PacBio 2+3 Volllängt mRNA Léisung
Fonctiounen
● Etude Design:
Pooled Probe sequenzéiert mat PacBio fir Transkript Isoformen z'identifizéieren
Separat Echantillon (Widderhuelunge a Konditioune fir ze testen) Sequenzéiert matNGS fir Transkriptausdrock ze quantifizéieren
● PacBio Sequenzéierung am CCS Modus, generéiert HiFi Liesungen
● Sequenzéierung vun de Volllängt Transkriptiounen
● Analyse erfuerdert kee Referenzgenom; et kann awer agestallt ginn
● Bioinformatesch Analyse enthält net nëmmen Ausdrock op Gen- an Isoform-Niveau, awer och Analyse vun lncRNA, Genfusioune, Poly-Adenylatioun a Genstruktur
Virdeeler
● Héich Genauegkeet: HiFi liest mat Genauegkeet> 99,9% (Q30), vergläichbar mat NGS
● Alternativ Splicing Analyse: Sequenzéierung vun all Transkriptiounen erméiglecht d'Isoform Identifikatioun a Charakteriséierung.
● Kombinatioun vu PacBio an NGS Stäerkten: Erlaabt d'Quantifizéierung vum Ausdrock um Isoformniveau, entdeckt Ännerung déi maskéiert ka ginn wann Dir de ganze Genausdrock analyséiert
● Extensiv Expertise: mat engem Streckrekord fir iwwer 1100 PacBio Volllängt Transkriptomprojeten ofzeschléissen an iwwer 2300 Proben ze veraarbechten, bréngt eis Team e Räichtum un Erfahrung fir all Projet.
● Post-Verkaf Ënnerstëtzung: Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3 Méint After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
Prouf Ufuerderunge a Liwwerung
| Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| PolyA beräichert mRNA CCS Bibliothéik | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A beräichert | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiden
|
| Konzentratioun (ng/μl) | Betrag (μg) | Rengheet | Integritéit |
| Illumina Bibliothéik | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | Fir Planzen: RIN≥4.0; Fir Déieren: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitéiert oder keng Basislinn Héicht |
| PacBio Bibliothéik | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Limitéiert oder keng Protein oder DNA Kontaminatioun op Gel gewisen. | Planzen: RIN≥7,5 Déieren: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitéiert oder keng Basislinn Héicht |
Recommandéiert Sample Liwwerung
Behälter: 2 ml Zentrifuge Röhre (Zinnfolie ass net recommandéiert)
Probe Etikettéierung: Grupp + replizéieren zB A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sendung:
1. Dréchenis:Echantillon mussen an Poschen gepackt ginn an an dréchen Äis begruewe ginn.
2. RNAstable Réier: RNA Echantillon kënnen an RNA Stabiliséierung Rouer gedréchent ginn (zB RNAstable®) an an Raumtemperatur geschéckt.
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
Matière Daten Qualitéitskontroll
Alternativ Polyadenylatiounsanalyse (APA)
Fusioun Transkript Analyse
Alternativ Splicing Analyse
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologen (BUSCO) Analyse
Roman Transkriptanalyse: Prognose vu Kodéierungssequenzen (CDS) a funktionell Annotatioun
lncRNA Analyse: Prognose vun lncRNA an Ziler
MicroSatelit Identifikatioun (SSR)
Differentially Expressed Transcripts (DETs) Analyse
Differentiell ausgedréckt Genen (DEGs) Analyse
Funktionell Annotatioun vun DEGs an DETs
BUSCO Analyse
Alternativ Splicing Analyse
Alternativ Polyadenylatiounsanalyse (APA)
Differenziell ausgedréckte Genen (DEGs) an Transkriptiounen (DETs9 Analyse
Protein-Protein Interaktiounsnetzwierker vun DETs an DEGs
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene's PacBio 2+3 Volllängt mRNA Sequenzéierung duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), S. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamesch Verännerungen am Ascorbinsäuregehalt während der Fruuchtentwécklung a Reifung vun Actinidia latifolia (eng Ascorbat-Rich Fruit Crop) an den Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv Prediction vu biosyntheteschen Pathway Genen involvéiert an bioaktive Polyphyllins zu Paräis polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), S. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinéiert PacBio Iso-Seq an Illumina RNA-Seq Analyse vum Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom a Cytochrome P450 Genen', Insekten, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Eng Ëmfro vun der Transkriptom Komplexitéit mat PacBio Single-Molekül Echtzäit Analyse kombinéiert mat Illumina RNA Sequenzéierung fir e bessert Verständnis vun der Ricinolsäure Biosynthese am Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), S. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGUREN/7.
