Single- nuclei RNA Sequencing
Technesch Schema
D'Isolatioun vu Käre gëtt erreecht duerch 10 × Genomics Chromium ™, deen aacht-Kanal Mikrofluidik System mat Duebele Kräizungen besteet. An dësem System ginn e Gelpärelen mat Barcoden a Primer, Enzymen an engem eenzegen Kär an Nanoliter-Gréisst Uelegdrop verschlësselt, wat Gel Bead-in-Emulsion (GEM) generéiert. Wann d'GEM geformt ass, ginn d'Zelllyse an d'Verëffentlechung vu Barcodes an all GEM duerchgefouert. mRNA ginn ëmgedréint an cDNA-Moleküle mat 10 × Barcoden an UMI transkribéiert, déi weider ënner Standard Sequenzéierungsbibliothéikskonstruktioun ënnerleien.
Fonctiounen
● Virbereedung vun eenzel Käre Suspensioun aus gefruerene Stoffer
● Bildung vu Gel Bead-in-Emulsion (GEM) gefollegt vun der cDNA Synthese
● All Perle an engem GEM gëtt mat Primer gelueden, déi aus 4 Sektiounen komponéiert sinn:
poly(dT) Schwanz fir mRNA Primen an cDNA Synthese,
Eenzegaarteg Molekulare Identifizéierer (UMI) fir d'Verstäerkungsbias ze korrigéieren
10x Barcode
Bindungssequenz vun partiell liesen 1 sequencing primer
Virdeeler
Single-nucleus RNA Sequencing ëmkreest d'Limiten vun Single-Cell RNA Sequencing, wat et erméiglecht:
● D'Benotzung vu gefruerene Proben an net nëmmen op frësch Proben limitéiert
● Niddereg Stress vu gefruerenen Zellen am Verglach mat enzymatesch Behandlung vu frëschen Zellen, reflektéiert an den Transkriptomdaten a Form vu manner Stress-induzéierten Genen
● Kee Besoin fir virdru Entfernung vu roude Bluttzellen
● Onlimitéiert Zell Duerchmiesser
● Grouss Gamme vu Proben, déi fir Analyse berechtegt sinn, dorënner komplex a fragil Tissuetypen, déi ufälleg sinn fir Zellklumpen oder Zerstéierung wärend der Tissue-Dissoziatioun
Echantillon déi net duerch Single-Zell RNA Sequencing analyséiert kënne ginn a berechtegt sinn fir Single Nuclei RNA Sequencing:
| Zell / Tissue | Grond |
| Onfrësch gefruer Tissu | Kann net frësch oder laang gespäichert Organisatiounen kréien |
| Muskelzellen, Megakaryozyten, Fett ... | Zell Duerchmiesser ass ze grouss fir an d'Instrument anzeginn |
| Liewer… | Ze fragil fir ze briechen, net fäeg eenzel Zellen z'ënnerscheeden |
| Neuron Zell, Gehir… | Méi sensibel, einfach ze stressen, wäert d'Sequenzéierungsresultater änneren |
| Bauchspaicheldrüs, Schilddrüs ... | Räich un endogenen Enzymen, déi d'Produktioun vun enger eenzeger Zellsuspension beaflossen |
Eenzelkär vs Eenzelzell
| Eenzelkär | Eenzelzell |
| Onlimitéiert Zell Duerchmiesser | Zell Duerchmiesser: 10-40 μm |
| D'Material kann gefruer Tissue ginn | D'Material muss frësch Tissue sinn |
| Niddereg Stress vu gefruerenen Zellen | Enzymbehandlung kann Zellstressreaktioun verursaachen |
| Keng rout Bluttzellen mussen ewechgeholl ginn | Rout Bluttzellen musse geläscht ginn |
| Nuklear dréckt Bioinformatioun aus | Déi ganz Zell dréckt Bioinformatioun aus |
Spezifikatioune
| Prouf Ufuerderunge | Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| Tissue ≥ 200 mg Planzgewebe ≥ 400 mg | 10x Genomics sn cDNA Bibliothéik | Illumina PE150 | 100K PE liest pro Zell (100-200 Gb) | 700-1200 Käre / μl a Kär Integritéit ënner Mikroskop observéiert |
Fir méi Detailer iwwer Probevirbereedungsleitung a Service Workflow, fillt Iech gratis mat engem ze schwätzenBMKGENE Expert
Service Work Flow
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
● Qualitéitskontroll: Zuel vun Zellen, Gendetektioun, genee Identifikatioun vun Zellen, RNA Molekülen an Ausdrockquantifikatioun
● Innere Sample Analyse:
Zellclustering a Stärekoup Annotatioun
Differential Expression Analyse: Identifikatioun vun DEGs a Stärekéip
Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Cluster DEGs
● Inter-Grupp Analyse:
Kombinatioun vun Daten
Differential Expression Analyse: Identifikatioun vun DEGs a Gruppen
Funktionell Annotatioun an Beräicherung vun Grupp DEGs
● Fortgeschratt Analyse:
Zell Zyklus Analyse
Pseudozäit Analyse
Zell Kommunikatioun Analyse (CellPhoneDB)
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
Innere-Probe Analyse
Zellclusterung:
Differential Expression Analyse: Stärekoup DEGs
Inter-Grupp Analyse
Differenziell Ausdrock Analyse: Grupp DEGs
Fortgeschratt Analyse:
Pseudozäit Analyse:
Zell Zyklus Analyse:
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene Single-Nukleus RNA Sequenzéierungsservicer vum 10X Chromium an dëse Feature Publikatiounen:
Wang, L. et al. (2021) 'Single-cell transcriptomic Analyse enthält d'Immunlandschaft vun der Lunge bei steroidresistenter Asthma Verschlechterung',Proceedings vun der National Academy of Sciences vun de Vereenegte Staate vun AmerikaEng., 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'A Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immun Cells in the Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis',Grenzen an der Immunologie, 13, p. 879824. doi: 10.3389 / FIMMU.2022.879824 / BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'Eenzell-Transkriptom entdeckt Heterogenitéit an Immunreaktioune vu Leukozyten no Impfung mat inaktivéierten Edwardsiella tarda a Flounder (Paralichthys olivaceus)',AquakulturEng., 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodynamesch Therapie verbessert d'Resultat vun Immuncheckpoint-Inhibitoren iwwer Remodeling Anti-Tumor Immunitéit bei Patienten mat Magenkriibs',Gastric Cancer, 26(5), S. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
