Prokaryotesch RNA Sequencing
Fonctiounen
● RNA Probe Veraarbechtung involvéiert rRNA Ausschöpfung gefollegt vun der Directionneller RNA Bibliothéik Virbereedung.
● Bioinformatesch Analyse baséiert op Ausriichtung zu engem Referenzgenom
● Analyse enthält Genausdrock an DEGs awer och Transkriptstruktur an sRNA Analyse
Service Virdeeler
●Richteg Qualitéitskontroll: Mir implementéiere Kär Kontrollpunkten iwwer all Stadien, vu Probe a Bibliothéikpräparatioun bis Sequenzéierung a Bioinformatik. Dës virsiichteg Iwwerwaachung garantéiert d'Liwwerung vu konsequent qualitativ héichwäerteg Resultater.
●Strandspezifesch Sequenzéierungsdaten: Wéinst der RNA-Bibliothéikpräparatioun déi Direktioun ass, erméiglecht d'Identifikatioun vun Anti-Sinn-Transkriptiounen.
●Komplett Analyse ugepasst op prokaryotesch Transkriptomen: D'bioinformatesch Pipeline beinhalt net nëmmen d'Analyse vum Genausdrock, awer och d'Analyse vun der Transkriptstruktur, och d'Identifikatioun vun Operonen, UTRs a Promoteuren. Et enthält och Analyse vun sRNAs, nämlech Annotatioun a Prognose vu sekundärer Struktur an Ziler.
●Post-Verkaf Ënnerstëtzung: Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3 Méint After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
| Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| rRNA ofgeschaaft Direktiounsbibliothéik | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Sample Ufuerderunge:
| Konzentratioun (ng/μl) | Betrag (μg) | Rengheet | Integritéit |
| ≥50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | RIN≥6,5 |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendung:
1. Dréchent Äis: Echantillon mussen a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
2. RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierung Rouer gedréchent ginn (zB RNAstable®) an an Raumtemperatur geschéckt.
Service Work Flow
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Bioinformatesch Analyse Workflow
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
● Raw Daten Qualitéitskontroll
● Ausrichtung zum Referenzgenom
● Bibliothéik Qualitéit Assessment: RNA Fragmentatioun Zoufällegkeet, Insertgréisst a Sequenzéierungssaturatioun
● Funktionell Annotatioun vu virausgesot Kodéierungsgenen
● Ausdrock Analyse: Korrelatioun an Haaptkomponent Analyse (PCA)
● Differential Gene Expression (DEGs)
● Funktionell Annotatioun a Beräicherung vun DEGs
● sRNA Analyse: Viraussoen, Annotatioun, Zil- a Secondaire Struktur Viraussoen
● Transkriptstrukturanalyse: Operonen, Start- an Ennpositiounen, Untranslated Regioun (UTS), Promoteur, an SNP/InDel Analyse
Sequenzéierung Sättigung
Funktionell Annotatioun vu Kodéierungsgenen
Korrelatioun tëscht Echantillon
Differential Expressed Genes (DEGs) Analyse
Funktionell Beräicherung Analyse
sRNA Annotatioun
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene Nanopore Volllängt mRNA Sequenzéierungsservicer an dëser Feature Publikatioun.
Guan, CP et al. (2018) 'Global Transkriptom Verännerunge vu Biofilmbildende Staphylococcus epidermidis reagéieren op Total Alkaloide vu Sophorea alopecuroides',Polnesche Journal of MicrobiologyEng., 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
