BMKMANU S3000_Raumlech Transkriptom
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technesch Schema
Fonctiounen
- Resolutioun: 3,5 µM
- Punkt Duerchmiesser: 2,5 µM
- Zuel vu Flecken: ongeféier 4 Millioune
- 3 méiglech Capture Beräich Formater: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm oder 15 mm * 20 mm
- All barcoded Perle ass mat Primer gelueden, besteet aus 4 Sektiounen:
• Poly(dT) Schwanz fir mRNA Priming an cDNA Synthese,
• Eenzegaarteg Molekulare Identifizéierer (UMI) fir d'Verstäerkungsbias ze korrigéieren
• Raimlech Barcode
• Bindungssekvens vun partiell liesen 1 sequencing primer
- H&E a fluoreszent Faarwen vu Sektiounen
- Méiglechkeet Zell Segmentatioun Technologie ze benotzen: Integratioun vun H & E staining, fluorescent staining, an RNA Sequencing fir d'Grenze vun all Zell ze bestëmmen a richteg Genausdrock zu all Zell zouzeschreiwen. Veraarbechtung downstream Spatial Profiling Analyse baséiert op Zell Bin.
- Méiglech fir Multilevel Resolutiounsanalyse z'erreechen: Flexibel Multi-Level Analyse rangéiert vun 100um bis 3.5 um fir verschidde Tissuefunktiounen mat optimaler Opléisung ze léisen.
Virdeeler vun BMKMANU S3000
-Verdueblung vun Erfaassungsflecken op 4 Milliounen: mat enger verbesserter Resolutioun vun 3.5 uM, wat zu méi héije Gen- an UMI-Detektioun pro Zell féiert. Dëst resultéiert zu engem verbesserte Clustering vun Zellen baséiert op Transkriptiounsprofiler, mat méi feinen Detailer déi mat der Tissuestruktur passen.
- Sub-cellulär Opléisung:All Erfaassungsberäich enthält> 2 Millioune raimlech Barcoded Spots mat engem Duerchmiesser vun 2,5 µm an enger Distanz vu 5 µm tëscht Fleckzentren, wat raimlech Transkriptomanalyse mat sub-zellulärer Opléisung (5 µm) erméiglecht.
-Multi-Level Resolutioun Analyse:Flexibel Multi-Level Analyse rangéiert vun 100 μm bis 5 μm fir verschidde Tissuefunktiounen op optimal Opléisung ze léisen.
-Méiglechkeet "Dräi an engem Rutsch" Zell Segmentatioun Technologie ze benotzen:fluorescence staining, H & E staining, an RNA sequencing op engem eenzege Rutsch kombinéiert, eisen "dräi-an-eent" Analyse Algorithmus erméiglecht d'Identifikatioun vun Zell Grenze fir spéider Zell-baséiert Transcriptomics.
-Kompatibel mat multiple Sequenzéierungsplattformen: béid NGS a laang gelies Sequenzéierung verfügbar.
-Flexibelen Design vun 1-8 aktive Capture Beräich: D'Gréisst vum Capture Beräich ass flexibel, et ass méiglech 3 Formater ze benotzen (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm an 15 mm * 20 mm)
-One-Stop Service: integréiert all Erfahrung a Fäegkeet-baséiert Schrëtt, dorënner Cryo-Sektioun, staining, Tissue Optimisatioun, raimlech Barcoding, Bibliothéik Virbereedung, Sequencing, a Bioinformatik.
-Iwwergräifend Bioinformatik a userfrëndlech Visualiséierung vu Resultater:Package enthält 29 Analysen an 100+ héichqualitativ Figuren, kombinéiert mat der Notzung vun intern entwéckelt Software fir Zellopdeelung a Fleckclustering ze visualiséieren an ze personaliséieren.
-Personnaliséiert Datenanalyse a Visualiséierung: verfügbar fir verschidde Fuerschungsufroen
-Héichqualifizéiert technesch Equipe: mat Erfahrung an iwwer 250 Tissuetypen an 100+ Arten inklusiv Mënsch, Maus, Mamendéieren, Fësch a Planzen.
-Echtzäit Updates iwwer de ganze Projet: mat voller Kontroll vum experimentellen Fortschrëtt.
-Optional gemeinsame Analyse mat Single-Zell mRNA Sequencing
Service Spezifikatioune
| Prouf Ufuerderunge | Bibliothéik | Sequenzéierungsstrategie | Donnéeën recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| OCT-embedded Cryo Echantillon (Optimal Duerchmiesser: ca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 Block pro Probe 1 fir Experiment, 1 fir Backup | S3000 cDNA Bibliothéik | Illumina PE150 | 160K PE liest pro 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Fir méi Detailer iwwer Probevirbereedungsleitung a Service Workflow, fillt Iech gratis mat engem ze schwätzenBMKGENE Expert
Service Work Flow
An der Probepräparatiounsphase gëtt en initialen Bulk RNA Extraktiounsversuch ausgefouert fir sécherzestellen datt eng héichqualitativ RNA ka kritt ginn. An der Tissueoptimiséierungsstadium ginn d'Sektioune gefärbt a visualiséiert an d'Permeabiliséierungsbedéngungen fir mRNA Verëffentlechung aus Tissue ginn optimiséiert. Den optimiséierte Protokoll gëtt dann wärend der Bibliothéikskonstruktioun applizéiert, gefollegt vu Sequenzéierung an Datenanalyse.
De komplette Service Workflow beinhalt Echtzäit Updates a Client Bestätegunge fir eng reaktiounsfäeger Feedback Loop z'erhalen, fir eng glat Projet Ausféierung ze garantéieren.
D'Daten generéiert vum BMKMANU S3000 analyséiert mat der Software "BSTMatrix", déi onofhängeg vun BMKGENE entworf ass, generéiert eng Zell Niveau a Multilevel Resolutioun Gene Expression Matrix. Vun do gëtt e Standardbericht generéiert deen Datequalitéitskontrolle, intern Probe Analyse an Inter-Grupp Analyse enthält.
- Datequalitéitskontroll:
- Datenausgang a Qualitéitsscore Verdeelung
- Gendetektioun pro Plaz
- Tissue Ofdeckung
- Innere Echantillon Analyse:
- Gene Räichtum
- Spot Clustering, abegraff reduzéiert Dimensiounsanalyse
- Differential Ausdrock Analyse tëscht Cluster: Identifikatioun vun Marker Genen
- Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
- Inter-Grupp Analyse
- Re-Kombinatioun vu Flecken aus béide Proben (zB krank a Kontroll) a Re-Cluster
- Identifikatioun vu Markergenen fir all Stärekoup
- Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
- Differenziell Ausdrock vum selwechte Cluster tëscht Gruppen
Zousätzlech ass de BMKGene entwéckelt "BSTViewer" e userfrëndlecht Tool dat de Benotzer erméiglecht den Genausdrock a Fleckclustering bei verschiddene Resolutiounen ze visualiséieren.
BMKGene offréiert raimlech Profiling Servicer bei präzis Single-Zell Resolutioun (baséiert op Zell bin oder multilevel véiereckege bin aus 100um ze 3.5um).
Raumprofiléierungsdaten aus Tissue Sektiounen op S3000 Rutsch hunn gutt gemaach wéi hei ënnen.
Fallstudie 1: Maus Gehir
Analyse vun enger Maus Gehir Sektioun mat S3000 huet zu der Identifikatioun vun ~ 94 000 Zellen gefouert, mat enger median Sequenzéierung vun ~ 2000 Genen pro Zell. Déi verbessert Resolutioun vun 3.5 uM huet zu engem ganz detailléierte Clustering vun den Zellen gefouert op Basis vun Transkriptiounsmuster, mat de Cluster vun Zellen, déi d'Gehir differenzéiert Strukturen mimikéieren. Dëst gëtt einfach beobachtet andeems d'Verdeelung vun Zellen visualiséiert, déi als Oligodendrozyten a Mikroglia Zellen clusteréiert sinn, déi bal ausschliesslech a groer a wäisser Matière lokaliséiert sinn.
Fallstudie 2: Maus Embryo
Analyse vun enger Maus Embryo Sektioun mat S3000 huet zu der Identifikatioun vun ~ 2200 000 Zellen gefouert, mat engem Steiren Sequenzéierung vun ~ 1600 Genen pro Zell. Déi verbessert Resolutioun vun 3,5 uM huet zu enger ganz detailléierter Clustering vun den Zellen op Basis vun Transkriptiounsmuster gefouert, mat 12 Cluster am Beräich vum Auge an 28 Cluster am Beräich vum Gehir.
Inner-Probe Analyse Zellclusterung:
Markergenen Identifikatioun a raimlech Verdeelung:
- Méi héich subcellulär Opléisung: Am Verglach mam S1000 Rutsch, enthält all Erfaassungsberäich vu S3000 > 4 Millioune raimlech Barcoded Spots mat engem Duerchmiesser vun 2,5 µm an enger Distanz vun 3,5 µm tëscht Punktzentren, wat raimlech Transkriptomanalyse mat méi héijer subzellulärer Opléisung erméiglecht (Quadratbehälter: 3,5 µm).
- Méi héich Capture Effizienz: am Verglach mam S1000 Rutsch, Median_UMI Erhéijung vun 30% op 70%, Median_Gene Erhéijung vun 30% op 60%
Schema vum S1000 Chip:
Schema vum S3000 Chip:
