Metagenomics (NGS)

Shotgun Metagenomics mat Illumina ass e populär Tool fir Mikrobiome ze studéieren andeems se DNA aus komplexe Proben direkt Sequenzéieren, wat d'Studie vu taxonomescher a funktioneller Diversitéit erméiglecht. D'BMKCloud metagenomic (NGS) Pipeline fänkt mat Qualitéitskontroll a Metagenome Assemblée un, vun deenen d'Gen virausgesot ginn an an net-redundant Datesätz geclustert ginn, déi fir Funktioun an Taxonomie mat multiple Datenbanken annotéiert ginn. Dës Informatioun gëtt benotzt fir bannent-Probe taxonomesch Diversitéit (Alpha Diversitéit) an tëscht Probe Diversitéit (Beta Diversitéit) ze analyséieren. Differenziell Analyse tëscht Gruppen fënnt OTUs a biologesch Funktiounen, déi tëscht den zwou Gruppen ënnerscheeden andeems se parametresch an net-parametresch Tester benotzen, wärend Korrelatiounsanalyse dës Differenzen op Ëmweltfaktoren bezitt.