Planz / Déier ganz genann Sequencing
Service Verwaltung
● Bibliothéikpräparatioun kann Standard oder PCR-gratis sinn
● Verfügburg verfügbar mat 4 hinne Plattage Plader vum MGI-Adurasq, Nanooo Rand vun der 1.empox, oder Pacoopo Revioio.
● biiinformatesch Analyse konzentréiert sech op der Detektioun vu Variants: SNP, SV an CNV
Service Virdeeler
●Extensiv Expertise an der Veraarbechtungsrekords: Akkumuléiert Erfarung am Genomesliessquencingcing fir iwwer 1000 Arten huet déi iwwer 1000 verëffentlecht Fäll mat engem kumulative Impakt Faktor vun iwwer 5000.
●Ëmfaassend Bioinformatikanalyse: Inklusiv Variatioun déi rifft a fonktionnéieren Anotatioun.
● Post-Salz Support:Eisen Engagement verlängert iwwer Projektfall mat engem 3 Méint nom Verkafservice Period. Bei dëser Zäitpunkt musse mir eis verfollegen, passen, Spillwandelungen, an Q & setzen op d'Sessioune mat d'Resultater adresséieren.
●Ëmfaassend Annotatioun: Mir benotze Multiple Datenbanken fir d'Nottoate vun de Geneséierunge mat identifizéierten Variatiounen ze maachen an déi entspriechend Enregéierungsanalyse maachen, bitt d'Offere iwwer méi no Fuerschung iwwer méi no Fuerschung.
Service Spezifikatioune
| Varianten fir identifizéiert ginn | Sequencing Strategie | Recommandéiert Déift |
| Snp an onbedéngt | Illumina Novaseq PE150 oder mgi t7 | 10x |
| Sv an cnv (manner genau) | 30x | |
| Sv an cnv (méi genau) | Nanoopore Prom P48 | 203. |
| Snops, inschinnen, sv an cnv | Pacbio Revio | 10x |
Prouf
| Tissu oder extrahéiert Kukleeschäuren | Illumina / mgi | Nanoopore | Pacbio
| ||
| Déier Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Déier Muskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Mamendian Blutt | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Pultry / Fësch Blutt | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Planz- frësch Blat | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivéiert Zellen |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekt mëllen Tissu / eenzelne | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahéiert DNA
| Konzentratioun: ≥ 1 ng / μl Betrag: ≥ 30 ng Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun
| Konzentratioun Mobil Bet an der Offer
OD260 / 280
OD260 / 230
Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun
| ≥ 40 ng / μl 4 μg / fléissend Zell / Probe
1.7-2.2
≥1.5 | Konzentratioun Mobil Bet an der Offer
OD260 / 280
OD260 / 230
Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun | ≥ 50 ng / μl 10 μg / fléissend Zell / Probe
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-GRATIS Bibliothéik Virbereedung: Konzentratioun 40 NG / μl Montant- 500 ng | |||||
Service Aarbecht fléisst
Géif Problem Liwwerung
DNA Extraktioun
Bibliothéik Konstruktioun
Sequencing
Daten Analyse
Daten
Enthält déi folgend Analyse:
- Réi Datenqualitéit Kontroll
- Statistike vun der Ausrichtung fir de Generom
- Variant Identifikatioun: Snp, indel, sv an cnv
- Funktionell Annotatioun vu Variants
Statistike vun der Ausrüstung zu Referenz Genomen - Sequenzen Déift Verdeelung
Snp rifft tëscht méi Proben
Onbedéngt Identifikatioun - Statistike vun der onbedéngter Längt an der CDS Regioun an de Genom-breet Regioun
Variant Verdeelung iwwer de Genomen - Circos Komplott
Funktionell Annotatioun vu Genen mat identifizéiert Varianten - Gen Ontologie
Chai, Q. et al. (2023) 'e Glutheedoniane s-transferéiert GHTT19 bestëmmt Blummenbuedem Pigmentéierung iwwer dem Anthozynin Akkumulation a Kottengbezuelungsbezuelungsbezuelung, plangt. 433. DOI: 10.1111 / PBI.13965.
Cheng, h. et al. (2023) 'Chromomomomesch-Niveau Wëld Havea Brasiliens Genoms gëtt nei Tools fir Genachstieldung a wäertvolle Lokalbroufung zu engem héichhende Lokeierung' 358-1072. Doi: 10.1111 / PBI.14018.
LI, A. et al. (2021) 'Genom vun der Epierster Ouschterer an adaptives an adaptive Plastikstatementer zougemaach: 4,21 4: 1, 4) 4 (1). Doi: 10.10338 / S42003-021-02883-6.
Teng, t. Et al. (2022) 'Analyse vum Genomen a Methylatioun ännert sech op Chinesesch indigende Picks, déi an de Spore Conseive Kommunikatioun vu Sproochen liwwert. 1 (1). 1 (1) Doi: 10.10338 / S42003-022-03907-7-7.
