ລຳດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ-Illumina
ຄຸນສົມບັດ
● ການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດລວມມີຂັ້ນຕອນການເລືອກຂະໜາດ
● ການວິເຄາະຂໍ້ມູນທາງຊີວະພາບໂດຍເນັ້ນໃສ່ການຄາດເດົາຂອງ miRNA ແລະເປົ້າໝາຍຂອງພວກມັນ
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ການວິເຄາະ bioinformatics ທີ່ສົມບູນແບບ:ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດຂອງ miRNAs ທີ່ຮູ້ຈັກແລະໃຫມ່, ການກໍານົດເປົ້າຫມາຍຂອງ miRNAs, ແລະການອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດທີ່ສອດຄ້ອງກັນແລະການເສີມສ້າງຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍ (KEGG, GO)
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກການກະກຽມຕົວຢ່າງ ແລະຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍບັນທຶກການຕິດຕາມການປິດຢ່າງສໍາເລັດຜົນໃນໄລຍະຫຼາຍໂຄງການ sRNA ທີ່ກວມເອົາຫຼາຍກວ່າ 300 ຊະນິດໃນໂດເມນການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ, ທີມງານຂອງພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນໃຫ້ກັບທຸກໆໂຄງການ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ເວທີ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ຂໍ້ມູນ QC |
| ເລືອກຂະໜາດແລ້ວ | Illumina SE50 | 10M-20M ອ່ານ | Q30≥85% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກ: 1.2 g
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 450 ມກ
Viscera ຫຼືສະຫມອງ: 240 ມກ
ກ້າມເນື້ອ: 600 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ໜັງ: 1.5g
● Arthropods:
ແມງໄມ້: 9g
Crustacea: 450 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ: 2 ທໍ່
● ເຊລ: 106 ຈຸລັງ
● Serum ແລະ Plasma:6 ມລ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການຈັດປະເພດ sRNA
● ການຈັດຮຽງກັບ genome ອ້າງອີງ
● ການລະບຸຕົວຕົນຂອງ miRNA ທີ່ຮູ້ຈັກ ແລະໃໝ່
● ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງ miRNA ທີ່ແຕກຕ່າງ
● ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງເປົ້າໝາຍ miRNA
ການກໍານົດຂອງ miRNA: ໂຄງສ້າງແລະຄວາມເລິກ
ການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງຂອງ miRNA – ການຈັດກຸ່ມຕາມລຳດັບ
ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງເປົ້າຫມາຍຂອງ miRNAs ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ
ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າຂອງການຄົ້ນຄວ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລໍາດັບ sRNA ຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Chen, H. et al. (2023) 'ການຕິດເຊື້ອໄວຣັດ inhibit biosynthesis saponin ແລະ photosynthesis ໃນ Panax notoginseng', Plant Physiology and Biochemistry, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'ພືດ FYVE domain-containing protein FREE1 associates with microprocessor components to repress miRNA biogenesis ', EMBO reports, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p ຄວບຄຸມການພັດທະນາຕົວອ່ອນຂອງ Pupal ໂດຍກໍານົດເປົ້າຫມາຍການຂະຫຍາຍຕົວຂອງ Epidermal ຫຼາຍປັດໃຈຄ້າຍຄືໂດເມນ 8 Gene (megf8) ໃນ Honeybee, Apis mellifera', International Journal of Molecular Sciences, 24(6), p . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'ການວິເຄາະແບບປະສົມປະສານຂອງ MiRNA ແລະພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄຸນນະພາບຊີ້ນເປີດເຜີຍວ່າ Gga-MiR-140-5p ມີຜົນກະທົບຕໍ່ການຊຶມເຊື້ອໄຂມັນ intramuscular ໃນໄກ່', Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
