ຊຸດດຽວ - Nuclei RNA
ໂຄງການວິຊາການ
ການໂດດດ່ຽວຂອງ Nuclei ແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍ 10 × A ມີປະເພດ Chromium ™, ເຊິ່ງປະກອບມີລະບົບ microfluidics ແປດຊ່ອງທີ່ມີຂ້າມສອງເທົ່າ. ໃນລະບົບນີ້, ລູກປັດ Gel ທີ່ມີ barcodes ແລະ primer, enzymes ແລະແກນທີ່ມີຂະຫນາດດຽວແມ່ນຖືກມັດໄວ້ໃນ nuleiter-sizes-in-emulsion (Gem). ເມື່ອໃດທີ່ gem ໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນ, lysis ຫ້ອງແລະການປ່ອຍຕົວ barcodes ແມ່ນຖືກປະຕິບັດໃນແຕ່ລະແກ້ວປະເສີດ. MRNA ແມ່ນປີ້ນກັບກັນເຂົ້າໄປໃນໂມເລກຸນ CDNA ດ້ວຍ 10 ×ບາໂຄດແລະ UMI, ເຊິ່ງມີຕໍ່ໄປໃນການກໍ່ສ້າງການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດມາດຕະຖານ.
ຄຸນນະສົມບັດ
●ການກະກຽມລະງັບ nuclei ດຽວຈາກແພຈຸລັງທີ່ແຊ່ແຂງ
●ການບັງຄັບຂອງ gel Bead-in-emulsion (Gem) ຕາມດ້ວຍ CDNA Synthesis
●ແຕ່ລະລູກປັດຢູ່ໃນແກ້ວປະເສີດແມ່ນຖືກບັນຈຸດ້ວຍເສົາປະກອບທີ່ປະກອບດ້ວຍ 4 ພາກ:
ຫາງ (dt) ຫາງສໍາລັບ MRNA PRIMING ແລະ CDNA Synthesis,
ຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (Umi) ເພື່ອແກ້ໄຂຄວາມລໍາອຽງຂະຫຍາຍໃຫຍ່
borcode 10x
ລໍາດັບຜູກມັດຂອງບາງສ່ວນອ່ານ 1 primer creak
ຂໍ້ໄດ້ປຽບ
ລໍາລຽງລໍາດັບດຽວ RUCLEUS RNA CORLVENCENT ຂີດຈໍາກັດຂອງການຕັ້ງຖິ່ນຖານຂອງ Cell RNA ແບບດຽວ, ເຮັດໃຫ້:
●ການນໍາໃຊ້ຕົວຢ່າງທີ່ແຊ່ແຂງແລະບໍ່ຈໍາກັດຕົວຢ່າງສົດໆເທົ່ານັ້ນ
●ຄວາມກົດດັນຕໍ່າຂອງຈຸລັງທີ່ແຊ່ແຂງເມື່ອທຽບກັບການຮັກສາ enzymatic ຂອງຈຸລັງສົດ, ສະທ້ອນໃຫ້ເຫັນໃນຂໍ້ມູນຂອງ Transcriptome ໃນຮູບແບບຂອງພັນທຸກໍາທີ່ບໍ່ມີຄວາມກົດດັນຫນ້ອຍ
●ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງໃຊ້ເມັດເລືອດແດງ
●ເສັ້ນຜ່າສູນກາງທີ່ບໍ່ຈໍາກັດ
ປະຢັດຕົວຢ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ມີສິດໄດ້ຮັບການວິເຄາະ, ລວມທັງຈຸລັງເນື້ອເຍື່ອທີ່ສັບສົນແລະອ່ອນເພຍເຊິ່ງມັກຈະ cluming ຫຼືການທໍາລາຍຈຸລັງ
ຕົວຢ່າງທີ່ບໍ່ສາມາດວິເຄາະໄດ້ໂດຍການສືບພັນຂອງຫ້ອງດຽວຂອງ RNA ແລະມີສິດໄດ້ຮັບການຢຸດງານ Nuclei RNA ດຽວ:
| ຫ້ອງ / ເນື້ອເຍື່ອ | ເຫດຜົນ |
| frozer ເນື້ອເຍື່ອແຊ່ແຂງ | ບໍ່ສາມາດທີ່ຈະໄດ້ຮັບການຈັດຕັ້ງທີ່ສົດຫຼືມາດົນນານ |
| ຈຸລັງກ້າມ, megakaryoCyte, ໄຂມັນ ... | ເສັ້ນຜ່າສູນກາງເຊນໃຫຍ່ເກີນໄປທີ່ຈະເຂົ້າເຄື່ອງມື |
| ຕັບ ... | dragile ເກີນໄປທີ່ຈະທໍາລາຍ, ບໍ່ສາມາດຈໍາແນກຈຸລັງດຽວໄດ້ |
| Neuron Cell, ສະຫມອງ ... | ມີຄວາມກົດດັນຫລາຍຂື້ນ, ງ່າຍຕໍ່ການເຮັດໃຫ້ເກີດຜົນໄດ້ຮັບໃນລໍາດັບ |
| pancreas, thyroid ... | ອຸດົມສົມບູນໃນ enzymes endogenous, ສົ່ງຜົນກະທົບຕໍ່ການຜະລິດຂອງ suspension cell ດຽວ |
nucleus ດຽວ vs vs ດຽວໃນຫ້ອງດຽວ
| nucleus ດຽວ | ຈຸລັງດຽວ |
| ເສັ້ນຜ່າສູນກາງເຊນບໍ່ຈໍາກັດ | ເສັ້ນຜ່າສູນກາງ CELE: 10-40 μm |
| ອຸປະກອນການສາມາດເປັນເນື້ອເຍື່ອແຊ່ແຂງ | ອຸປະກອນການຕ້ອງເປັນເນື້ອເຍື່ອສົດ |
| ຄວາມກົດດັນຕ່ໍາຂອງຈຸລັງແຊ່ແຂງ | ການຮັກສາ enzyme ອາດຈະເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມກົດດັນຂອງເຊນ |
| ບໍ່ມີເມັດເລືອດແດງຈໍາເປັນຕ້ອງຖືກລຶບອອກ | ເມັດເລືອດແດງຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ໂຍກຍ້າຍອອກ |
| ນິວເຄຼຍສະແດງອອກຕໍ່ຊີວະພາບ | ຈຸລັງທັງຫມົດສະແດງອອກໃນຊີວະພາບ |
ຂໍ້ມູນສະເພາະ
| ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ | ຫໍສະຫມຸດ | ຍຸດທະສາດການລຽງລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| ເນື້ອເຍື່ອສັດ≥ 200 ມລກ 200 ມລກ ເນື້ອເຍື່ອຂອງພືດ ut 400 mg | ຫໍສະມຸດ SNNA Genomics 10x | Illumina PE150 | 100K PE ອ່ານຕໍ່ຫ້ອງ (100-200 GB) | 700-1200 Nuclei / μLແລະ Nuclei Integrity ໄດ້ສັງເກດເຫັນພາຍໃຕ້ກ້ອງຈຸລະທັດ |
ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບການແນະນໍາການກະກຽມຕົວຢ່າງແລະການເຮັດວຽກການບໍລິການ, ກະລຸນາຮູ້ສຶກວ່າບໍ່ເສຍຄ່າທີ່ຈະເວົ້າກັບ aຜູ້ຊ່ຽວຊານດ້ານ BMKGENE
ກະແສການເຮັດວຽກບໍລິການ
ປະກອບມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ: ຈໍານວນຂອງຈຸລັງ, ການກວດສອບການກວດສອບ, ການກໍານົດຈຸລັງ, ໂມເລກຸນມະນຸດແລະການສະແດງອອກ
●ການວິເຄາະຕົວຢ່າງໃນພາຍໃນ:
ການບັນຈຸຈຸລັງແລະກຸ່ມບ້ານ
ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: ການກໍານົດ degs ໃນກຸ່ມ
ການເປັນລະບຽບຮຽບຮ້ອຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ cluster degs
●ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ:
ປະສົມປະສານຂອງຂໍ້ມູນ
ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: ການກໍານົດ degs ໃນກຸ່ມ
ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງກຸ່ມ degs
●ການວິເຄາະຂັ້ນສູງ:
ວິເຄາະວົງຈອນຂອງຈຸລັງ
ການວິເຄາະ Pseudotime
ການວິເຄາະການສື່ສານຂອງຈຸລັງ (CellphonneddBornb)
Gene ກໍານົດການວິເຄາະເສີມຄວາມອຸດົມສົມບູນ (GSEA)
ການວິເຄາະພາຍໃນຕົວຢ່າງ
ກຸ່ມຫ້ອງ:
ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: degs cluster
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: Degs ກຸ່ມ
ການວິເຄາະແບບພິເສດ:
ການວິເຄາະ Pseudotime:
ການວິເຄາະວົງຈອນຈຸລັງ:
ສໍາຫຼວດຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກຂອງການບໍລິການແບບດຽວຂອງ BMKGene RNA ຂອງ BMKGENE BMKGENCING BMKGENCING BMKGENCING BMKGENCING BMKGENCING BMKKGENCING BMKGENCING BMKKGENCKS BMKGENCING BMKKGENCKS BMKGENCKS.
Wang, L. et al. (20211111) ການວິເຄາະດຽວຂອງຈຸລັງສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງພູມສັນຖານພູມສັນຖານຂອງປອດໃນໂລກຫອບຫືດທີ່ທົນທານຕໍ່ສະຖຽນລະພາບສູງສຸດ ',ການດໍາເນີນຄະດີຂອງສະພາແຫ່ງຊາດຂອງວິທະຍາສາດຂອງສະຫະລັດອາເມລິກາ, 118 (2), p. E2005590118. DOI: 10.1073 / PNAS.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'ເຄືອຂ່າຍລະບຽບການທົ່ວໂລກສໍາລັບການສະແດງອອກທີ່ເປັນປົກກະຕິແລະສັນຍານທີ່ຜິດປົກກະຕິໃນຈຸລິນຊີພູມຕ້ານທານຂອງພະຍາດທີ່ມີພູມຕ້ານທານຊາຍແດນໃນພູມຕ້ານທານ, 13, p. 879824. DOI: 10.3389 / Fimmu.2022.879824 / Bibtex.
tian, H. et al. (2023) 'Transcripto-Cell Saycriptome ເປີດຕົວ Heterogeneity ແລະພູມຕ້ານທານຂອງ leukocytes ຫຼັງຈາກການສັກຢາປ້ອງກັນໃນ Flounce edwardsການລ້ຽງສັດນ້ໍາ, 566, p. 739238. DOI: 10.1016 / J.AQuilulture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'ການບໍາບັດຮູບພາບປັບປຸງຜົນໄດ້ຮັບຂອງພູມຕ້ານທານ twice ພູມຕ້ານທານຜ່ານການປັບປຸງພູມຕ້ານທານຕໍ່ຕ້ານ Tuorມະເຮັງ Gastric, 26 (5), PP. 798-813. DOI: 10.1007 / s10120-023-01409-X / Metrics.
