mRNA-seq (NGS) mat Referenzgenom

mRNA-seq (NGS) mat Referenzgenom

RNA-seq ass e Standardinstrument iwwer Liewens- a Kulturwëssenschaften, iwwerbréckt d'Lück tëscht Genomen a Proteome. Seng Stäerkt läit an der Entdeckung vun neie Transkriptiounen an hir Ausdrock an engem Assay ze quantifizéieren. Et gëtt wäit benotzt fir komparativ transkriptomesch Studien, Liicht ze werfen op Genen am Zesummenhang mat verschiddenen Eegeschaften oder Phänotypen, wéi Mutanten mat Wild-Typen ze vergläichen oder Genausdrock ënner spezifesche Bedéngungen ze weisen. BMKCloud mRNA (Referenz) APP integréiert Ausdrock Quantifikatioun, Differential Ausdrock Analyse (DEG), a Sequenz Struktur Analyse an der mRNA-seq (NGS) Bioinformatik Pipeline an amalgaméiert d'Stäerkte vun ähnlecher Software, garantéiert Komfort a Benotzerfrëndlechkeet. D'Benotzer kënnen hir RNA-seq Daten op d'Wollek eropluede, wou d'App eng ëmfaassend, one-stop bioinformatesch Analyseléisung bitt. Zousätzlech prioritärt et d'Clienterfarung, bitt personaliséiert Operatiounen ugepasst op d'spezifesch Bedierfnesser vun de Benotzer. D'Benotzer kënnen Parameteren setzen an d'Pipeline-Missioun selwer ofginn, den interaktive Bericht iwwerpréiwen, Daten / Diagrammer kucken a komplett Datemining, sou wéi: Zilgenauswiel, funktionell Clustering, Diagrammer, etc.

Demo Resultater

Data Mining

Import Ufuerderung

Main Analyse

Referenz

Demo Resultater

Data Mining

Import Ufuerderung

Plattform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Seq
Layout: Paréiert, propper-Daten.
Bibliothéik Typ:fr-unstranded, fr-firststrand oder fr-secondstrand
Lieslängt:150 bp
Dateityp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz oder *.fq.gz. De System wäertPair automatesch d'.fastq Dateien no hiren Dateinumm,zB *_1.fastq gepaart mat *._2.fastq.
Zuel vun Echantillon:Et gi keng Restriktiounen op d'Zuelvun Echantillon, mä d'Analyse Zäit wäert Erhéijung wéi d'Zuel vunEchantillon wuessen.
Recommandéiert Datebetrag:6G pro Probe

Main Analyse

D'Haaptanalyse a bioinformatesch Tools vu mRNA-seq (Referenz)Pipeline ass wéi follegt:

1. Rawdata Qualitéitskontroll:

• Ewechhuele vu niddereg-Qualitéit Sequenzen, Adapter Sequenzen,etc;

•Tools: intern entwéckelt Pipeline;

2. Ausrichtung vun Daten zu engem Referenzgenom:

• Aligning liest mat engem splice-bewosst Algorithmus géint deReferenzgenom.

• Tools:HISAT 2, samtools

3. Bibliothéik Qualitéit Analyse:

•Insert Längt Analyse, Sequenz Sättigung Analyse, etc;

• Tools:samtools;

4. Sequenzstrukturanalyse:

• Alternativ Splicing Analyse, Genstrukturoptimiséierung,Roman Gen Viraussoen, etc;

• Tools:StringTie, gff vergläicht, GATK,DIAMANT, InterProScan,an anHMMER.

5. Differential Ausdrock Analyse:

•DEG Duerchmusterung, Co-Relatioun Analyse, funktionellBeräicherung;

•Verschidde Visualiséierungsresultater;

•RmatSEGseq, DESeq 2, ggplot2, DEXSeq

Referenz

1. Kim, Daehwan et al. "Graph-baséiert Genom Ausrichtung anGenotyping mat HISAT2 an HISAT-Genotyp.NaturBiotechnologie37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "The Genome Analysis Toolkit: aMapReduce Kader fir Analyse vun der nächster Generatioun DNASequenzéieren Daten."Genom Fuerschung20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "D'Sequenz Alignment / Kaart Format anSAMtools."Bioinformatik25 (2009): 2078-2079.

4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie erlaabt verbessertRekonstruktioun vun engem Transkriptom aus RNA-seq liest.NaturBiotechnologie33 (2015): 290-295.

5. Léift, Michael I. et al. "Moderéiert Schätzung vun der Fold änneren anDispersioun fir RNA-seq Daten mat DESeq2.GenomBiologie15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R.. "Beschleunegt Profil HMM Sichen."PLoS Berechnungsbiologie7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (NGS) mat Referenzgenom

mRNA-seq (NGS) mat Referenzgenom

kréien en Devis

Schéckt eis Äre Message: