BMKMANU S1000 Spatial Transkriptom
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technesch Schema
Fonctiounen
● Opléisung: 5 µM
● Punkt Duerchmiesser: 2,5 µM
● Zuel vun de Flecken: ongeféier 2 Millioune
● 3 méiglech Capture Beräich Formater: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm oder 15 mm * 20 mm
● All Barcoded Perle ass mat Primer gelueden, déi aus 4 Sektiounen komponéiert sinn:
Poly(dT) Schwanz fir mRNA Priming an cDNA Synthese
Eenzegaarteg Molekulare Identifizéierer (UMI) fir d'Verstäerkungsbias ze korrigéieren
Raimlech Barcode
Bindungssequenz vun partiell liesen 1 sequencing primer
● H & E an fluoreszent staining vun Rubriken
● Méiglechkeet ze benotzenZell Segmentatioun Technologie: Integratioun vun H & E staining, fluorescent staining, an RNA sequencing d'Grenze vun all Zell ze bestëmmen a korrekt Genausdrock zu all Zell zougewisen.
Virdeeler vun BMKMANU S1000
●Sub-cellulär Resolutioun: All Erfaassungsberäich enthält> 2 Millioune raimlech Barcoded Flecken mat engem Duerchmiesser vun 2,5 µm an enger Distanz vu 5 µm tëscht Fleckzentren, wat raimlech Transkriptomanalyse mat subzellulärer Opléisung (5 µm) erméiglecht.
●Multi-Level Resolutioun Analyse:Flexibel Multi-Level Analyse rangéiert vun 100 μm bis 5 μm fir verschidde Tissuefunktiounen op optimal Opléisung ze léisen.
● Méiglechkeet fir "Dräi an engem Rutsch" Zell Segmentatiounstechnologie ze benotzen:Kombinéiert Fluoreszenzfaarwen, H&E-Faarwen, an RNA-Sequenzéierung op enger eenzeger Rutsch, eis "Dräi-an-eent" Analysealgorithmus erméiglecht d'Identifikatioun vun Zellgrenze fir spéider Zell-baséiert Transkriptomik.
●Kompatibel mat Multiple Sequencing Plattformen: Béid NGS a laang gelies Sequenzéierung verfügbar.
●Flexibel Design vun 1-8 Active Capture Area: D'Gréisst vum Capture Beräich ass flexibel, et ass méiglech 3 Formater ze benotzen (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm an 15 mm * 20 mm)
●One-Stop Service: Et integréiert all Erfahrung a Fäegkeet-baséiert Schrëtt, dorënner Cryo-Sektioun, staining, Tissue Optimisatioun, raimlech Barcoding, Bibliothéik Virbereedung, Sequenzen, a Bioinformatik.
●Iwwergräifend Bioinformatik a User-frëndlech Visualiséierung vu Resultater:Package enthält 29 Analysen an 100+ héichqualitativ Figuren, kombinéiert mat der Notzung vun intern entwéckelt Software fir Zellopdeelung a Fleckclustering ze visualiséieren an ze personaliséieren.
●Personnaliséiert Daten Analyse a Visualiséierung: verfügbar fir verschidde Fuerschungsufroen
●Héichqualifizéiert Technesch Team: mat Erfahrung an iwwer 250 Tissuetypen an 100+ Arten inklusiv Mënsch, Maus, Mamendéieren, Fësch a Planzen.
●Echtzäit Updates op de ganze Projet: mat voller Kontroll vum experimentellen Fortschrëtt.
●Optional Joint Analyse mat Single-cell mRNA Sequencing
Service Spezifikatioune
|
Prouf Ufuerderunge
| Bibliothéik |
Sequenzéierungsstrategie
| Daten recommandéiert | Qualitéitskontroll |
| OCT-embedded Cryo Echantillon, 3 Blocks pro Probe | S1000 cDNA Bibliothéik | Illumina PE150 (aner Plattformen verfügbar) | 100K PE liest pro 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Fir méi Detailer iwwer Probevirbereedungsleitung a Service Workflow, fillt Iech gratis mat engem ze schwätzenBMKGENE Expert
Service Work Flow
An der Probepräparatiounsphase gëtt en initialen Bulk RNA Extraktiounsversuch ausgefouert fir sécherzestellen datt eng héichqualitativ RNA ka kritt ginn. An der Tissueoptimiséierungsstadium ginn d'Sektioune gefärbt a visualiséiert an d'Permeabiliséierungsbedéngungen fir mRNA Verëffentlechung aus Tissue ginn optimiséiert. Den optimiséierte Protokoll gëtt dann wärend der Bibliothéikskonstruktioun applizéiert, gefollegt vu Sequenzéierung an Datenanalyse.
De komplette Service Workflow beinhalt Echtzäit Updates a Client Bestätegunge fir eng reaktiounsfäeger Feedback Loop z'erhalen, fir eng glat Projet Ausféierung ze garantéieren.
D'Daten generéiert vum BMKMANU S1000 ginn analyséiert mat der Software "BSTMatrix", déi onofhängeg vum BMKGENE entworf ass, generéiert eng Gene Expression Matrix. Vun do gëtt e Standardbericht generéiert deen d'Datequalitéitskontrolle, d'Innere-Probe Analyse an d'Inter-Grupp Analyse enthält.
● Daten Qualitéitskontroll:
Datenausgang a Qualitéitsscore Verdeelung
Gendetektioun pro Plaz
Tissue Ofdeckung
● Innere-Probe Analyse:
Gen Räichtum
Spot Clustering, dorënner reduzéiert Dimensioun Analyse
Differential Expression Analyse tëscht Cluster: Identifikatioun vu Markergenen
Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
● Inter-Grupp Analyse:
Re-Kombinatioun vu Flecken aus béide Proben (zB krank a Kontroll) a Re-Cluster
Identifikatioun vu Markergenen fir all Stärekoup
Funktionell Annotatioun a Beräicherung vu Markergenen
Differenziell Ausdrock vum selwechte Stärekoup tëscht Gruppen
Zousätzlech huet BMKGENE entwéckelt "BSTViewer" ass e userfrëndlecht Tool dat de Benotzer erméiglecht den Genausdrock a Fleckcluster bei verschiddene Resolutiounen ze visualiséieren.
BMKGene entwéckelt Software fir Benotzer frëndlech Visualiséierung
BSTViewer Spot Clustering bei Multi-Level Resolutioun
BSTcellViewer: automatesch an manuell Zell Spaltung
Innere-Probe Analyse
Punkt Clustering:
Markergenen Identifikatioun a raimlech Verdeelung:
Inter-Grupp Analyse
Datekombinatioun vu béide Gruppen a Recluster:
Markergenen vun neie Stärekéip:
Entdeckt d'Fortschrëtter erliichtert vum BMKGene seng raimlech Transkriptomik Servicer mat der BMKManu S1000 Technologie an dëser Feature Publikatioun:
Song, X. et al. (2023) 'Raumlech Transkriptomik enthält Liichtinduzéiert Chlorenchymzellen, déi an der Promotioun vun der Schéissregeneratioun am Tomate Callus involvéiert sinn',Proceedings vun der National Academy of Sciences vun de Vereenegte Staate vun AmerikaEng., 120(38), pp. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Dir, Y. et al. (2023) 'Systematesch Verglach vu Sequenzéierungsbaséierte raimleche transkriptomesche Methoden',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
