DNA / RNA Sequenzcing -pacbio Sequenr
FONTassementer
Zwee Sequenzéierung Modi op Pacbio Sequener: kontinuéierlech Liesen (CLR) an kreesfërmeg Konsens liesen (CCS)
| Sequenzing Modus | Bibliothéik-Gréisst | Theoretesch DatenNozeginn (pro Zell) | Single-BaseGenauegkeet | Uwendungen |
| Clerr | 20kb, 30kb, asw. | 80 GB zu 130 GB | Ongeféier. 85% | De Novovo, Sv rufft etc. |
| Ccs | 15-20 kb | 14 bis 40 GB / Zell (SEQUEL II) 70 bis 110 GB / Zell (Revio) Hänkt vun de Proben of | Ongeféier. 99% | De Novovo. Snp / onv / sv rifft, iso-Seq, |
Verglach vun der Leeschtung a Feature vum Revio a Sequel II
| Konditioune gebueden | Sequel II System | Revio System | Erhéijung |
| Méi héich Dicht | 8 Milliounen ZMWs | 25 Milliounen ZMWs | 3x |
| Onofhängeg Etappen | 1 | 4 | 4x |
| Kuerzzäit Zäiten | 30 Stonnen | 24 Stonnen | 1.25x |
| 30x hifi mënschlech Genen / Joer | 88 | 1.300 | 15x insgesamt |
Service Virdeeler
● Iwwer 8 Joer Erfahrung op der Pacbio säquencing Plattform mat Dausende vu zouene Projekter mat verschiddenen Arektiounen.
● Voll ass mat de leschte Pacbio säuléiert Plattformen, repio fir genuch Aussoen duerchzezéien.
● Méi schnell Turnéierungszäit Zäit, méi héich Datenpersuergung a méi genau Daten.
● Beimielt Dirigéierléien um héije qualifizéiert Pacbio baséiert Publikatiounen.
Prouf
| Seram Spannendyp | Mobil Bet an der Offer | Konzentratioun (Quition®) | Vuesso | Rengheet | Anerer |
| Genomen DNA | Ofhängeg vun der Datefuerderung | ≥50 NG / μl | ≥15μLL | OD260 / 280 = 1.7-2.2; Od260 / 230 = 1.8-2,5; Kloer Peak um 260 NM,keng Kontaminatiounen | Konzentratioun muss duerch Quitch a Quition / Nanooper gemooss ginn = 0,8-2.5 |
| Total rna | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μLL | Od260 / 280 = 1.7-2,5; Od260 / 230 = 0,5-2,5;keng Kontaminatiounen | Rin Wäert ≥7,5 5,588s / 18s 15.00 |
Service Aarbechtsflow
SAMPORE PREPRESSATIOUN
Bibliothéik Konstruktioun
Sequencing
Daten Analyse
Projet Liwwerung
1.in-Hausdaten Rendement
Daten generéiert aus 63 CCS Zellen (vu 26 Arten)
| Donnéeën-Pacbio-CCS-15 kb | Duerchschnëtt | Max | Min | Median |
| Yield - Subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yitted - CCS (GB) | 25,93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymorese n50 | 145.651 | 175.430 | 118,118 | 144.689 |
| Subreads n50 | 17,509 | 23.924 | 12.485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.0344 | 9.876 | 14.747 |
| Duerchschnëttslängt-Polymerer | 67.9995 | 89.379 | 49,6644 | 66.4333 |
| Duerchschnëttslängt-Subreads | 15,8666 | 21.0336 | 11.657 | 16.012 |
| Duerchschnëttslängt-CCS | 14.489 | 19,0744 | 8.575 | 14.655 |
Daten generéiert aus 16 Clr Zellen (vun 76 Arten)
| Daten-Pacbio-Clr-30kb | Duerchschnëtt | Max | Min | Median |
| Yield - Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142.49 |
| Polymorese n50 | 39.456 | 121,191 | 15.389 | 35,231 |
| Subreads n50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29,063 |
| Duerchschnëttslängt-Polymerer | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Duerchschnëttslängt-Subreads | 17,720 | 27.2225 | 8.2993 | 17,779 |
2.Data Qc - DemoStatistiken op Datenplang
| Sinnweileg | CCS liest num | TOTAL CCS BASES (BP) | CCS liest n50 (BP) | CCS bedeit Längt (BP) | CCS längsten liesen (BP) | subreads Basen (BP) | CCS Taux (%) |
| Pb_bmkxxx | 3.444,159 | 54.164.122.586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863.326.330,465 | 6.27 |
