-
ການໂຕ້ຕອບ Chromatin ທີ່ອີງໃສ່ Hi-C
Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ອອກແບບມາເພື່ອບັນທຶກການກຳນົດຄ່າທາງພັນທຸກໍາໂດຍການລວມເອົາການໂຕ້ຕອບທີ່ອີງໃສ່ຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະການຈັດລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ. ວິທີການແມ່ນອີງໃສ່ chromatin crosslinking ກັບ formaldehyde, ປະຕິບັດຕາມໂດຍການຍ່ອຍອາຫານແລະ re-ligation ໃນວິທີການທີ່ພຽງແຕ່ fragments ທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ covalently ຈະເປັນຜະລິດຕະພັນ ligation. ໂດຍການຈັດລໍາດັບຜະລິດຕະພັນ ligation ເຫຼົ່ານີ້, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະສຶກສາອົງການຈັດຕັ້ງ 3D ຂອງ genome. Hi-C ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາການແຜ່ກະຈາຍຂອງສ່ວນຕ່າງໆຂອງ genome ທີ່ມີການຫຸ້ມຫໍ່ເລັກນ້ອຍ (A compartments, euchromatin) ແລະແນວໂນ້ມທີ່ຈະດໍາເນີນການ transcriptionally, ແລະພາກພື້ນທີ່ມີການຫຸ້ມຫໍ່ແຫນ້ນກວ່າ (B compartments, Heterochromatin). Hi-C ຍັງສາມາດຖືກໃຊ້ເພື່ອຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງໂດເມນທີ່ເຊື່ອມໂຍງທາງດ້ານ Topologically (TADs), ພາກພື້ນຂອງ genome ທີ່ມີໂຄງສ້າງທີ່ພັບລົງແລະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີຮູບແບບການສະແດງອອກທີ່ຄ້າຍຄືກັນ, ແລະເພື່ອກໍານົດ loops chromatin, ພາກພື້ນ DNA ທີ່ຍຶດຫມັ້ນຮ່ວມກັນໂດຍທາດໂປຼຕີນແລະນັ້ນ. ມັກຈະອຸດົມສົມບູນໃນອົງປະກອບກົດລະບຽບ. ການບໍລິການຈັດລໍາດັບ Hi-C ຂອງ BMKGene ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດຄົ້ນຫາຂະຫນາດທາງກວ້າງຂອງ genomics, ເປີດຊ່ອງທາງໃຫມ່ສໍາລັບການເຂົ້າໃຈກົດລະບຽບຂອງ genome ແລະຜົນກະທົບຂອງມັນໃນສຸຂະພາບແລະພະຍາດ.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequncing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ແມ່ນເຕັກນິກທີ່ນໍາໃຊ້ພູມຕ້ານທານເພື່ອຄັດເລືອກເອົາໂປຣຕີນທີ່ຜູກມັດ DNA ແລະເປົ້າຫມາຍພັນທຸກໍາທີ່ສອດຄ້ອງກັນຂອງພວກມັນ. ການລວມຕົວຂອງມັນກັບ NGS ຊ່ວຍໃຫ້ການຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາຂອງເປົ້າຫມາຍ DNA ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການດັດແປງ histone, ປັດໃຈການຖ່າຍທອດ, ແລະທາດໂປຼຕີນທີ່ຜູກມັດ DNA ອື່ນໆ. ວິທີການແບບເຄື່ອນໄຫວນີ້ເຮັດໃຫ້ສາມາດປຽບທຽບສະຖານທີ່ຜູກມັດໃນທົ່ວປະເພດເຊນ, ເນື້ອເຍື່ອ ຫຼືເງື່ອນໄຂຕ່າງໆ. ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຂອງ Chip-Seq ກວມເອົາຈາກການສຶກສາກົດລະບຽບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະເສັ້ນທາງການພັດທະນາໄປສູ່ກົນໄກຂອງພະຍາດທີ່ຊັດເຈນ, ເຮັດໃຫ້ມັນເປັນເຄື່ອງມືທີ່ຂາດບໍ່ໄດ້ສໍາລັບການເຂົ້າໃຈພູມສັນຖານຂອງລະບຽບການ genomic ແລະກ້າວຫນ້າທາງດ້ານການປິ່ນປົວ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq
-
ການຈັດລໍາດັບ genome bisulfite (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ຢືນເປັນວິທີການມາດຕະຖານທອງສໍາລັບການສໍາຫຼວດໃນຄວາມເລິກຂອງ DNA methylation, ໂດຍສະເພາະຕໍາແຫນ່ງທີຫ້າໃນ cytosine (5-mC), ການຄວບຄຸມທີ່ສໍາຄັນຂອງການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະກິດຈະກໍາຂອງເຊນ. ຫຼັກການພື້ນຖານ WGBS ກ່ຽວຂ້ອງກັບການປິ່ນປົວ bisulfite, ກະຕຸ້ນການປ່ຽນ cytosines unmethylated ກັບ uracil (C ເປັນ U), ໃນຂະນະທີ່ເຮັດໃຫ້ methylated cytosines ບໍ່ປ່ຽນແປງ. ເຕັກນິກນີ້ສະຫນອງການແກ້ໄຂພື້ນຖານດຽວ, ໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດສືບສວນຢ່າງລະອຽດກ່ຽວກັບ methylome ແລະຄົ້ນພົບຮູບແບບ methylation ຜິດປົກກະຕິທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບສະພາບການຕ່າງໆ, ໂດຍສະເພາະມະເຮັງ. ໂດຍການຈ້າງ WGBS, ນັກວິທະຍາສາດສາມາດໄດ້ຮັບຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ບໍ່ມີຕົວຕົນໃນພູມສັນຖານ methylation ກວ້າງຂອງ genome, ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈລະອຽດກ່ຽວກັບກົນໄກ epigenetic ທີ່ underlies ຂະບວນການທາງຊີວະພາບທີ່ຫຼາກຫຼາຍແລະພະຍາດ.
-
ການວິເຄາະສໍາລັບ Transposase-Accessible Chromatin ດ້ວຍລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ (ATAC-seq)
ATAC-seq ແມ່ນເຕັກນິກການລຽງລຳດັບທີ່ຜ່ານລະດັບສູງທີ່ໃຊ້ໃນການວິເຄາະການເຂົ້າເຖິງຂອງ genome-wide chromatin. ການນໍາໃຊ້ມັນໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈຢ່າງເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບກົນໄກສະລັບສັບຊ້ອນຂອງການຄວບຄຸມ epigenetic ທົ່ວໂລກກ່ຽວກັບການສະແດງອອກ gene. ວິທີການໃຊ້ hyperactive Tn5 transposase ເພື່ອແຍກຊິ້ນສ່ວນແລະແທັກພາກພື້ນ chromatin ໃນເວລາດຽວກັນໂດຍການໃສ່ຕົວດັດແປງລໍາດັບ. ການຂະຫຍາຍ PCR ຕໍ່ມາສົ່ງຜົນໃຫ້ເກີດການສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດລໍາດັບ, ເຊິ່ງອະນຸຍາດໃຫ້ມີການກໍານົດທີ່ສົມບູນແບບຂອງພາກພື້ນ chromatin ເປີດພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະຂອງຊ່ອງ. ATAC-seq ສະຫນອງທັດສະນະລວມຂອງພູມສັນຖານ chromatin ທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້, ບໍ່ເຫມືອນກັບວິທີການທີ່ສຸມໃສ່ພຽງແຕ່ສະຖານທີ່ຜູກພັນປັດໄຈການຖອດຂໍ້ຄວາມຫຼືພາກພື້ນທີ່ແກ້ໄຂ histone ສະເພາະ. ໂດຍການຈັດລໍາດັບພາກພື້ນ chromatin ທີ່ເປີດເຫຼົ່ານີ້, ATAC-seq ເປີດເຜີຍພາກພື້ນທີ່ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີລໍາດັບລະບຽບການທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວແລະສະຖານທີ່ຜູກມັດປັດໄຈການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ມີທ່າແຮງ, ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ມີຄຸນຄ່າໃນການດັດແປງແບບເຄື່ອນໄຫວຂອງການສະແດງອອກຂອງ genome ໃນທົ່ວ genome.
-
ການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ Bisulfite Sequencing (RRBS)
ການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ Bisulfite Sequencing (RRBS) ໄດ້ອອກມາເປັນທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະປະສິດທິພາບຂອງ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ໃນການຄົ້ນຄວ້າ DNA methylation. ໃນຂະນະທີ່ WGBS ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ສົມບູນແບບໂດຍການກວດສອບ genome ທັງຫມົດໃນການແກ້ໄຂພື້ນຖານດຽວ, ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ສູງຂອງມັນສາມາດເປັນປັດໃຈຈໍາກັດ. RRBS ຍຸດທະສາດຫຼຸດຜ່ອນສິ່ງທ້າທາຍນີ້ໂດຍການເລືອກການວິເຄາະສ່ວນຕົວແທນຂອງ genome. ວິທີການນີ້ແມ່ນອີງໃສ່ການເສີມສ້າງຂອງພາກພື້ນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງເກາະ CpG ໂດຍການແຕກແຍກຂອງ MspI ປະຕິບັດຕາມໂດຍການຄັດເລືອກຂະຫນາດຂອງ 200-500/600 bps fragments. ດັ່ງນັ້ນ, ພຽງແຕ່ເຂດໃກ້ຄຽງກັບເກາະ CpG ໄດ້ຖືກຈັດລໍາດັບ, ໃນຂະນະທີ່ເກາະ CpG ຫ່າງໄກແມ່ນໄດ້ຖືກຍົກເວັ້ນຈາກການວິເຄາະ. ຂະບວນການນີ້, ສົມທົບກັບການຈັດລໍາດັບ bisulfite, ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມລະອຽດສູງໃນການກວດສອບ DNA methylation, ແລະວິທີການຈັດລໍາດັບ, PE150, ສຸມໃສ່ໂດຍສະເພາະໃນປາຍຂອງ inserts ແທນທີ່ຈະເປັນກາງ, ເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ methylation profileing. RRBS ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄຸນຄ່າທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ການຄົ້ນຄວ້າ DNA methylation ທີ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະກ້າວຫນ້າທາງດ້ານຄວາມຮູ້ກ່ຽວກັບກົນໄກການແຜ່ພັນ.
