Hi-C Baséiert Genom Assemblée
Hi-C ass eng Method entwéckelt fir Chromosomkonfiguratioun z'erfaassen andeems se proximity-baséiert Interaktiounen an High-Throughput Sequenzen kombinéiert. D'Intensitéit vun dësen Interaktiounen gëtt ugeholl datt se negativ mat der kierperlecher Distanz op Chromosomen korreléiert sinn. Dofir ginn Hi-C Daten benotzt fir d'Clustering, d'Bestellung an d'Orientéierung vu versammelt Sequenzen an engem Entworf Genom ze guidéieren an déi op eng gewëssen Zuel vu Chromosomen ze verankeren. Dës Technologie erméiglecht eng Chromosom-Niveau Genomversammlung an der Verontreiung vun enger Populatiounsbaséierter genetescher Kaart. All eenzel Genom brauch en Hi-C.
Service Fonctiounen
● Sequencing op Illumina NovaSeq mat PE150.
● Service erfuerdert Tissueproben, amplaz vun extrahéierten Nukleinsäuren, fir mat Formaldehyd ze crosslinken an d'DNA-Protein Interaktiounen ze konservéieren.
● Den Hi-C Experiment beinhalt d'Restriktioun an d'Ennreparatur vun de plakeg Enden mat Biotin, gefollegt duerch d'Zirkulariséierung vun de resultéierende stompegen Ennen, während d'Interaktiounen erhalen. D'DNA gëtt dann mat Streptavidin Perlen erofgezunn a gereinegt fir déi spéider Bibliothéikpräparatioun.
Service Virdeeler
Iwwersiicht vun Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.Wëssenschaft, 2009)
●Eliminéieren de Besoin fir genetesch Bevëlkerungsdaten:Hi-C ersetzt déi wesentlech Informatioun déi néideg ass fir Contig Verankerung.
●Héich Marker Dicht:féiert zu engem héije Contig Verankerungsverhältnis iwwer 90%.
●Extensiv Expertise a Verëffentlechungsrecords:BMKGene huet grouss Erfahrung mat méi wéi 2000 Fäll vun Hi-C Genome Assemblée vun 1000 verschidden Arten a verschidde Patenter. Iwwer 200 publizéiert Fäll hunn en akkumulativen Impaktfaktor vun iwwer 2000.
●Héichqualifizéiert Bioinformatik Team:mat internen Patenter a Software-Urheberrechter fir Hi-C Experimenter an Datenanalyse, déi selbstentwéckelt Visualiséierungsdatensoftware erméiglecht manuell Blockbeweegung, ëmgedréint, zréckzéien an nei ze maachen.
●Post-Verkaf Support:Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3-Mount After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
●Iwwergräifend Annotatioun: Mir benotze verschidde Datenbanken fir d'Genen mat identifizéierten Variatiounen funktionell annotéieren an déi entspriechend Beräicherungsanalyse auszeféieren, Abléck iwwer verschidde Fuerschungsprojeten ze bidden.
Service Spezifikatioune
| Bibliothéik Virbereedung | Sequenzéierungsstrategie | Recommandéiert Datenausgang | Qualitéitskontroll |
| Hi-C Bibliothéik | Illumina NovaSeq PE150 | 100x vun | Q30 ≥ 85% |
Prouf Ufuerderunge
| Tissue | Néideg Betrag |
| Déier Viscera | ≥ 2g |
| Déier Muskel | |
| Mammalian Blutt | ≥ 2 ml |
| Gefligel / Fësch Blutt | |
| Planz - Frësch Leaf | ≥ 3g |
| Kulturéiert Zellen | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2g |
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
1) Matière Daten QC
2) Hi-C Bibliothéik QC: Schätzung vun valabel Hi-C Interaktiounen
3) Hi-C Assemblée: Clustering vu Contigs a Gruppen, gefollegt vu Contig Uerdnung bannent all Grupp an zougewisen Contig Orientéierung
4) Hi-C Evaluatioun
Hi-C Bibliothéik QC - Schätzung vun Hi-C gëlteg Interaktiounsparen
Hi-C Assemblée - Statistiken
Post-Assemblée Evaluatioun - Hëtzt Kaart vun Signal Intensitéit tëscht Poubellen
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene's Hi-C Assemblée Servicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.
Tian, T. et al. (2023) 'Genome Assemblée an genetesch Dissection vun engem prominente dréchent-resistente Maiskemplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), S. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Entdeckung vun der Evolutioun vun der Tropane Alkaloid Biosynthese duerch Analyse vun zwee Genomen an der Solanaceae Famill', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), S. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X, et al. (2020) 'Genomen vum Banyan Tree a Pollinator Wasp bidden Abléck an Fig-Wesp Coevolution', Zell, 183(4), S. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
