Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Log an

Produiten

Planz / Déier De Novo Genom Sequencing

De NovoSequencing bezitt sech op d'Konstruktioun vum ganze Genom vun enger Spezies mat Sequenzéierungstechnologien an der Verontreiung vun engem Referenzgenom. D'Aféierung a verbreet Adoptioun vun Drëtter Generatioun Sequenzen, mat méi laang Liesungen, hunn d'Genomversammlung wesentlech verbessert andeems d'Iwwerlappung tëscht Liesungen erhéicht gëtt. Dës Verbesserung ass besonnesch relevant wann Dir mat usprochsvollen Genomen handelt, sou wéi déi, déi héich Heterozygositéit weisen, en héije Verhältnis vu repetitive Regiounen, Polyploiden, a Regioune mat repetitive Elementer, anormalen GC Inhalter, oder héich Komplexitéit, déi typesch schlecht zesummegesat sinn mat Kuerzliessequenzen. alleng.

Eis One-Stop-Léisung bitt integréiert Sequenzéierungsservicer a bioinformatesch Analyse déi e qualitativ héichwäertegt de novo versammelt Genom liwweren. Eng initial Genom Ëmfro mat Illumina liwwert Schätzunge vun der Genomgréisst a Komplexitéit, an dës Informatioun gëtt benotzt fir den nächste Schrëtt vu laang gelies Sequenzéierung mat PacBio HiFi ze guidéieren, gefollegt vunde neienAssemblée vun contigs. Déi spéider Notzung vun der HiC Assemblée erméiglecht d'Verankerung vun de Contigs zum Genom, eng Versammlung op Chromosomniveau ze kréien. Schlussendlech gëtt de Genom duerch Genprediktioun an duerch Sequenzéierung vun ausgedréckte Genen annotéiert, op Transkriptome mat kuerzen a laange Liesungen.

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Bioinformatik

Demo Resultater

Ausgezeechent Publikatiounen

Service Fonctiounen

● Integratioun vu multiple Sequenzéierungs- a bioinformatesche Servicer an enger One-Stop-Léisung:

Genom Ëmfro mat Illumina fir Genomgréisst ze schätzen a spéider Schrëtt ze guidéieren;

Laang liesen sequencing firde neienAssemblée vun contigs;

Hi-C Sequenzéierung fir Chromosomen verankert;

mRNA Sequenzéierung fir Annotatioun vun Genen;

Validatioun vun der Assemblée.

● Service gëeegent fir d'Konstruktioun Roman Genomen oder Verbesserung vun bestehend Referenz genomes fir Arten vun Interessi.

Service Virdeeler

1 Entwécklung-vun-Sequenzéierungs- a Bioinformatik-an-de-novo-Genom-Versammlung

Entwécklung vu Sequenzéierungsplattformen a Bioinformatik amde neienGenom Assemblée

(Amarasinghe SL et al.Genom Biologie, 2020)

●Extensiv Expertise a Verëffentlechungsrekord: BMKGene huet massiv Erfarung a qualitativ héichwäerteg Genomversammlung vu verschiddenen Arten gesammelt, dorënner diploid Genomen an héich komplexe Genome vu polyploiden an allopolyploiden Arten. Zënter 2018 hu mir derzou bäigedroen300 High-Impact Publikatiounen, an 20+ vun hinnen ginn an Nature Genetics publizéiert.

● One-Stop Léisung: Eis integréiert Approche kombinéiert verschidde Sequenzéierungstechnologien a bioinformatesch Analysen an e kohäsive Workflow, liwwert e qualitativ héichwäertegt gesammelt Genom.

●Op Är Besoinen ugepasst: Eise Service Workflow ass personaliséierbar, erlaabt Adaptatioun fir Genome mat diversen Features a spezifesche Fuerschungsbedierfnesser. Dëst beinhalt d'Riesegenomen, polyploid Genomen, héich heterozygot Genomen, a méi.

●Héichqualifizéiert Bioinformatik a Laboratoire Team: mat grousser Erfahrung souwuel an der experimenteller an der Bioinformatikfront vu komplexe Genomversammlungen an enger Serie vu Patenter a Software-Urheberrechter.

●Post-Verkaf Support:Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3-Mount After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.

Service Spezifikatioune

Genom Ëmfro

Genom Assemblée

Chromosom-Niveau

Genom Annotatioun

50X Illumina NovaSeq PE150

30X PacBio CCS HiFi liest

100X Hi-C

RNA-seq Illumina PE150 10 Gb

(optional)

Voll Längt RNA-seq PacBio 40 Gb oder

Nanopore 12 Gb

Service Ufuerderunge

Fir Genom Survey, Genom Assemblée an Hi-C Assemblée:

Tissue oder extrahéiert Nukleinsäuren	Genom Ëmfro	Genom Assemblée mat PacBio	Hi-C Assemblée
Déier Viscera	0,5-1 g	≥ 3,5 g	≥2g
Déier Muskel	0,5-1 g	≥ 5 g	≥2g
Mammalian Blutt	1,5 ml	≥ 5 ml	≥2 ml
Gefligel / Fësch Blutt	1,5 ml	≥ 0,5 ml	≥2 ml
Planz - Frësch Leaf	1-2 g	≥ 5 g	≥ 4g
Kulturéiert Zellen		≥ 1x10⁸	≥ 1x10⁷
Insekt	0,5-1 g	≥ 3g	≥ 2g
Extraitéiert DNA	Konzentratioun: ≥1 ng/µL Betrag ≥ 30 ng Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun	Konzentratioun: ≥ 50 ng/µL Betrag: 10 µg/Flowzell/Probe OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1,8-2,5 Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun	-

Fir Genom Annotatioun mat Transkriptomik:

Tissue oder extrahéiert Nukleinsäuren	Illumina Transkriptom	PacBio Transkriptom	Nanopore Transkriptom
Planz - Wuerzel / Stamm / Bléieblieder	450 mg	600 mg
Planz - Leaf / Seed	300 mg	300 mg
Planz - Uebst	1,2g	1,2g
Déier Häerz / Darm	300 mg	300 mg
Déier Viscera / Gehir	240 mg	240 mg
Déier Muskel	450 mg	450 mg
Déier Schanken / Hoer / Haut	1 g	1 g
Arthropod - Insekt	6	6
Arthropod - Crustacea	300 mg	300 mg
Ganz Blutt	1 rohr	1 rohr
Extraitéiert RNA	Konzentratioun: ≥ 20 ng/µL Betrag ≥ 0,3 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1	Konzentratioun: ≥ 100 ng/µL Betrag ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1	Konzentratioun: ≥ 100 ng/µL Betrag ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1

Recommandéiert Sample Liwwerung

Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)

(Fir déi meescht vun de Proben empfeelen mir net an Ethanol ze konservéieren.)

Probe Etikettéierung: Echantillon musse kloer markéiert an identesch mat der proposéierter Probeinformatiounsform sinn.

Versand: Dréchent Äis: D'Probe musse fir d'éischt a Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.

Workflow

Service Work Flow

Experimenter Design

Echantillon Liwwerung

DNA Extraktioun

Bibliothéik Bau

Sequenzéieren

Donnéeën Analyse

No-Verkaf Servicer

virdrun: Mënsch Ganzen Exome Sequencing

Nächste: Hi-C Baséiert Genom Assemblée

Komplett bioinformatesch Analyse, getrennt a 4 Schrëtt:

1) Genom Ëmfro, baséiert op k-mer Analyse mat NGS liest:

Estimatioun vun Genom Gréisst

Estimatioun vun Heterozygositéit

Schätzung vun repetitive Regiounen

2) Genom Assemblée mat PacBio HiFi:

De neieAssemblée

Assemblée Bewäertung: abegraff BUSCO Analyse fir Genom Vollständegkeet a Kartéierung zréck vun NGS a PacBio HiFi Liest

3) Hi-C Assemblée:

Hi-C Bibliothéik QC: Schätzung vun valabel Hi-C Interaktiounen

Hi-C Assemblée: Clustering vu Contigs a Gruppen, gefollegt vu Contig Uerdnung bannent all Grupp an zougewisen Contig Orientéierung

Hi-C Bewäertung

4) Genom Annotatioun:

Net-kodéierend RNA Prognose

Repetitive Sequenzen Identifikatioun (Transposonen an Tandem Wiederholungen)

Gene Prévisioun

§De neie: ab initio Algorithmen

§ Baséiert op Homologie

§ Baséiert op Transkriptom, mat laangen a kuerze Liesungen: Liest sinnde neienversammelt oder op den Entworfsgenom kartéiert

§ Annotatioun vu virausgesot Genen mat multiple Datenbanken

1) Genom Survey- k-mer Analyse

2) Genom Assemblée

2) Genom Assemblée - PacBio HiFi liest Kartéierung op Entworf Assemblée

2) Hi-C Assemblée - Schätzung vun Hi-C valabel Interaktioun Puer

3) Hi-C Post-Versammlung Evaluatioun

4) Genom Annotatioun - Integratioun vu virausgesot Genen

4) Genom Annotatioun - virausgesot Genen Annotatioun

Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene's de novo Genom Versammlungsservicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen:

Li, C. et al. (2021) 'Genom Sequenzen verroden global Dispersiounsrouten a proposéiere konvergent genetesch Adaptatiounen an der Seahorse Evolutioun', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.

Li, Y. et al. (2023) 'Grouss-Skala Chromosomal Ännerungen féieren zu Genom-Niveau Ausdrock Ännerungen, Ëmweltadaptatioun, a Spezifizéierung am Gayal (Bos frontalis)', Molekulare Biologie an Evolutioun, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.

Tian, T. et al. (2023) 'Genome Assemblée an genetesch Dissection vun engem prominente dréchent-resistente Maiskemplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), S. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

Zhang, F. et al. (2023) 'Entdeckung vun der Evolutioun vun der Tropane Alkaloid Biosynthese duerch Analyse vun zwee Genomen an der Solanaceae Famill', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), S. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

Erausfuerderung Fallstudien:

Telomere-zu-Telomer Assemblée:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-zu-Telomere Genom Assemblée vu Bitter Melon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) weist d'Fruuchtentwécklung, d'Zesummesetzung an d'Reifung vun der genetesch Charakteristiken op, Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.

Haplotype Assemblée:Hu, W. et al. (2021) 'Allele-definéiert Genom weist biallelesch Differenzéierung wärend der Kassava Evolutioun', Molecular Plant, 14(6), S. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.

Rise Genom Assemblée:Yuan, J. et al. (2022) 'Genomesch Basis vun de Giga-Chromosomen a Giga-Genom vun der Bampeonie Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), S. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.

Polyploid Genom Assemblée:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomesch Abléck an déi rezent Chromosomreduktioun vum autopolyploiden Zockerrouer Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), S. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.