Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Workflow
Technesch Schema
Service Fonctiounen
● Sequencing op NovaSeq mat PE150.
● Virbereedung vun der Bibliothéik mat duebele Barcoding, wat d'Pooling vun iwwer 1000 Proben erlaabt.
● Dës Technik kann mat oder ouni Referenzgenom benotzt ginn, mat verschiddene bioinformatesche Pipelines fir all Fall:
Mat Referenzgenom: SNP an InDel Entdeckung
Ouni Referenzgenom: Probeclustering an SNP Entdeckung
● An deram SilicoPre-Design Etapp Multiple Restriktioun Enzym Kombinatioune ginn duerchgefouert fir déi ze fannen déi eng eenheetlech Verdeelung vun SLAF Tags laanscht de Genom generéieren.
● Während dem Pre-Experiment ginn dräi Enzymkombinatiounen an 3 Proben getest fir 9 SLAF Bibliothéiken ze generéieren, an dës Informatioun gëtt benotzt fir déi optimal Restriktiounsenzymkombinatioun fir de Projet ze wielen.
Service Virdeeler
●Héich Genetesch Marker Entdeckung: Integratioun vun engem High-Throughput Duebele Barcode-System erlaabt d'simultan Sequenzéierung vu grousse Populatiounen, a locusspezifesch Verstäerkung verbessert d'Effizienz, a garantéiert datt Tagnummeren déi verschidden Ufuerderunge vu verschiddene Fuerschungsfroen entspriechen.
● Niddereg Ofhängegkeet vum Genom: Et kann op Arten mat oder ouni Referenzgenom applizéiert ginn.
●Flexibel Schema Design: Single-Enzym, Dual-Enzyme, Multi-Enzym Verdauung, a verschidden Aarte vun Enzyme kënnen all ausgewielt ginn fir verschidde Fuerschungsziler oder Arten ze këmmeren. Déiam SilicoPre-Design gëtt duerchgefouert fir en optimalen Enzymdesign ze garantéieren.
● Héich Effizienz an enzymatesch Verdauung: D'Leedung vun engemam SilicoPre-Design an e Pre-Experiment assuréiert en optimalen Design mat enger gläicher Verdeelung vun SLAF Tags op de Chromosom (1 SLAF Tag / 4Kb) a reduzéierter repetitive Sequenz (<5%).
●Extensiv Expertise: Eist Team bréngt e Räichtum un Erfahrung fir all Projet, mat engem Track Record fir iwwer 5000 SLAF-Seq Projeten op Honnerte vun Arten zouzemaachen, dorënner Planzen, Mamendéieren, Villercher, Insekten a Waasserorganismen.
● Self-entwéckelt Bioinformatic Workflow: BMKGENE huet en integréierte bioinformatesche Workflow fir SLAF-Seq entwéckelt fir d'Zouverlässegkeet an d'Genauegkeet vum finalen Output ze garantéieren.
Service Spezifikatioune
| Typ vun Analyse | Recommandéiert Populatioun Skala | Sequenzéierungsstrategie | |
| Déift vun Tag-Sequencing | Tag Nummer | ||
| Genetesch Kaarten | 2 Elteren an > 150 Nofolger | Elteren: 20x WGS Ofdreiwung: 10x | Genom Gréisst: <400 Mb: WGS gëtt recommandéiert <1Gb: 100K Tags 1-2Gb :: 200K Tags >2Gb: 300K Tags Max 500k Tags |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 Echantillon | 10x vun | |
| Genetesch Evolutioun | ≥30 Echantillon, mat>10 Echantillon vun all Ënnergrupp | 10x vun | |
Service Ufuerderunge
Konzentratioun ≥ 5 ng/µL
Gesamtbetrag ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarosegel: keng oder limitéiert Degradatioun oder Kontaminatioun
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre
(Fir déi meescht vun de Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren)
Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert sinn an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform.
Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
Service Workflow
Beispill QC
Pilot Experiment
SLAF-Experiment
Bibliothéik Virbereedung
Sequenzéieren
Daten Analyse
No-Verkaf Services
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
- Sequenzéieren Daten QC
- SLAF Tag Entwécklung
Mapping op Referenzgenom
Ouni Referenzgenom: Clustering
- Analyse vun SLAF Tags.: Statistiken, Verdeelung iwwer de Genom
- Marker Entdeckung: SNP, InDel, SNV, CV Opruff an Annotatioun
Verdeelung vun SLAF Tags op Chromosomen:
Verdeelung vun SNPs op Chromosomen:
SNP Annotatioun
| Joer | Journal | IF | Titel | Uwendungen |
| 2022 | Natur Kommunikatiounen | 17.694 | Genomesch Basis vun de Giga-Chromosomen a Giga-Genom vun der Bam Peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Neie Phytolog | 7.433 | Domesticatioun Foussofdréck verankert genomesch Regioune vun agronomescher Wichtegkeet an sojabohnen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genom-breet kënschtlech Introgressiounen vu Gossypium barbadense an G. hirsutum Entdeckt superior Loci fir eng simultan Verbesserung vun der Kottengfaserqualitéit an der Ausbezuelung Eegeschaften | SLAF-Evolutionär Genetik |
| 2019 | Molekulare Planz | 10,81 | Populatiounsgenomesch Analyse an De Novo Assemblée verroden den Urspronk vu Weedy Räis als Evolutionär Spill | SLAF-Evolutionär Genetik |
| 2019 | Natur Genetik | 31.616 | Genom Sequenz a genetesch Diversitéit vum gemeinsame Karpfen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage Kaart |
| 2014 | Natur Genetik | 25.455 | De Genom vu kultivéierten Erdnuss gëtt Abléck an Hülsenfrüchte Karyotypen, polyploid Evolutioun an Erntedomestikatioun. | SLAF-Linkage Kaart |
| 2022 | Planz Biotechnologie Journal | 9,803 | D'Identifikatioun vum ST1 weist eng Selektioun op, déi d'Hitchhiking vun der Sommorphologie involvéiert an Ueleggehalt während der Sojabohn Domestikatioun | SLAF-Marker Entwécklung |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikatioun an DNA Marker Entwécklung fir eng Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomesch Chromosomen Ersatz | SLAF-Marker Entwécklung |
| Joer | Journal | IF | Titel | Uwendungen |
| 2023 | Grenzen an der Planzewëssenschaft | 6.735 | QTL Kartéierung an Transkriptomanalyse vum Zockergehalt wärend der Fruuchtreiung vu Pyrus pyrifolia | Genetesch Kaart |
| 2022 | Planz Biotechnologie Journal | 8.154 | D'Identifikatioun vum ST1 weist eng Selektioun op, déi d'Hitchhiking vun der Sommorphologie an dem Ueleggehalt während der Sojabohnen Domestizéierung involvéiert
| SNP ruffen |
| 2022 | Grenzen an der Planzewëssenschaft | 6.623 | Genom-Wide Association Mapping vun Hulless kaum Phänotypen an Dréchenten Ëmfeld.
| GWAS |
