-
Hi-C baséiert Chromatin Interaktioun
Hi-C ass eng Method entwéckelt fir genomesch Konfiguratioun z'erreechen andeems se proximity-baséiert Interaktiounen an High-Throughput Sequenzen kombinéiert. D'Method baséiert op Chromatin-Verknüpfung mat Formaldehyd, gefollegt vun Verdauung a Re-Ligatioun op eng Manéier datt nëmme Fragmenter, déi kovalent verbonne sinn, Ligatiounsprodukter bilden. Duerch d'Sequenzéierung vun dëse Ligatiounsprodukter ass et méiglech d'3D Organisatioun vum Genom ze studéieren. Hi-C erméiglecht d'Verdeelung vun den Deeler vum Genom ze studéieren déi liicht gepackt sinn (A Kompartimenter, Euchromatin) a méi wahrscheinlech transkriptional aktiv sinn, an d'Regiounen déi méi enk gepackt sinn (B Kompartimenter, Heterochromatin). Hi-C kann och benotzt ginn fir Topologically Associated Domains (TADs) ze identifizéieren, Regioune vum Genom, déi geklappte Strukturen hunn a méiglecherweis ähnlech Ausdrocksmuster hunn, a Chromatin-Schleifen z'identifizéieren, DNA Regiounen, déi zesumme mat Proteinen verankert sinn an déi sinn dacks an reglementaresche Elementer beräichert. Dem BMKGene säin Hi-C Sequenzéierungsservice erméiglecht d'Fuerscher d'raimlech Dimensioune vun der Genomik z'entdecken, nei Weeër opzemaachen fir d'Genomreguléierung a seng Implikatioune fir Gesondheet a Krankheet ze verstoen.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ass eng Technik déi Antikörper benotzt fir selektiv DNA-bindende Proteinen an hir entspriechend Genomik Ziler ze beräicheren. Seng Integratioun mat NGS erméiglecht d'genombreet Profiléierung vun DNA Ziler verbonne mat Histonmodifikatioun, Transkriptiounsfaktoren an aner DNA-bindende Proteinen. Dës dynamesch Approche erméiglecht Vergläicher vu Bindungsplazen iwwer verschidden Zellarten, Stoffer oder Bedéngungen. Dem ChIP-Seq seng Uwendungen spanen aus der Studie vun der Transkriptiounsreguléierung an Entwécklungsweeër bis zur Erklärung vu Krankheetsmechanismen, wat et en onverzichtbare Tool mécht fir genomesch Reguléierungslandschaften ze verstoen an therapeutesch Abléck ze förderen.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Ganz Genom Bisulfit Sequencing (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) steet als Gold-Standard-Methodologie fir déif Exploratioun vun der DNA-Methylatioun, speziell déi fënneft Positioun am Zytosin (5-mC), e pivotal Reguléierer vum Genausdrock an der cellulärer Aktivitéit. De Prinzip, deen WGBS ënnersträicht, beinhalt d'Bisulfitbehandlung, induzéieren d'Konversioun vun onmethyléierten Zytosinen op Uracil (C bis U), wärend methyléiert Zytosinen onverännert bleiwen. Dës Technik bitt Single-Basis Resolutioun, wat d'Fuerscher erlaabt de Methylome ëmfaassend z'ënnersichen an anormal Methylatiounsmuster ze entdecken, déi mat verschiddene Konditiounen assoziéiert, notamment Kriibs. Andeems Dir WGBS beschäftegt, kënnen d'Wëssenschaftler onparalleléiert Abléck an genombreet Methylatiounslandschaften kréien, e nuancéiert Verständnis vun den epigeneteschen Mechanismen ubidden, déi verschidde biologesch Prozesser a Krankheeten ënnersträichen.
-
Assay fir Transposase-Accessible Chromatin mat High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq ass eng High-Throughput Sequenzéierungstechnik déi fir Genom-breet Chromatin Accessibilitéitsanalyse benotzt gëtt. Et benotzt e méi déif Verständnis vun de komplexe Mechanismen vun der globaler epigenetescher Kontroll iwwer Genausdrock. D'Method benotzt eng hyperaktiv Tn5 Transposase fir gläichzäiteg opzeechnen Chromatin Regiounen ze fragmentéieren an ze markéieren andeems se Sequenzenadapteren asetzen. Déi spéider PCR Amplifikatioun resultéiert an der Schafung vun enger Sequenzéierungsbibliothéik, déi eng ëmfaassend Identifikatioun vun oppene Chromatinregiounen ënner spezifesche Raumzäitbedéngungen erlaabt. ATAC-seq bitt eng holistesch Vue op zougänglech Chromatinlandschaften, am Géigesaz zu Methoden déi sech eleng op Transkriptiounsfaktor Bindungsplazen oder spezifesch Histon-modifizéiert Regiounen konzentréieren. Duerch d'Sequenzéierung vun dësen oppene Chromatinregiounen, weist ATAC-seq Regiounen méi wahrscheinlech fir aktiv Reguléierungssequenzen a potenziellen Transkriptiounsfaktor Bindungsplazen op, bitt wäertvoll Abléck an déi dynamesch Modulatioun vum Genausdrock iwwer de Genom.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduzéiert Representatioun Bisulfite Sequencing (RRBS) ass entstanen als eng kosteneffektiv an effizient Alternativ zu Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) an der DNA Methylatiounsfuerschung. Wärend WGBS iwwergräifend Abléck ubitt andeems de ganze Genom bei enger eenzeger Basisopléisung ënnersicht gëtt, kënnen hir héich Käschte e limitéierende Faktor sinn. RRBS mitigéiert strategesch dës Erausfuerderung andeems se e representativen Deel vum Genom selektiv analyséiert. Dës Methodik baséiert op der Beräicherung vun CpG Insel-räich Regiounen vun MspI Spaltung gefollegt vun Gréisst Auswiel vun 200-500/600 bps Fragmenter. Dofir sinn nëmmen Regiounen proximal zu CpG Inselen sequenzéiert, während déi mat wäitem CpG Inselen aus der Analyse ausgeschloss sinn. Dëse Prozess, kombinéiert mat Bisulfit-Sequenzéierung, erlaabt eng héichopléisend Detektioun vun der DNA-Methylatioun, an d'Sequenzéierungs Approche, PE150, konzentréiert sech speziell op d'Enn vun den Inserts anstatt d'Mëtt, wat d'Effizienz vun der Methylatiounsprofiléierung erhéicht. De RRBS ass en onschätzbare Tool dat kosteneffizient DNA Methylatiounsfuerschung erméiglecht an d'Wëssen iwwer epigenetesch Mechanismen fördert.
