-
ພັນທຸ ກຳ ປຽບທຽບ
genomics ປຽບທຽບປະກອບດ້ວຍການກວດສອບແລະການປຽບທຽບຂອງລໍາດັບ genome ທັງຫມົດແລະໂຄງສ້າງລະຫວ່າງຊະນິດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ພາກສະຫນາມນີ້ຊອກຫາການເປີດເຜີຍວິວັດທະນາຂອງຊະນິດພັນ, ຖອດລະຫັດການທໍາງານຂອງພັນທຸກໍາ, ແລະອະທິບາຍກົນໄກການກໍານົດທາງພັນທຸກໍາໂດຍການກໍານົດໂຄງສ້າງແລະອົງປະກອບລໍາດັບທີ່ອະນຸລັກຫຼືແຕກຕ່າງກັນໃນທົ່ວສິ່ງມີຊີວິດຕ່າງໆ. ການສຶກສາ genomics ປຽບທຽບທີ່ສົມບູນແບບປະກອບມີການວິເຄາະເຊັ່ນ: ຄອບຄົວ gene, ການພັດທະນາວິວັດທະນາການ, ເຫດການຊ້ໍາກັນຂອງ genome ທັງຫມົດ, ແລະຜົນກະທົບຂອງຄວາມກົດດັນທີ່ເລືອກ.
-
ພັນທຸ ກຳ ວິວັດທະນາການ
ແພລະຕະຟອມການວິເຄາະທາງພັນທຸກໍາຂອງປະຊາກອນ ແລະວິວັດທະນາການແມ່ນສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນບົນພື້ນຖານຂອງປະສົບການອັນໃຫຍ່ຫຼວງທີ່ສະສົມຢູ່ໃນທີມງານ R&D ຂອງ BMK ເປັນເວລາຫຼາຍປີ. ມັນເປັນເຄື່ອງມືທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ໂດຍສະເພາະແມ່ນສໍາລັບນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ບໍ່ໄດ້ສໍາຄັນໃນ bioinformatics. ເວທີນີ້ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະພື້ນຖານກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາວິວັດທະນາການພື້ນຖານລວມທັງການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ phylogenetic, ການວິເຄາະຄວາມບໍ່ສົມດຸນຂອງການເຊື່ອມໂຍງ, ການປະເມີນຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາ, ການວິເຄາະການຄັດເລືອກ, ການວິເຄາະພີ່ນ້ອງ, PCA, ການວິເຄາະໂຄງສ້າງປະຊາກອນ, ແລະອື່ນໆ.
-
Hi-C Based Genome Assembly
Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ອອກແບບມາເພື່ອບັນທຶກການຕັ້ງຄ່າໂຄໂມໂຊມໂດຍການລວມເອົາການໂຕ້ຕອບທີ່ອີງໃສ່ຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະການຈັດລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ. ຄວາມເຂັ້ມຂອງປະຕິສໍາພັນເຫຼົ່ານີ້ເຊື່ອວ່າມີຄວາມສໍາພັນທາງລົບກັບໄລຍະຫ່າງທາງກາຍະພາບຂອງໂຄໂມໂຊມ. ດັ່ງນັ້ນ, ຂໍ້ມູນ Hi-C ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອແນະນຳການຈັດກຸ່ມ, ການສັ່ງ, ແລະການກຳນົດທິດທາງຂອງລຳດັບທີ່ປະກອບຢູ່ໃນ genome ສະບັບຮ່າງ ແລະ ຍຶດເອົາໂຄໂມໂຊມຈຳນວນທີ່ແນ່ນອນ. ເທກໂນໂລຍີນີ້ສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງການປະກອບ genome ລະດັບໂຄໂມໂຊມໃນກໍລະນີທີ່ບໍ່ມີແຜນທີ່ພັນທຸກໍາໂດຍອີງໃສ່ປະຊາກອນ. ທຸກໆ genome ຕ້ອງການ Hi-C.
-
ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາຂອງພືດ/ສັດ De Novo
De Novosequencing ຫມາຍເຖິງການສ້າງພັນທຸກໍາຂອງພັນທຸກໍາໂດຍນໍາໃຊ້ເຕັກໂນໂລຢີການຈັດລໍາດັບໃນກໍລະນີທີ່ບໍ່ມີ genome ອ້າງອີງ. ການແນະນໍາແລະການຮັບຮອງເອົາຢ່າງແຜ່ຫຼາຍຂອງລໍາດັບຮຸ່ນທີສາມ, ມີລັກສະນະການອ່ານທີ່ຍາວກວ່າ, ໄດ້ປັບປຸງການປະກອບ genome ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໂດຍການເພີ່ມການຊ້ອນກັນລະຫວ່າງການອ່ານ. ການປັບປຸງນີ້ແມ່ນມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງໂດຍສະເພາະໃນເວລາທີ່ຈັດການກັບ genomes ທີ່ທ້າທາຍ, ເຊັ່ນວ່າການສະແດງ heterozygosity ສູງ, ອັດຕາສ່ວນສູງຂອງພາກພື້ນທີ່ຊ້ໍາກັນ, polyploids, ແລະພາກພື້ນທີ່ມີອົງປະກອບທີ່ຊ້ໍາກັນ, ເນື້ອໃນ GC ຜິດປົກກະຕິ, ຫຼືຄວາມສັບສົນສູງທີ່ປົກກະຕິແລ້ວໄດ້ຖືກປະກອບບໍ່ດີໂດຍໃຊ້ລໍາດັບທີ່ອ່ານສັ້ນ. ຄົນດຽວ.
ການແກ້ໄຂແບບຄົບວົງຈອນຂອງພວກເຮົາໃຫ້ບໍລິການຈັດລໍາດັບແບບປະສົມປະສານ ແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນທາງຊີວະພາບທີ່ສະໜອງພັນທຸກຳທີ່ປະກອບດ້ວຍ de novo ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ. ການສໍາຫຼວດ genome ເບື້ອງຕົ້ນກັບ Illumina ສະຫນອງການຄາດຄະເນຂອງຂະຫນາດ genome ແລະຄວາມຊັບຊ້ອນ, ແລະຂໍ້ມູນນີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອນໍາພາຂັ້ນຕອນຕໍ່ໄປຂອງລໍາດັບອ່ານຍາວກັບ PacBio HiFi, ຕິດຕາມມາດ້ວຍ.de novoການປະກອບຂອງ contigs. ການນໍາໃຊ້ການປະກອບ HiC ຕໍ່ມາເຮັດໃຫ້ການຍຶດຕິດຂອງ contigs ກັບ genome, ໄດ້ຮັບການປະກອບລະດັບ chromosome. ສຸດທ້າຍ, genome ໄດ້ຖືກບັນທຶກໄວ້ໂດຍການຄາດຄະເນຂອງ gene ແລະໂດຍການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາທີ່ສະແດງອອກ, ອີງໃສ່ການຖອດຂໍ້ຄວາມດ້ວຍການອ່ານສັ້ນແລະຍາວ.
-
ການຈັດລໍາດັບ Exome ຂອງມະນຸດທັງຫມົດ
ການຈັດລໍາດັບ exome ຂອງມະນຸດ (hWES) ໄດ້ຮັບການຍອມຮັບຢ່າງກວ້າງຂວາງວ່າເປັນວິທີການຈັດລໍາດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບແລະປະຫຍັດຄ່າໃຊ້ຈ່າຍສໍາລັບການກໍານົດການກາຍພັນທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດພະຍາດ. ເຖິງວ່າຈະມີພຽງແຕ່ປະມານ 1.7% ຂອງ genome ທັງຫມົດ, exons ມີບົດບາດສໍາຄັນໂດຍການສະທ້ອນໂດຍກົງກ່ຽວກັບຫນ້າທີ່ຂອງທາດໂປຼຕີນທັງຫມົດ. ໂດຍສະເພາະ, ໃນ genome ຂອງມະນຸດ, ຫຼາຍກວ່າ 85% ຂອງການກາຍພັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພະຍາດສະແດງອອກພາຍໃນເຂດລະຫັດໂປຣຕີນ. BMKGENE ສະຫນອງການບໍລິການຈັດລໍາດັບ exome ຂອງມະນຸດທີ່ສົມບູນແບບແລະປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍສອງຍຸດທະສາດການຈັບ exon ທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ມີຢູ່ເພື່ອຕອບສະຫນອງເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ.
-
ການຈັດລຳດັບ Fragment Amplified Specific-Locus (SLAF-Seq)
genotyping ທີ່ມີຄວາມໄວສູງ, ໂດຍສະເພາະໃນປະຊາກອນຂະຫນາດໃຫຍ່, ແມ່ນຂັ້ນຕອນພື້ນຖານໃນການສຶກສາສະມາຄົມພັນທຸກໍາແລະສະຫນອງພື້ນຖານທາງພັນທຸກໍາສໍາລັບການຄົ້ນພົບ gene ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ການວິເຄາະວິວັຖນາການ, ແລະອື່ນໆ.ການຈັດລໍາດັບ Genome Representation (RRGS)ມັກຈະຖືກນໍາໃຊ້ໃນການສຶກສາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕໍ່ລໍາດັບຕໍ່ຕົວຢ່າງໃນຂະນະທີ່ຮັກສາປະສິດທິພາບທີ່ສົມເຫດສົມຜົນໃນການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາ. RRGS ບັນລຸສິ່ງນີ້ໂດຍການຍ່ອຍ DNA ດ້ວຍ enzymes ຈໍາກັດແລະສຸມໃສ່ຂອບເຂດຂະຫນາດຂອງຊິ້ນສ່ວນສະເພາະ, ດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງຈັດລໍາດັບພຽງແຕ່ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ genome. ໃນບັນດາວິທີການ RRGS ຕ່າງໆ, Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) ແມ່ນວິທີການທີ່ສາມາດປັບແຕ່ງໄດ້ແລະມີຄຸນນະພາບສູງ. ວິທີການນີ້, ພັດທະນາເປັນເອກະລາດໂດຍ BMKGene, optimizes enzyme ຈໍາກັດທີ່ກໍານົດໄວ້ສໍາລັບທຸກໆໂຄງການ. ນີ້ຮັບປະກັນການສ້າງແທໍກ SLAF ຈໍານວນຫຼວງຫຼາຍ (400-500 bps ພາກພື້ນຂອງ genome ຖືກຈັດລໍາດັບ) ທີ່ຖືກແຈກຢາຍຢ່າງເທົ່າທຽມກັນໃນທົ່ວ genome ໃນຂະນະທີ່ຫລີກລ້ຽງພາກພື້ນທີ່ຊ້ໍາກັນ, ດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງຮັບປະກັນການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາທີ່ດີທີ່ສຸດ.
-
ຫໍສະຫມຸດ Illumina ທີ່ເຮັດໄວ້ກ່ອນ
ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ Illumina, ອີງໃສ່ Sequencing by Synthesis (SBS), ເປັນນະວັດຕະກໍາ NGS ທີ່ໄດ້ຮັບການຍອມຮັບໃນທົ່ວໂລກ, ຮັບຜິດຊອບສໍາລັບການສ້າງຫຼາຍກວ່າ 90% ຂອງຂໍ້ມູນລໍາດັບຂອງໂລກ. ຫຼັກການຂອງ SBS ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຖ່າຍຮູບ fluorescently labeled reversible terminators ຍ້ອນວ່າແຕ່ລະ dNTP ໄດ້ຖືກເພີ່ມ, ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນ cleaved ເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ການລວມຕົວຂອງຖານຕໍ່ໄປ. ດ້ວຍ dNTPs terminator-bound ທີ່ປີ້ນກັບກັນທັງສີ່ທີ່ມີຢູ່ໃນແຕ່ລະຮອບວຽນລໍາດັບ, ການແຂ່ງຂັນແບບທໍາມະຊາດຈະຫຼຸດຜ່ອນຄວາມລໍາອຽງໃນການປະກອບ. ເທັກໂນໂລຍີອະເນກປະສົງນີ້ສະໜັບສະໜຸນທັງຫ້ອງສະໝຸດແບບອ່ານດຽວ ແລະແບບຄູ່, ສະໜອງໃຫ້ຫຼາຍປະເພດການນຳໃຊ້ genomic. ຄວາມສາມາດໃນການສົ່ງຂໍ້ມູນສູງຂອງ Illumina sequencing ແລະຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງການຈັດວາງມັນເປັນພື້ນຖານສໍາຄັນໃນການຄົ້ນຄວ້າ genomics, ການສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ນັກວິທະຍາສາດເພື່ອແກ້ໄຂຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງ genomes ດ້ວຍລາຍລະອຽດແລະປະສິດທິພາບທີ່ບໍ່ກົງກັນ.
ການບໍລິການຈັດລໍາດັບຫ້ອງສະຫມຸດຂອງພວກເຮົາທີ່ສ້າງໄວ້ກ່ອນເຮັດໃຫ້ລູກຄ້າສາມາດກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດການຈັດລໍາດັບຈາກແຫຼ່ງຕ່າງໆ (mRNA, genome ທັງຫມົດ, amplicon, 10x ຫ້ອງສະຫມຸດ, ແລະອື່ນໆ). ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຫ້ອງສະຫມຸດເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກສົ່ງໄປຫາສູນລໍາດັບຂອງພວກເຮົາສໍາລັບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບແລະການຈັດລໍາດັບໃນເວທີ Illumina.
