10x Genomics Visium erdvinis transkriptas
Techninė schema
Savybės
● Rezoliucija: 100 µM
● Taško skersmuo: 55 µM
● Vietų skaičius: 4992
● Fotografavimo sritis: 6,5 x 6,5 mm
● Kiekviena brūkšniniu kodu pažymėta vieta yra užpildyta pradmenimis, sudarytais iš 4 sekcijų:
- poli(dT) uodega, skirta mRNR pradėjimui ir cDNR sintezei
- Unikalus molekulinis identifikatorius (UMI), skirtas ištaisyti stiprinimo šališkumą
- Erdvinis brūkšninis kodas
- Dalinio nuskaitymo 1 sekos nustatymo pradmenų surišimo seka
● Pjūvių dažymas H&E
Privalumai
●Vieno langelio paslauga: integruoja visus patirtimi ir įgūdžiais pagrįstus veiksmus, įskaitant krio pjūvį, dažymą, audinių optimizavimą, erdvinį brūkšninį kodą, bibliotekos paruošimą, sekos nustatymą ir bioinformatiką.
● Aukštos kvalifikacijos techninė komanda: turintis patirties dirbant su daugiau nei 250 audinių tipų ir daugiau nei 100 rūšių, įskaitant žmones, peles, žinduolius, žuvis ir augalus.
●Viso projekto atnaujinimas realiuoju laiku: visiškai kontroliuojant eksperimento eigą.
●Visapusiška standartinė bioinformatika:paketą sudaro 29 analizės ir 100+ aukštos kokybės figūrų.
●Individualizuota duomenų analizė ir vizualizacija: galima įvairiems tyrimų užklausoms.
●Pasirenkama sąnarių analizė su vienos ląstelės mRNR sekos nustatymu
Specifikacijos
| Pavyzdiniai reikalavimai | biblioteka | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| UŠT įterpti krio mėginiai (Optimalus skersmuo: apytiksliai 6x6x6 mm³) 2 blokai vienam mėginiui | 10X Visium cDNR biblioteka | Illumina PE150 | 50 000 PE nuskaito vienoje vietoje (60Gb) | NIN > 7 |
Norėdami gauti daugiau informacijos apie pavyzdžių paruošimo gaires ir aptarnavimo darbo eigą, nedvejodami kreipkitės į aBMKGENE ekspertas
Paslaugos darbo eiga
Mėginio paruošimo etape atliekamas pradinis masinis RNR ekstrahavimo bandymas, siekiant užtikrinti, kad būtų galima gauti aukštos kokybės RNR. Audinių optimizavimo etape pjūviai dažomi ir vizualizuojami bei optimizuojamos mRNR išsiskyrimo iš audinio pralaidumo sąlygos. Tada optimizuotas protokolas taikomas kuriant biblioteką, po to seka ir analizuojami duomenys.
Visa paslaugų darbo eiga apima atnaujinimus realiuoju laiku ir klientų patvirtinimus, kad būtų palaikomas atsakingas grįžtamojo ryšio ciklas ir užtikrinamas sklandus projekto vykdymas.
Apima šią analizę:
Duomenų kokybės kontrolė:
o Duomenų išvestis ir kokybės balo paskirstymas
o Genų aptikimas vienoje vietoje
o audinių padengimas
Vidinio pavyzdžio analizė:
o Genų turtingumas
o Taškinis klasterizavimas, įskaitant sumažintų matmenų analizę
o Diferencinė raiškos analizė tarp klasterių: žymenų genų identifikavimas
o Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas
Tarpgrupinė analizė
o abiejų mėginių (pvz., sergančių ir kontrolinių) dėmių pakartotinis derinimas ir pakartotinis grupavimas
o Kiekvieno klasterio žymenų genų identifikavimas
o Funkcinė anotacija ir žymenų genų praturtinimas
o Diferencinė to paties klasterio išraiška tarp grupių
Vidinės imties analizė
Taškų grupavimas
Žymėjimo genų identifikavimas ir erdvinis pasiskirstymas
Tarpgrupinė analizė
Duomenų derinys iš abiejų grupių ir pakartotinio klasterio
Naujų klasterių žymenų genai
Ištirkite pažangą, kurią palengvino BMKGene erdvinės transkriptomikos paslauga, kurią teikia „10X Visium“ Šiuose populiariuose leidiniuose:
Chen, D. ir kt. (2023) „mthl1, galimas žinduolių adhezijos GPCR Drosophila homologas, dalyvauja priešnavikinėse reakcijose į musių onkogenines ląsteles“,Jungtinių Amerikos Valstijų nacionalinės mokslų akademijos darbai, 120 (30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. ir kt. (2023 m.) „STEEL leidžia didelės raiškos erdvėlaikinius transkriptominius duomenis“,Bioinformatikos instruktažai, 24(2), 1–10 p. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. ir kt. (2022) „Orchidėjų žiedų vystymosi organogenezės erdvėlaikis atlasas“,Nukleino rūgščių tyrimai, 50(17), p. 9724–9737. doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Wang, J. ir kt. (2023) „Erdvinės transkriptomikos ir vieno branduolio RNR sekos integravimas atskleidžia galimas terapines gimdos lejomiomos strategijas“,Tarptautinis biologijos mokslų žurnalas, 19(8), p. 2515–2530. doi: 10.7150 / IJBS.83510.
