Genome-breet Association Analyse
Workflow
Service Virdeeler
●Extensiv Expertise a Verëffentlechungsrecords: mat akkumuléierten Erfarung am GWAS huet BMKGene Honnerte vun Artenprojeten an der Populatioun GWAS Fuerschung ofgeschloss, Fuerscher assistéiert fir méi wéi 100 Artikelen ze publizéieren, an de kumulative Impaktfaktor erreecht 500.
● Iwwergräifend Bioinformatik Analyse: Workflow enthält SNP-Trait Associatioun Analyse, liwwert eng Rei vu Kandidatengenen an hir entspriechend funktionell Annotatioun.
●Héichqualifizéiert Bioinformatik Team a kuerzen Analysezyklus: mat grousser Erfahrung an fortgeschratt Genomik Analyse, BMKGene d'Team liwwert ëmfaassend Analysë mat enger séier Wendung Zäit.
●Post-Verkaf Support:Eist Engagement erstreckt sech iwwer d'Réalisatioun vum Projet mat enger 3-Mount After-Sale Service Period. Wärend dëser Zäit bidde mir de Projet Suivi, Troubleshooting Hëllef, a Q&A Sessiounen fir all Ufroen am Zesummenhang mat de Resultater unzegoen.
Service Spezifikatioune an Ufuerderunge
| Aart vun der Sequenzéierung | Recommandéiert Populatioun Skala | Sequenzéierungsstrategie | Nukleotid Ufuerderunge |
| Ganz Genom Sequencing | 200 Echantillon | 10x vun | Konzentratioun: ≥ 1 ng/µL Gesamtbetrag ≥ 30ng Limitéiert oder keng Degradatioun oder Kontaminatioun |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Tag Déift: 10x Zuel vun Tags: <400 Mb: WGS gëtt recommandéiert < 1Gb: 100K Tags 1gb vun > 2Gb: 300K Tags Max 500k Tags | Konzentratioun ≥ 5 ng/µL Gesamtbetrag ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarosegel: keng oder limitéiert Degradatioun oder Kontaminatioun
|
Material Auswiel
Verschidde Varietéiten, Ënnerarten, Landrassen/Genebanken/gemëschte Famillen/wëll Ressourcen
Verschidde Varietéiten, Ënnerarten, Landrassen
Hallefschwëster Famill / Vollschwëster Famill / wëll Ressourcen
Service Work Flow
Experimenter Design
Echantillon Liwwerung
RNA Extraktioun
Bibliothéik Bau
Sequenzéieren
Donnéeën Analyse
No-Verkaf Servicer
Ëmfaasst déi folgend Analyse:
- Genome-wide association Analyse: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM model
- Funktionell Annotatioun vu Kandidatgenen
SNP-Trait Association Analyse - Manhattan Komplott
SNP-Trait Association Analyse - QQ Komplott
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene's de GWAS Servicer duerch eng curéiert Sammlung vu Publikatiounen:
Lv, L. et al. (2023) 'Asiicht an d'genetesch Basis vun der Ammoniak Toleranz an der Raséiermuskel Sinonovacula constricta duerch Genom-breet Associatiounsstudie',AquakulturEng., 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-Omics Analysen vun 398 Fuussschwanz Hirse Bäitrëtter weisen genomesch Regiounen verbonne mat Domestikatioun, Metaboliteigenschaften, an anti-inflammatoreschen Effekter',Molekulare Planz, 15(8), S. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment',Frontiers in Plant Science, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, déi eng Sulfotransferase codéiert, gëtt Resistenz géint Soja Mosaik Virus Stämme G2 a G3',Planz, Zell & Ëmwelt, 44(8), S. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
