Pacbio transcriptome ຄວາມຍາວເຕັມ

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງ isoforms transcript, ສ່ອງແສງກ່ຽວກັບ polyadenylation ທາງເລືອກແລະການ splicing, ແລະນໍາໄປສູ່ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງ gene ທີ່ຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂຶ້ນ. BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome pipeline ຖືກອອກແບບມາເພື່ອວິເຄາະຫ້ອງສະໝຸດ cDNA ຕາມລຳດັບໃນໂໝດ Circular Consensus Sequencing (CCS) ແລະ ກຳນົດລຳດັບ Full-Length Non-Chimeric (FLNC), ເຊິ່ງຫຼັງຈາກນັ້ນຖືກຈັດກຸ່ມເຂົ້າໃນການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ບໍ່ຊ້ຳຊ້ອນ. ການວິເຄາະ BUSCO ຕໍ່ມາປະເມີນຄວາມສົມບູນຂອງການປະກອບການຖອດຂໍ້ຄວາມ. ຈາກ transcriptome ປະກອບ, ການວິເຄາະຫຼາຍແມ່ນປະຕິບັດ: splicing ທາງເລືອກ, ການເຮັດເລື້ມຄືນລໍາດັບງ່າຍດາຍ (SSR), ການຄາດຄະເນຂອງ lncRNA ແລະ genes ເປົ້າຫມາຍທີ່ສອດຄ້ອງກັນ, ການຄາດຄະເນຂອງພັນທຸກໍານິຍາຍ, ການວິເຄາະຄອບຄົວຂອງ gene, ການວິເຄາະປັດໄຈການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດຂອງ transcripts.