BMKMANU S3000_ການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກພື້ນທີ່
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
ຄຸນສົມບັດ
- ຄວາມລະອຽດ 3.5 µM
- ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຈຸດ: 2.5 µM
- ຈໍານວນຈຸດ: ປະມານ 4 ລ້ານ
- 3 ຮູບແບບພື້ນທີ່ການຈັບພາບທີ່ເປັນໄປໄດ້: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ຫຼື 15 mm * 20 mm
- ແຕ່ລະລູກປັດ barcoded ມີ primers ປະກອບດ້ວຍ 4 ພາກສ່ວນ:
• ຫາງ poly(dT) ສໍາລັບ mRNA priming ແລະການສັງເຄາະ cDNA,
• Unique Molecular Identifier (UMI) ເພື່ອແກ້ໄຂອະຄະຕິການຂະຫຍາຍ
• ບາໂຄດໃນພື້ນທີ່
• ລຳດັບການຜູກມັດຂອງບາງສ່ວນທີ່ອ່ານ 1 ລຳດັບ primer
- H&E ແລະ staining fluorescent ຂອງພາກສ່ວນ
- ຄວາມເປັນໄປໄດ້ໃນການນໍາໃຊ້ເທກໂນໂລຍີການແບ່ງສ່ວນຂອງເຊນ: ການລວມຕົວຂອງ H&E staining, fluorescent staining, ແລະ RNA sequencing ເພື່ອກໍານົດຂອບເຂດຂອງແຕ່ລະເຊນແລະກໍານົດການສະແດງອອກຂອງ gene ຢ່າງຖືກຕ້ອງກັບແຕ່ລະຈຸລັງ. ກຳລັງປະມວນຜົນການວິເຄາະຂໍ້ມູນທາງກວ້າງຂອງພື້ນລຸ່ມໂດຍອ້າງອີງໃສ່ cell bin.
- ເປັນໄປໄດ້ເພື່ອບັນລຸການວິເຄາະຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ: ການວິເຄາະຫຼາຍລະດັບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຕັ້ງແຕ່ 100um ຫາ 3.5 um ເພື່ອແກ້ໄຂຄຸນສົມບັດຂອງເນື້ອເຍື່ອທີ່ຫຼາກຫຼາຍໃນຄວາມລະອຽດທີ່ດີທີ່ສຸດ.
ຂໍ້ດີຂອງ BMKMANU S3000
-ເພີ່ມສອງເທົ່າຂອງຈຸດຈັບພາບເປັນ 4 ລ້ານ: ດ້ວຍຄວາມລະອຽດທີ່ດີຂຶ້ນຂອງ 3.5 uM, ເຮັດໃຫ້ການຊອກຄົ້ນຫາ gene ແລະ UMI ສູງຂຶ້ນຕໍ່ເຊລ. ອັນນີ້ສົ່ງຜົນໃຫ້ມີການປັບປຸງການຈັດກຸ່ມຂອງເຊວໂດຍອີງໃສ່ໂປຣໄຟລ໌ການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ມີລາຍລະອຽດລະອຽດທີ່ກົງກັບໂຄງສ້າງຂອງເນື້ອເຍື່ອ.
- ຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ:ແຕ່ລະພື້ນທີ່ຈັບໄດ້ມີ > 2 ລ້ານ spatial Barcoded Spots ທີ່ມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງ 2.5 µm ແລະໄລຍະຫ່າງ 5 µm ລະຫວ່າງຈຸດສູນກາງ, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະ transcriptome ພື້ນທີ່ທີ່ມີຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ (5 µm).
-ການວິເຄາະຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ:ການວິເຄາະຫຼາຍລະດັບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຕັ້ງແຕ່ 100 μmຫາ 5 μmເພື່ອແກ້ໄຂລັກສະນະຕ່າງໆຂອງເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີຄວາມຫລາກຫລາຍໃນການແກ້ໄຂທີ່ດີທີ່ສຸດ.
-ຄວາມເປັນໄປໄດ້ໃນການໃຊ້ເທກໂນໂລຍີການແບ່ງຈຸລັງ “ສາມໃນໜຶ່ງສະໄລ້”:ການລວມເອົາການຍ້ອມສີ fluorescence, H&E staining, ແລະການຈັດລໍາດັບ RNA ໃນສະໄລ້ດຽວ, ຂັ້ນຕອນການວິເຄາະ "ສາມໃນຫນຶ່ງ" ຂອງພວກເຮົາຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດຂອບເຂດຂອງເຊນສໍາລັບ transscriptomics ທີ່ອີງໃສ່ຈຸລັງຕໍ່ໄປ.
-ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບເວທີການລໍາດັບຫຼາຍ: ທັງ NGS ແລະລໍາດັບອ່ານຍາວທີ່ມີຢູ່.
-ການອອກແບບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງພື້ນທີ່ການຈັບພາບເຄື່ອນໄຫວ 1-8: ຂະຫນາດຂອງພື້ນທີ່ຈັບແມ່ນມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ, ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ 3 ຮູບແບບ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ແລະ 15 mm * 20 mm.
-ບໍລິການປະຕູດຽວ: ປະສົມປະສານປະສົບການ ແລະຂັ້ນຕອນທີ່ອີງໃສ່ທັກສະທັງໝົດ, ລວມທັງການແຍກ cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, Library, sequencing, and bioinformatics.
-bioinformatics ທີ່ສົມບູນແບບແລະການເບິ່ງເຫັນຜົນໄດ້ຮັບທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້:ຊຸດປະກອບມີ 29 ການວິເຄາະແລະ 100+ ຕົວເລກທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ, ສົມທົບກັບການນໍາໃຊ້ຊອບແວທີ່ພັດທະນາຢູ່ໃນເຮືອນເພື່ອສະແດງພາບແລະປັບແຕ່ງການແບ່ງເຊນແລະການຈັດກຸ່ມຈຸດ.
-ການວິເຄາະຂໍ້ມູນທີ່ປັບແຕ່ງແລະການສະແດງໃຫ້ເຫັນ: ມີສໍາລັບການຮ້ອງຂໍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
-ທີມງານວິຊາການທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ: ມີປະສົບການຫຼາຍກວ່າ 250 ຊະນິດເນື້ອເຍື່ອ ແລະ 100+ ຊະນິດລວມທັງມະນຸດ, ຫນູ, ສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມ, ປາ ແລະພືດ.
-ການອັບເດດແບບສົດໆໃນໂຄງການທັງໝົດ: ມີການຄວບຄຸມອັນເຕັມທີ່ຂອງຄວາມຄືບຫນ້າຂອງການທົດລອງ.
-ການວິເຄາະຮ່ວມກັນທາງເລືອກທີ່ມີການຈັດລໍາດັບ mRNA ເຊນດຽວ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ | ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| OCT-embedded cryo ຕົວຢ່າງ (ເສັ້ນຜ່າສູນກາງທີ່ດີທີ່ສຸດ: ປະມານ. 6×6×6 mm³) 2 ຕັນຕໍ່ຕົວຢ່າງ 1 ສໍາລັບການທົດລອງ, 1 ສໍາລັບການສໍາຮອງຂໍ້ມູນ | S3000 cDNA Library | Illumina PE150 | 160K PE ອ່ານຕໍ່ 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບການແນະນໍາການກະກຽມຕົວຢ່າງແລະຂະບວນການການບໍລິການ, ກະລຸນາສົນທະນາກັບ aຜູ້ຊ່ຽວຊານ BMKGENE
ກະແສວຽກບໍລິການ
ໃນຂັ້ນຕອນການກະກຽມຕົວຢ່າງ, ການທົດລອງການສະກັດເອົາ RNA ຈໍານວນຫລາຍໃນເບື້ອງຕົ້ນແມ່ນດໍາເນີນເພື່ອຮັບປະກັນ RNA ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງສາມາດໄດ້ຮັບ. ໃນຂັ້ນຕອນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, ພາກສ່ວນຕ່າງໆໄດ້ຖືກ stained ແລະເບິ່ງເຫັນແລະເງື່ອນໄຂ permeabilization ສໍາລັບການປ່ອຍ mRNA ອອກຈາກເນື້ອເຍື່ອແມ່ນ optimized. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂປໂຕຄອນທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ, ຕິດຕາມດ້ວຍລໍາດັບແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການທີ່ສົມບູນປະກອບດ້ວຍການອັບເດດແບບສົດໆແລະການຢືນຢັນຂອງລູກຄ້າເພື່ອຮັກສາວົງການຄໍາຄຶດຄໍາເຫັນທີ່ຕອບສະຫນອງ, ຮັບປະກັນການປະຕິບັດໂຄງການທີ່ລຽບງ່າຍ.
ຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ BMKMANU S3000 ຖືກວິເຄາະໂດຍໃຊ້ຊອບແວ “BSTMatrix”, ເຊິ່ງຖືກອອກແບບຢ່າງເປັນອິດສະຫຼະໂດຍ BMKGENE, ສ້າງລະດັບເຊລ ແລະ ຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ Gene Expression Matrix. ຈາກນັ້ນ, ບົດລາຍງານມາດຕະຖານຖືກສ້າງຂື້ນເຊິ່ງປະກອບມີການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ, ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນແລະການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ.
- ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ:
- ຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດແລະການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບ
- ການກວດສອບເຊື້ອສາຍຕໍ່ຈຸດ
- ການປົກຫຸ້ມຂອງເນື້ອເຍື່ອ
- ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:
- ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງເຊື້ອສາຍ
- ການຈັດກຸ່ມຈຸດ, ລວມທັງການວິເຄາະຂະຫນາດຫຼຸດລົງ
- ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ: ການກໍານົດພັນທຸກໍາເຄື່ອງຫມາຍ
- ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເຮັດວຽກແລະການເສີມຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາເຄື່ອງຫມາຍ
- ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
- ການລວມເອົາຈຸດທີ່ມາຈາກທັງສອງຕົວຢ່າງ (ຕົວຢ່າງ: ພະຍາດ ແລະ ການຄວບຄຸມ) ແລະ ເປັນກຸ່ມຄືນໃໝ່
- ການກໍານົດພັນທຸກໍາສໍາລັບແຕ່ລະກຸ່ມ
- ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເຮັດວຽກແລະການເສີມຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາເຄື່ອງຫມາຍ
- ການສະແດງອອກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງກຸ່ມດຽວກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ
ນອກຈາກນັ້ນ, BMKGene ພັດທະນາ "BSTViewer" ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ສາມາດເບິ່ງເຫັນການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະຈຸດກຸ່ມຢູ່ໃນຄວາມລະອຽດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
BMKGene ໃຫ້ບໍລິການການສ້າງຂໍ້ມູນທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ໃນຄວາມລະອຽດເຊລດຽວທີ່ຊັດເຈນ (ອີງໃສ່ຖັງຫ້ອງຫຼືຖັງຫຼາຍລະດັບຈາກ 100um ຫາ 3.5um).
ຂໍ້ມູນການສ້າງຂໍ້ມູນທາງພື້ນທີ່ຈາກພາກສ່ວນເນື້ອເຍື່ອໃນສະໄລ້ S3000 ປະຕິບັດໄດ້ດີດັ່ງລຸ່ມນີ້.
ກໍລະນີສຶກສາ 1: ສະຫມອງຂອງຫນູ
ການວິເຄາະພາກສ່ວນສະຫມອງຂອງຫນູກັບ S3000 ເຮັດໃຫ້ມີການກໍານົດ ~ 94 000 ເຊນ, ໂດຍມີລໍາດັບສະເລ່ຍຂອງ ~ 2000 genes ຕໍ່ຈຸລັງ. ການປັບປຸງຄວາມລະອຽດຂອງ 3.5 uM ສົ່ງຜົນໃຫ້ມີການຈັດກຸ່ມຂອງຈຸລັງທີ່ລະອຽດຫຼາຍໂດຍອີງໃສ່ຮູບແບບການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ດ້ວຍກຸ່ມຂອງຈຸລັງທີ່ເຮັດຕາມໂຄງສ້າງທີ່ແຕກຕ່າງຂອງສະໝອງ. ນີ້ແມ່ນສັງເກດເຫັນໄດ້ຢ່າງງ່າຍດາຍໂດຍການເບິ່ງເຫັນການແຜ່ກະຈາຍຂອງຈຸລັງທີ່ເປັນກຸ່ມເປັນ oligodendrocytes ແລະຈຸລັງ microglia, ເຊິ່ງເກືອບແມ່ນມີພຽງແຕ່ຢູ່ໃນບັນຫາສີຂີ້ເຖົ່າແລະສີຂາວ, ຕາມລໍາດັບ.
ກໍລະນີສຶກສາທີ 2: ຕົວອ່ອນຂອງຫນູ
ການວິເຄາະພາກສ່ວນ embryo ຫນູທີ່ມີ S3000 ເຮັດໃຫ້ມີການກໍານົດ ~ 2200 000 ເຊນ, ໂດຍມີລໍາດັບສະເລ່ຍຂອງ ~ 1600 genes ຕໍ່ຈຸລັງ. ການປັບປຸງຄວາມລະອຽດຂອງ 3.5 uM ເຮັດໃຫ້ມີການແບ່ງຈຸລັງທີ່ລະອຽດຫຼາຍໂດຍອີງໃສ່ຮູບແບບການຖອດຂໍ້ຄວາມ, ມີ 12 ກຸ່ມຢູ່ໃນພື້ນທີ່ຂອງຕາແລະ 28 ກຸ່ມຢູ່ໃນພື້ນທີ່ຂອງສະຫມອງ.
ການແບ່ງຈຸລັງການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:
ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍແລະການແຜ່ກະຈາຍທາງພື້ນທີ່:
- ຄວາມລະອຽດຍ່ອຍຂອງເຊວທີ່ສູງກວ່າ: ເມື່ອປຽບທຽບກັບສະໄລ້ S1000, ແຕ່ລະພື້ນທີ່ຈັບຂອງ S3000 ມີ > 4 ລ້ານ spatial Barcoded Spots ທີ່ມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງ 2.5 µm ແລະ ໄລຍະຫ່າງ 3.5 µm ລະຫວ່າງຈຸດສູນກາງ, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະ transcriptome ພື້ນທີ່ມີຄວາມລະອຽດຍ່ອຍທີ່ສູງກວ່າ. (ຖັງມົນທົນ: 3.5 µm).
- ປະສິດທິພາບການຈັບພາບທີ່ສູງຂຶ້ນ: ເມື່ອປຽບທຽບກັບ S1000 slide, Median_UMI ເພີ່ມຂຶ້ນຈາກ 30% ເປັນ 70%, Median_Gene ເພີ່ມຂຶ້ນຈາກ 30% ເປັນ 60%
ໂຄງການຂອງ S1000 chip:
ໂຄງການຂອງຊິບ S3000:
