ທັງຫມົດ sonics genome
ການຕິດຕາມກວດກາ Genomics ຂອງ SARS-COV-2 ຍົກລະດັບຕົວແປ NSP1 ທີ່ປ່ຽນແປງທີ່ໂມດູນປະເພດ ifulates
Nanepore | Illumina | ທັງຫມົດ sonics genome | metagenomics | RNA-SEQ | ຊ່າງ
ເຕັກໂນໂລຢີ BioMarener ໄດ້ສະຫນອງການສະຫນັບສະຫນູນດ້ານເຕັກນິກກ່ຽວກັບການສືບຕໍ່ຕົວຢ່າງໃນການສຶກສາຄັ້ງນີ້.
ຈຸດເດັ່ນ
1.Sars-COV-COV-2 Genome ແລະການວິເຄາະແບບ phyelognetic ລະບຸ 35 ເມັດທີ່ປ່ຽນເປັນປະຈໍາ 35 ລວມທັງ 31 snaps ແລະ 4 indels.
2. ສະແດງຄວາມຫມາຍທີ່ມີ 117 Phenotypes Clinical ເປີດເຜີຍໃຫ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າມີທ່າແຮງ
ການກາຍພັນທີ່ສໍາຄັນ.
δ500-532ໃນພາກພື້ນ NSP1 Coding ເຊື່ອມໂຍງກັບໄວຣັດຕ່ໍາ
3. Reload ແລະ Serum IFN-β.
4. Avviral Isolates ທີ່ມີδ500-532 Mume ກະຕຸ້ນຕ່ໍາ IFN-i
ການຕອບສະຫນອງໃນຈຸລັງທີ່ຕິດເຊື້ອ.
ການອອກແບບແບບທົດລອງ
ຜົນສໍາເລັດ
1. Covid-19 ການເຝົ້າລະວັງການລະບາດແລະ Genomic
ຂໍ້ມູນທາງດ້ານການແພດໄດ້ຖືກເກັບຢູ່ແຂວງໄຊທານີ, ຈີນໃນໄລຍະການລະບາດນັບແຕ່ວັນທີ 2020, ປີ 2020. ນະຄອນຫຼວງ. ກໍລະນີທີ່ຖືກຢືນຢັນໃນເມືອງ Sichuan ເພີ່ມຂື້ນຢ່າງໄວວາ, ສູງສຸດໃນວັນທີ 30 ມັງກອນ. ນອກຈາກນີ້, ຂໍ້ມູນໄດ້ສະຫນັບສະຫນູນວ່າການຫ່າງໄກທາງດ້ານສັງຄົມສາມາດເປັນປັດໃຈຫຼັກໃນການປ້ອງກັນການແຜ່ກະຈາຍເຊື້ອໄວຣັສ.
ຮູບທີ 1. ການສຶກສາລະບາດຂອງ Covid-19 ໃນແຂວງ Sichuan, ຈີນ
2. SARS-COV-2 ແລະການກໍ່ສ້າງ Genome ແລະການກໍານົດຕົວແປ
ດ້ວຍການຂະຫຍາຍຕົວໄວຣັສ multrr ປະຕິບັດຕາມດ້ວຍ Nanepore Cance, ທັງຫມົດ 310 10 ໃກ້ - ຫຼື genomes ທີ່ຄົບຖ້ວນ - ຫຼືສ່ວນປະກອບທີ່ສົມບູນຈາກຜູ້ປ່ວຍ 248. 80% ຂອງ Genome ທີ່ປົກຄຸມດ້ວຍ 10 ອ່ານ (ຫມາຍຄວາມວ່າຄວາມເລິກ: 0.39 m ອ່ານຕໍ່ຕົວຢ່າງ).
ຮູບທີ 2. ຄວາມຖີ່ຂອງແຕ່ລະຕົວປ່ຽນແປງໃນການປ່ຽນແປງຂອງ Sichuan Cohort
ທັງຫມົດ 104 snaps ແລະ 18 indel ໄດ້ຖືກກໍານົດຈາກ SAR-COV-COV-2 Genomes, ໃນຂະນະທີ່ 31 snaps ແລະ 4 indel ໄດ້ຖືກລະບຸວ່າເປັນຕົວປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂື້ນ. ໂດຍການປຽບທຽບພວກມັນດ້ວຍ 169 ຕົວຢ່າງຈາກ Wuhan ແລະມີລໍາດັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງໃນ Gisaid, 29 ຂອງ 35 ຕົວແປທີ່ນໍາສະເຫນີໃນທະວີບອື່ນໆ. ໂດຍສະເພາະ, ສີ່ຕົວປ່ຽນແປງລວມທັງδ500-532, acc18108AT, ບັນທຶກການເດີນທາງຂອງຄົນເຈັບ.
ການວິເຄາະວິເສດທີ່ມີວິທີການທີ່ມີຄວາມເປັນໄປໄດ້ (ML) ວິທີການ (ML). Genomes with ∆500-532 (Deletions in Nsp1 coding region) were found distributed sparsely in the phylogenetic tree. ການວິເຄາະ HAPLOTOTOTE ກ່ຽວກັບ NSP1 VSIANS ທີ່ລະບຸວ່າ 5 ຄົນຈາກຫລາຍເມືອງ. ຜົນໄດ້ຮັບເຫຼົ່ານີ້ໄດ້ແນະນໍາວ່າδ500-532ເກີດຂື້ນໃນຫລາຍເມືອງແລະອາດຈະນໍາເຂົ້າຫຼາຍໆຄັ້ງຈາກ Wuhan.
ຮູບທີ 2. ການວິເຄາະພັນທຸກໍາແລະການວິເຄາະແບບພິທີການທີ່ເກີດຂື້ນໃຫມ່ໃນ SARS-COV-2 Genomes
3. ສະມາຄົມຕົວປ່ຽນແປງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂື້ນກັບຜົນສະທ້ອນທາງດ້ານການຊ່ວຍ
117 Phenotypes ທາງດ້ານການຊ່ວຍແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບ covid-19 ຄວາມຮຸນແຮງ, ບ່ອນທີ່ 19 phenotypes ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຮຸນແຮງໄດ້ຖືກຈັດເຂົ້າໃນລັກສະນະທີ່ບໍ່ຄ່ອຍມີລັກສະນະ. ຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງລັກສະນະເຫຼົ່ານີ້ແລະຕົວປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂື້ນໃນວັນທີ 35 ມີຫຼາຍເທົ່າທີ່ມີຄວາມຮ້ອນໃນຄວາມຮ້ອນຂອງ BI-Cluster. ການວິເຄາະການເພີ່ມຂື້ນຂອງ GSEA ທີ່ຄ້າຍຄືກັບδ500-532ແມ່ນມີຄວາມສໍານຶກຜິດໃນທາງລົບກັບ ESR, Serum Ifn-β itcd3 + CD8 + T Cell Cell ໃນເລືອດ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ການທົດສອບ QPCR ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຄົນເຈັບທີ່ຕິດເຊື້ອໄວຣັດ hailling δ500-532ມີມູນຄ່າທີ່ສູງທີ່ສຸດ, ຫມາຍຄວາມຕ່ໍາທີ່ສຸດ.
ຮູບທີ 3. ສະມາຄົມຂອງຕົວປ່ຽນແປງພັນທຸກໍາທີ່ເກີດຂື້ນອີກ 35 ຄົນທີ່ມີ phenotypes ຄລີນິກ
4. ຄວາມຖືກຕ້ອງກ່ຽວກັບການ mutation viral ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ phenotypes ຄລີນິກ
ເພື່ອໃຫ້ເຂົ້າໃຈເຖິງຜົນກະທົບຂອງδ500-532ໃນຫນ້າທີ່ NSP1, ຈຸລັງ Hek239t ຖືກໂອນໃຫ້ມີຄວາມຍາວ, WT NSP1 ແລະແບບຟອມທີ່ມີຮູບແບບກັບການລຶບ. ຂໍ້ມູນນິຍົມຂອງແຕ່ລະຈຸລັງທີ່ໄດ້ຮັບການທົດສອບສໍາລັບການວິເຄາະ PCA, ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຜູ້ລົບລ້າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນຢ່າງຂ້ອນຂ້າງໃກ້ຊິດກັບ WT NSP1. Generes ທີ່ໄດ້ຮັບການອະນຸມັດຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຂະບວນການທີ່ມີຂະຫນາດໃຫຍ່ໃນຂະບວນການ / ການທົດສອບຊີວະວິທະຍາ "," ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, "
ຮູບທີ 4. ການວິເຄາະແບບພິເສດກ່ຽວກັບຈຸລັງ hek239t ໄດ້ຮັບການໂອນເງິນໂດຍ WT NSP1 ແລະວ່າດ້ວຍການລຶບ
ຜົນກະທົບຂອງການລຶບໃນ IFN-1 ການຕອບຮັບກໍ່ໄດ້ຮັບການທົດສອບໃນການສຶກສາເກີນກໍານົດ. ການລຶບທັງຫມົດທີ່ຖືກທົດສອບໄດ້ຖືກສະແດງໃຫ້ເຫັນການຫຼຸດຜ່ອນ IFN-1 redsons ໃນລະດັບ HEK239 ແລະ A549 ທີ່ມີທັງລະດັບມາດຕະຖານແລະລະດັບທາດໂປຼຕີນ. ສິ່ງທີ່ຫນ້າສົນໃຈ, ພັນທຸກໍາທີ່ມີການກໍານົດຢ່າງຫຼວງຫຼາຍແມ່ນໄດ້ຮັບການຕອບສະຫນອງຕໍ່ໄວຣັດ "," ແລະ "ການຕອບສະຫນອງຕໍ່ Type i Interferon".
ຮູບທີ 5. ລະບຽບການສະແດງຂອງເສັ້ນທາງສັນຍານສັນຍານ interferon ໃນδ500-532 Mutant
ໃນການສຶກສາຄັ້ງນີ້, ຜົນກະທົບຂອງການລຶບເຫຼົ່ານີ້ກ່ຽວກັບໄວຣັດໄດ້ຮັບການຢັ້ງຢືນຕື່ມອີກໂດຍການສຶກສາການຕິດເຊື້ອໄວຣັດ. ໄວຣັດທີ່ມີ mutants ທີ່ແນ່ນອນໄດ້ຖືກແຍກອອກຈາກຕົວຢ່າງທາງຄລີນິກແລະຕິດເຊື້ອໃນ Calu-3 Cell. ຜົນໄດ້ຮັບລະອຽດກ່ຽວກັບການສຶກສາຕິດເຊື້ອໄວຣັດສາມາດອ່ານໄດ້ໃນເຈ້ຍ.
DOI:10.1016 / j.Chom.2021.01.015
ເອກະສານອ້າງອີງ
Lin J, Tang C, Wei H, et al. ການຕິດຕາມເພດ Genomic ຂອງ Salars-2 ReCovers ຕົວແປ NSP1 ທີ່ກໍາລັງຈະປ່ຽນແປງ NSP1 ທີ່ Modfelates Type i ເຈົ້າພາບຫ້ອງ & microbe, 2021.
ຂ່າວແລະຈຸດເດັ່ນ ຈຸດປະສົງໃນການແບ່ງປັນຄະດີທີ່ປະສົບຜົນສໍາເລັດລ້າສຸດກັບ Tech Technologies, ການຈັບຜົນສໍາເລັດທາງວິທະຍາສາດນະວະນິຍາຍພ້ອມທັງເຕັກນິກທີ່ໂດດເດັ່ນທີ່ນໍາໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການສຶກສາ.
ເວລາໄປສະນີ: Jan-06-2022