Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Log an

Produkter

Hi-C baséiert Chromatin Interaktioun

Hi-C ass eng Method entwéckelt fir genomesch Konfiguratioun z'erreechen andeems se proximity-baséiert Interaktiounen an High-Throughput Sequenzen kombinéiert. D'Method baséiert op Chromatin-Verknüpfung mat Formaldehyd, gefollegt vun Verdauung a Re-Ligatioun op eng Manéier datt nëmme Fragmenter, déi kovalent verbonne sinn, Ligatiounsprodukter bilden. Duerch d'Sequenzéierung vun dëse Ligatiounsprodukter ass et méiglech d'3D Organisatioun vum Genom ze studéieren. Hi-C erméiglecht d'Verdeelung vun den Deeler vum Genom ze studéieren déi liicht gepackt sinn (A Kompartimenter, Euchromatin) a méi wahrscheinlech transkriptional aktiv sinn, an d'Regiounen déi méi enk gepackt sinn (B Kompartimenter, Heterochromatin). Hi-C kann och benotzt ginn fir Topologically Associated Domains (TADs) ze identifizéieren, Regioune vum Genom, déi geklappte Strukturen hunn a méiglecherweis ähnlech Ausdrocksmuster hunn, a Chromatin-Schleifen z'identifizéieren, DNA Regiounen, déi zesumme mat Proteinen verankert sinn an déi sinn dacks an reglementaresche Elementer beräichert. Dem BMKGene säin Hi-C Sequenzéierungsservice erméiglecht d'Fuerscher d'raimlech Dimensioune vun der Genomik z'entdecken, nei Weeër opzemaachen fir d'Genomreguléierung a seng Implikatioune fir Gesondheet a Krankheet ze verstoen.

Kontaktéiert eis

Service Detailer

Bioinformatik

Demo Resultater

Ausgezeechent Publikatiounen

Service Fonctiounen

● Sequencing op Illumina NovaSeq mat PE150.

● Service erfuerdert Tissueproben, amplaz vun extrahéierten Nukleinsäuren, fir mat Formaldehyd ze crosslinken an d'DNA-Protein Interaktiounen ze konservéieren.

● Den Hi-C Experiment beinhalt d'Restriktioun an d'Ennreparatur vun de plakeg Enden mat Biotin, gefollegt duerch d'Zirkulariséierung vun de resultéierende stompegen Ennen, während d'Interaktiounen erhalen. D'DNA gëtt dann mat Streptavidin Perlen erofgezunn a gereinegt fir déi spéider Bibliothéikpräparatioun.

Service Virdeeler

●Optimal Restriktioun Enzym Design: fir eng héich Hi-C Effizienz op verschidden Arten mat bis zu 93% valabel Interaktiounspaar ze garantéieren.

●Extensiv Expertise a Publikatiounsrecords:BMKGene huet grouss Erfahrung mat> 2000 Hi-C Sequenzéierungsprojeten aus 800 verschidden Arten a verschidde Patenter. Iwwer 100 publizéiert Fäll mat engem akkumulativen Impaktfaktor vun iwwer 900.

●Héichqualifizéiert Bioinformatik Team:mat intern Patenter a Software Copyright fir Hi-C Experimenter an Donnéeën Analyse an engem Self-entwéckelt visualization Daten Software.

●Post-Verkaf Support:Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3-Mount After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.

●Iwwergräifend Annotatioun: Mir benotze verschidde Datenbanken fir d'Genen mat identifizéierten Variatiounen funktionell annotéieren an déi entspriechend Beräicherungsanalyse auszeféieren, Abléck iwwer verschidde Fuerschungsprojeten ze bidden.

Service Spezifikatioune

Bibliothéik

Sequenzéierungsstrategie

Recommandéiert Datenausgang

Hi-C Signal Resolutioun

Hi-C Bibliothéik

Illumina PE150

Chromatin Loop: 150x

TAD: 50x

Chromatin Loop: 10Kb

TAD: 40Kb

Service Ufuerderunge

Prouf Typ	Néideg Betrag
Déier Tissu	≥2g
Ganz Blutt	≥2ml
Fungi	≥1g
Planz - jonk Tissu	1g / aliquot, 2-4 aliquots recommandéiert
Kulturéiert Zellen	≥1x10⁷

virdrun: TGuide Smart Magnéitescht Planz RNA Kit

Nächste: DNBSEQ pre-made Bibliothéiken

Ëmfaasst déi folgend Analyse:

● Raw Daten QC;

● Mapping an Hi-C Bibliothéik QC: valabel Interaktioun Puer an Interaktioun Decay Exponents (IDEs);

● Genom-breet Interaktiounsprofiléierung: cis / trans Analyse an Hi-C Interaktiounskaart;

● Analyse vun A / B Kompartiment Verdeelung;

● Identifikatioun vun TADs a Chromatin Schleifen;

● Differential Analyse op 3D Chromatin Struktur Elementer ënnert Echantillon an entspriechend funktionell Annotatioun vun assoziéiert Genen.

Cis an Trans Proportioun Verdeelung

Heatmap vun chromosomal Interaktiounen tëscht Echantillon

Genom-breet Verdeelung vun A / B Kompartimenter

Genom-breet Verdeelung vu Chromatinschleifen

Visualiséierung vun TADs

Entdeckt d'Fuerschungsfortschrëtter erliichtert vum BMKGene's Hi-C Sequenzéierungsservicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen.

Meng, T. et al. (2021) 'Eng vergläichend integréiert Multi-Omics Analyse identifizéiert CA2 als en neit Zil fir Chordom',Neuro-Onkologie, 23(10), S. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) '3D Desorganisatioun an Ëmännerung vum Genom liwwert Abléck an d'Pathogenese vun der NAFLD duerch integréiert Hi-C, Nanopore, a RNA Sequenzéierung',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), S. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.