Exclusive Agency for Korea

ຜະລິດຕະພັນ

ພືດ / ສັດ de Novo Genome Genome Genome Genome

ພືດ / ສັດ de Novo ແບບປະຕິບັດພາບທີ່ມີຄຸນສົມບັດ

ບໍ່ Novoລໍາດັບຫມາຍເຖິງການກໍ່ສ້າງຊະນິດພັນທັງຫມົດໂດຍໃຊ້ເຕັກໂນໂລຢີການຕັ້ງຄ່າໃນເວລາທີ່ບໍ່ມີການອ້າງອີງ. ການແນະນໍາແລະການຮັບຮອງເອົາຢ່າງແຜ່ຫຼາຍໃນການຈັດລໍາດັບທີສາມ, ມີການອ່ານທີ່ຍາວນານ, ໃຫ້ມີການປະກອບສ່ວນທີ່ດີກວ່າໂດຍການເພີ່ມຂື້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍລະຫວ່າງການອ່ານລະຫວ່າງການອ່ານ. ການປັບປຸງນີ້ແມ່ນມີຄວາມຈໍາເປັນໂດຍສະເພາະເມື່ອຈັດການກັບ Genomesgosity, ແລະພາກສ່ວນທີ່ມີຄວາມສາມາດໃນການຊ້ໍາ, ຫຼືສັບຊ້ອນທີ່ປົກກະຕິ ດຽວ.

ວິທີແກ້ໄຂປະຕູດຽວຂອງພວກເຮົາໃຫ້ບໍລິການຕາມລໍາດັບທີ່ມີການປັບປຸງແລະການວິເຄາະດ້ານຊີວະພາບທີ່ສົ່ງເສີມການປະຊຸມທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ. ການສໍາຫຼວດ Genemal Bent ກັບ Illumina ໃຫ້ການຄາດຄະເນຂອງຂະຫນາດເພດແລະຄວາມສັບສົນ, ແລະຂໍ້ມູນນີ້ແມ່ນເພື່ອນໍາໃຊ້ຂັ້ນຕອນຕໍ່ໄປຂອງລໍາດັບທີ່ອ່ານຕໍ່ໄປກັບ Pacbio Hifi, ຕິດຕາມດ້ວຍບໍ່ Novoສະພາແຫ່ງຂອງ contigs. ການນໍາໃຊ້ hic ຕໍ່ມາຂອງການຊຸມນຸມເຮັດໃຫ້ການສະຫນັບສະຫນູນຂອງສະຖານະການຂອງ genome, ໄດ້ຮັບການປະກອບ chromosome. ສຸດທ້າຍ, genome ແມ່ນບໍ່ມີຊີວິດໂດຍການຄາດຄະເນໂດຍເຊື້ອສາຍແລະໂດຍການດໍາເນີນງານທີ່ສະແດງອອກເຖິງເຊື້ອສາຍທີ່ສະແດງອອກເປັນຕົວຫນັງສືທີ່ມີສັ້ນແລະຍາວນານ.

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະພາບ

ຜົນໄດ້ຮັບສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ

●ການເຊື່ອມໂຍງການບໍລິການທີ່ມີການຕໍ່ລະບົບແລະການບໍລິການຊີວະພາບຫລາຍຢ່າງໃນການແກ້ໄຂຫນຶ່ງດຽວ:

ການສໍາຫຼວດ Genome ກັບ Illumina ເພື່ອປະເມີນຂະຫນາດ genome ແລະຄູ່ມືຕໍ່ໄປຕໍ່ໄປ;

ການອ່ານທີ່ຍາວນານສໍາລັບບໍ່ Novoສະພາແຫ່ງຊາດ;

ການຜ່າຕັດ hi-c ສໍາລັບການຈອດລົດໂຄຣໂມໂຊມ;

ການສືບສວນ MRNA ສໍາລັບການບັນທຶກພັນທຸກໍາ;

ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງການຊຸມນຸມ.

●ການບໍລິການທີ່ເຫມາະສົມສໍາລັບການກໍ່ສ້າງນະວະນິຍາຍຫຼືການປັບປຸງການອ້າງອິງທີ່ມີຢູ່ສໍາລັບຊະນິດທີ່ສົນໃຈ.

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

1dealopment-of-sequenport-sequenport-code-code-ciatinformatics-in-de-acove-submone

ການພັດທະນາເວທີການລໍາດັບແລະຊີວະພາບໃນບໍ່ Novoສະພາແຫ່ງ Genome

(amarasing so et et al.,ຊີວະສາດ Genome, 2020)

●ບັນທຶກການອະນຸມັດແລະການພິມເຜີຍແຜ່ຢ່າງກວ້າງຂວາງ: Bmkgene ໄດ້ສະສົມປະສົບການທີ່ມີຄຸນນະພາບໃນການປະກອບ genome ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ, ລວມທັງຊະນິດຊັ້ນສູງແລະສະຫຼັບສັບຊ້ອນສູງຂອງຊະນິດພັນ polypeloid ແລະ allopolyploid. ນັບຕັ້ງແຕ່ປີ 2018, ພວກເຮົາໄດ້ປະກອບສ່ວນໃຫ້ແກ່300 ສິ່ງພິມທີ່ມີຜົນກະທົບສູງ, ແລະ 20+ ຂອງພວກເຂົາຖືກລົງໃນວິລະກໍາ.

●ວິທີແກ້ໄຂຫນຶ່ງໂມງ: ວິທີການປະສົມປະສານຂອງພວກເຮົາລວມເອົາເຕັກໂນໂລຢີທີ່ມີການຕັ້ງຄ່າແລະການວິເຄາະທາງຊີວະພາບທີ່ມີການເຮັດວຽກທີ່ມີຄຸນນະພາບ, ໃຫ້ມີເພດທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ.

●ເຫມາະສົມກັບຄວາມຕ້ອງການຂອງທ່ານ: ຜົນກະທົບດ້ານການບໍລິການຂອງພວກເຮົາແມ່ນສາມາດປັບແຕ່ງໄດ້, ໃຫ້ການປັບຕົວສໍາລັບ genomes ທີ່ມີຄຸນນະສົມບັດແລະຄວາມຕ້ອງການຄົ້ນຄ້ວາສະເພາະ. ນີ້ປະກອບມີຜູ້ທີ່ມີຄວາມສະດວກສະບາຍ genomes, genomes polyloid, genomes heterozygous ສູງ, ແລະອື່ນໆ.

●ທີມງານຊີວະປະຫວັດທີ່ມີຄວາມຊໍານານສູງແລະຫ້ອງທົດລອງ: ດ້ວຍປະສົບການທີ່ດີໃນທັງການທົດລອງແລະຊີວະປະຫວັດດ້ານຫນ້າຂອງສະພາແຫ່ງຄວາມເປັນບວກແລະຊຸດສິດທິບັດແລະສະຫງວນລິຂະສິດແລະສະຫງວນລິຂະສິດ.

●ການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍເກີນໄປທີ່ໂຄງການສໍາເລັດດ້ວຍໄລຍະການບໍລິການຫລັງການຂາຍໃນເວລາ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການແກ້ໄຂບັນຫາ, ການຊ່ວຍເຫຼືອ, ແລະ Q & A Sessions ເພື່ອແກ້ໄຂການສອບຖາມທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.

ຂໍ້ສະເພາະຂອງການບໍລິການ

ການສໍາຫຼວດ Genome

ສະພາແຫ່ງ Genome

ໂຄໂມໂຊມ

ຄໍາອະທິບາຍ genome

50x Illumina Novase/ PE150

30x PACBIE CCS Hifi ອ່ານ

100x hi-c

RNA-SEQ Illumina PE150 10 GB

(ເປັນທາງເລືອກ)

ຄວາມຍາວເຕັມ rna-seq Pacbio 40 GB ຫຼື

Nanepore 12 GB

ຄວາມຕ້ອງການດ້ານການບໍລິການ

ສໍາລັບການສໍາຫຼວດ Genome, Genome Sublic ແລະ Hi-C ປະຊຸມສະໄຫມ:

ເນື້ອເຍື່ອຫຼືກົດທີ່ສັບສົນ	ການສໍາຫຼວດ Genome	ການຊຸມນຸມ Genome ກັບ Pacbio	hi-c ປະຈໍາ
viscera ສັດ	0.5-1 g	≥ 3.5 g	≥2 g
ກ້າມເນື້ອ	0.5-1 g	≥ 5 g	≥2 g
ເລືອດ mammalian	1.5 ມລ	≥ 5 ml	≥2ມລ
ເລືອດສັດປີກ / ເລືອດປາ	1.5 ມລ	≥ 0.5 ml	≥2ມລ
ຈຸ້ມ»ໃບສົດ	1-2 g	≥ 5 g	≥ 4 g
ຈຸລັງວັດທະນະທໍາ		≥ 1x10⁸	≥ 1x10⁷
ແມງໄມ້	0.5-1 g	≥ 3 g	≥ 2 g
dna ສະກັດ	ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ: ≥1 ng / μL ຈໍານວນ≥ 30 ng ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການປົນເປື້ອນ	ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ: ≥ 50 NG / μL ຈໍານວນເງິນ: 10 μg / flow cell / ຕົວຢ່າງ od260 / 280 = 1.7-2.2 od260 / 230 = 1.8-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການປົນເປື້ອນ	-

ສໍາລັບຄໍາອະທິບາຍ genome ກັບ transcriptomics:

ເນື້ອເຍື່ອຫຼືກົດທີ່ສັບສົນ	[ດັດແກ້] ປະເພດ Illumina	PACBIO TransRITEME	Nanepore Transcriptome
ພືດ - ຮາກ / ສັດ / ກີບ	450 ມລກ	600 ມລກ
ພືດ - ໃບ / ແກ່ນ	300 ມກ	300 ມກ
ພືດ - ຫມາກໄມ້	1.2 g	1.2 g
ຫົວໃຈສັດ / ລໍາໄສ້ສັດ	300 ມກ	300 ມກ
ສັດ viscera / ສະຫມອງ	240 ມກ	240 ມກ
ກ້າມເນື້ອ	450 ມລກ	450 ມລກ
ກະດູກສັດ / ຜົມ / ຜິວຫນັງ	1 g	1 g
Arthropod - ແມງໄມ້	6	6
Arthropod -Crustacea	300 ມກ	300 ມກ
ເລືອດທັງຫມົດ	1 ທໍ່	1 ທໍ່
ສະກັດ RNA	ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ: ≥ 20 ng / μL ຈໍານວນເງິນ≥ 0.3 μg od260 / 280 = 1.7-2.5 od260 / 230 = 0.5-2.5 ຢ≥ 6 5≥28s / 18S≥1	ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ: ≥ 100 ng / μL ຈໍານວນ≥ 0.75 μg od260 / 280 = 1.7-2.5 od260 / 230 = 0.5-2.5 ຢ≥ 8 5≥28s / 18S≥1	ຄວາມເຂັ້ມຂົ້ນ: ≥ 100 ng / μL ຈໍານວນ≥ 0.75 μg od260 / 280 = 1.7-2.5 od260 / 230 = 0.5-2.5 ຢ≥ 7.5 5≥28s / 18S≥1

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

ບັນຈຸ: 2 ml centrifuge ທໍ່ (foil ກົ່ວບໍ່ຖືກແນະນໍາ)

(ສໍາລັບຕົວຢ່າງສ່ວນໃຫຍ່, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ຮັກສາໃນເອທານອນ.)

ປ້າຍຕົວຢ່າງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການຕິດສະຫຼາກແລະຄ້າຍຄືກັນກັບແບບຟອມຂໍ້ມູນຕົວຢ່າງທີ່ສົ່ງໄວ້.

ການຂົນສົ່ງ: ນ້ໍາກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຈໍາເປັນຕ້ອງໃສ່ຖົງໃສ່ໃນຖົງທໍາອິດແລະຖືກຝັງໄວ້ໃນນ້ໍາກ້ອນແຫ້ງ.

ກະແສໄຟຟ້າ

ກະແສການເຮັດວຽກບໍລິການ

ການທົດລອງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການສະກັດເອົາ DNA

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ລໍາດັບຄວາມປອດໄພ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫລັງການຂາຍ

ທີ່ຜ່ານມາ: ການຕັ້ງຖິ່ນຖານຂອງມະນຸດທັງຫມົດ

ຕໍ່ໄປ: ສະບາຍດີ hi-c ອີງໃສ່

ສໍາເລັດການວິເຄາະດ້ານຊີວະວິທະຍາ, ແຍກໃນ 4 ຂັ້ນຕອນ:

1) ການສໍາຫຼວດ Genome, ອີງໃສ່ການວິເຄາະ K-me ກັບ NGs ອ່ານ:

ການຄາດຄະເນຂອງຂະຫນາດເພດ

ການຄາດຄະເນຂອງ heterozygosity

ການຄາດຄະເນຂອງເຂດຊໍ້າຊາກ

2) ສະພາແຫ່ງ genome ກັບ Pacbio Hifi:

ບໍ່ Novoການປະຊຸມ

ການປະເມີນຜົນຂອງການຊຸມນຸມ: ລວມທັງການວິເຄາະທາງລົດເມ

3) ສະຫນັບສະຫນູນ Hi-C:

hi-c ຫ້ອງສະຫມຸດ QC: ການຄາດຄະເນຂອງການພົວພັນ Hi-C ທີ່ຖືກຕ້ອງ

ສະບາຍດີສະບາຍດີ: ກຸ່ມກຸ່ມຂອງກຸ່ມ, ຕິດຕາມດ້ວຍການສັ່ງຊື້ພາຍໃນແຕ່ລະກຸ່ມແລະການມອບຫມາຍການກໍານົດທິດທາງ

ການປະເມີນ Hi-C

4) ຄໍາອະທິບາຍ Genome:

ການຄາດຄະເນ RNA ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ

ການຈໍາແນກລໍາດັບທີ່ຊໍ້າຊາກ (Transposons ແລະ Tandem ເຮັດເລື້ມຄືນ)

ການຄາດຄະເນ

§ບໍ່ Novo: ab initio algorithms

§ອີງໃສ່ homology

§ອີງຕາມການໂອນເງິນ, ໂດຍມີການອ່ານຍາວແລະສັ້ນ: ອ່ານແມ່ນບໍ່ Novoປະກອບຫຼືວາງແຜນໃສ່ຮ່າງ GOOME

§ anynotation ຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຄາດຄະເນກັບຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍບ່ອນ

1) ການສໍາຫຼວດ genome- ການວິເຄາະ K-mer

2) ການປະກອບ Genome

2) ສະພາແຫ່ງ genome - Pacbio Hifi ອ່ານການສ້າງແຜນທີ່ໃຫ້ກັບສະພາແຫ່ງ

2) ການປະກອບ Hi-C - ການຄາດຄະເນຂອງຄູ່ໂຕ້ຕອບທີ່ຖືກຕ້ອງ

3) ການປະເມີນຜົນສະຫນັບສະຫນູນສະຫນັບສະຫນູນ Hi-C

4) ຄໍາອະທິບາຍ Genome - ການເຊື່ອມໂຍງກັບພັນທຸກໍາທີ່ຄາດຄະເນໄວ້

4) ຄໍາອະທິບາຍ genome - ການຄາດຄະເນພັນທຸກໍາ

ສໍາຫຼວດຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກຈາກການບໍລິການຂອງປະເທດ BMKGene 'ຂອງ BMKGENE ໂດຍຜ່ານການເກັບກໍາຂໍ້ມູນທີ່ສະສົມ:

Li, C. et al. (2021). DOI: 10.1038 / S41467-021-2137-X.

Li, Y. et al. (2023) 'ການປ່ຽນແປງການປ່ຽນແປງຂອງໂຄໂມໂຊມຂະຫນາດໃຫຍ່ນໍາໄປສູ່ການປ່ຽນແປງການສະແດງອອກທີ່ມີຂະຫນາດໃຫຍ່, ການປັບຕົວແບບສະເພາະ, ແລະວິວັດທະນາການທາງໂມເລກຸນແລະວິວັດທະນາການ, 40). DOI: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.

tian, T. et al. (2023) 'ການປະຊຸມ genome ແລະການຕັດສິນພັນທຸກໍາຂອງສາລີທີ່ມີຄວາມແຫ້ງແລ້ງ, ຕົ້ນກໍາເນີດ 2023 55: 3, 55 (3), PP. 496-506. DOI: 10.1038 / s41588-023-01297-y.

Zhang, F. et al. (2023) 'ເປີດເຜີຍວິວັດທະນາການຂອງ biosynole biosthane alkaloid ໂດຍການວິເຄາະໃນຄອບຄົວ Solanaceae', ທໍາມະຊາດ 2023 14: 1, 14 (1), PP. 1-18. DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4.

ກໍລະນີການສຶກສາທີ່ທ້າທາຍ:

ສະຫະປະຊຸມ Telomere-To-Telomere:Fu, A. et al. (2023) 'ການປະຊຸມທີ່ມີຄວາມຂົມຂື່ນ (Momordica Charantia L. var. DOI: 10.1093 / hr / uhac228.

ສະພາແຫ່ງ Haplototype:Hu, W. et al. (2021) 'ຜູ້ທີ່ມີການກໍານົດຂໍ້ບົກພ່ອງໃນລະຫວ່າງ Cassava Evolution', ຕົ້ນໂມເລກຸນ, 14) ,,,, ຫນ້າ 851-854. DOI: 10.1016 / J.MOLP.2021.04.009.

ລາຍລະອຽດຂອງ Giant Genome:Yuan, J. et al. (2022) ພື້ນຖານ Genomic-Chromosomes ແລະ Giga-GiTion ຂອງ Paeonia PaEonia Ostii ', ທໍາມະຊາດ 2022 13: 1, 13), PP. 1-16. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.

ສະພາ Polyploid Genome:Zhang, Q. et al. (2022) 'ຄວາມເຂົ້າໃຈພັນເພດສໍາພັນກັບການຫຼຸດຜ່ອນໂຄໂມໂຊມທີ່ຜ່ານມາຂອງ Autcane Sacchane Sacchane Sacchane Sacchane Sacchane', ທໍາມະຊາດ 2022 54 54 (64), PP. 885-896. DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.