologijos įžvalga) su įvairiomis duomenų bazės, anotacijos, OTU/ASV analizėmis.
●Plati ekspertizė: Su 150 tūkstančių amplikonų sekos projektų, atliekamų kasmet, BMKGENE suteikia daugiau nei dešimtmečio patirtį, aukštos kvalifikacijos analizės komandą, išsamų turinį ir puikų palaikymą po pardavimo.
Paslaugos specifikacijos
| biblioteka | Sekos sudarymo strategija | Rekomenduojami duomenys |
| Amplikonas | Illumina PE250 | 50/100/300 000 žymų (skaityti poras) |
Paslaugos reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendra suma (ng) | Tūris (µL) |
| ≥1 | ≥ 200 | ≥20 |
● Dirvožemis/dumblas: 1-2g
● Žarnyno turinys-gyvulinis: 0,5-2g
● Žarnyno turinys-vabzdys: 0,1-0,25g
● Augalų paviršius (sodrintos nuosėdos): 0,1-0,5g
● Fermentacijos sultiniu praturtintos nuosėdos): 0,1-0,5g
● Išmatos (stambiems gyvūnams): 0,5-2g
● Išmatos (pelės): 3-5 grūdeliai
● Plaučių alveolių plovimo skystis: filtravimo popierius
● Makšties tepinėlis: 5-6 tamponai
● Odos / lytinių organų tamponas / seilės / burnos minkštųjų audinių / ryklės tamponas / tiesiosios žarnos tamponas: 2–3 tamponai
● Paviršiaus mikroorganizmai: filtravimo popierius
● Vandens telkinys/oras/bioplėvelė: filtravimo popierius
● Endofitai: 1-2g
● Dantų apnašos: 0,5-1g
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
- Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
- OTU klasterizavimas / triukšmo mažinimas (ASV)
- OTU anotacija
- Alfa įvairovės analizė: keli indeksai, įskaitant Shannon, Simpson ir ACE.
- Beta įvairovės analizė
- Tarpgrupinė analizė
- Koreliacijos analizė: tarp aplinkos veiksnių ir OUT sudėties bei įvairovės
- 16S funkcinio geno numatymas
Taksonominio pasiskirstymo histograma
taksonominio gausos klasterizacijos šilumos žemėlapis
Alfa įvairovės analizė: retėjimo kreivė
beta įvairovės analizė: NMDS
Tarpgrupinė analizė: LEFSE biomarkerio atradimas
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene amplikonų sekos paslaugos su Illumina per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Dong, C. ir kt. (2022) „Eucommia ulmoides rizosferos dirvožemio ir žievės mikrobiotos surinkimas, pagrindinė mikrobiota ir funkcija“, Mikrobiologijos ribos, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. ir kt. (2023) „Sintetinių bakterijų konsorciumų transplantacija pelėms Gardnerella vaginalis sukeltai bakterinei vaginozei gydyti“, Microbiome, 11(1), p. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. ir Liu, H. (2022) „Oro dulkių mikrobiomos, surinktos per antžeminį uždarą bioregeneracinį gyvybės palaikymo eksperimentą „Lunar Palace 365“, Environmental Microbiomes, 17(1), p. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. ir kt. (2022) „Nuo žaliavų priklausomas funkcinių genų, susijusių su azoto transformacija, gausa kontroliuoja azoto praradimą kompostuojant“, Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
