Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De Novosequen- tio refertur ad constructionem totius genome speciei utens sequen- tes technologias in absentia genomae relationis. Introductio et disseminata adoptionis tertiae generationis sequelam, iam legit Aliquam, conventum genome insigniter auxit augendo inter legit. Haec amplificatio praecipue pertinet cum de provocationibus genomarum, ut exhibentes altam heterozygositatem, altam rationem regionum repetitarum, polyploides, et regionum cum repetitis elementis, contentis abnormalibus GC, vel alta multiplicitate quae male de more convenerunt utentes breves sequelas. solum.
Solutio una-statio nostra praebet integram sequelam officia et analysin bioinformaticam quae summus qualitas de novo genome conglobata tradet. Genome initialis percontatio cum Illumina aestimationes praebet genomae magnitudinis et multiplicitatis, et haec notitia adhibetur ut gradum ducat longi-ae lectionis sequendi cum PacBio HiFi, quem sequitur.de novoconventus contigs. Sequens usus conventus HiC ancoras contiguum ad genomam facit, obtinens conventus chromosomatis gradus. Denique genome annotatum per gene vaticinium et sequendo genes expressum, cum brevibus et longis legit transumptis.
Features Service
● Integratio multiplicium officiorum sequencium et bioinformaticorum in solutione unius stop:
Genome circumspectis cum Illumina ad magnitudinem genome aestimandam et gradus subsequentes dirigendos;
Longum legere sequentiade novoconventus contigs;
Hi-C sequencing ancoras chromosomatum;
mRNA sequencing for annotation genes ;
Sanatio conventus.
● Muneris idoneus ad novas genomas construendas vel emendandas quae referuntur genomes existendi pro speciebus usuris.
Servitium Commoda
Progressio sequendi platforms et bioinformatics inde novoconventus genome
(Amarasinghe SL et al.Genome Biologia, 2020)
●Extensiva peritia et Publication Record: BMKGene ingens experientiam in genomatis summus qualitas diversarum specierum coetum congessit, genomas diploides excepta et genomas polyploides et allopolyploides specierum valde complexas. Cum MMXVIII, plus contulimus300 publicationes incursiones summus et 20+ earum in Natura Genetics divulgantur.
One-solution: accessus noster integratus multiplices technologias sequendas ac bioinformaticas analyses in operis cohaerentis coagmentatis analyses coniungit, GENOMUM GENOMUM GENERALE conglobatae tradens.
●Discriminatim pro necessitates: Nostra opera laboris fluxus est customizabilis, aptatio genomarum cum diversis notis et speciebus inquisitionis necessitatum praebens. Haec includit genomas gigantes, genomas polyploides accommodans, genomas heterozygoas valde, et plura.
●Valde Peritus Bioinformatics et Team Laboratorial: magna experientia in tam experimentis quam bioinformaticis ante contionum genome complexum ac seriem patentium ac programmatum.
●Post-Sales Support:Munus nostrum ultra project complementum cum 3-mensibus post venditionem tempus servitutis extenditur. Hoc tempore consilium praebemus subsequens, adiumentum fermentum, et sessiones Q&A address quaelibet interrogationes ad eventus relatas.
Service Specifications
| Genome circumspectis | Genome conventus | Chromosome-gradu | Genome Annotation |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi legit | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (optional) back Plena longitudo RNA-seq PacBio 40 Gb or Nanopore 12 Gb |
Service Requirements
Pro Genome Survey, Conventus Genome et Hi-C Conventus;
| TEXTUS vel extractum acida nucleica | Genome Survey | Genome Conventus cum PacBio | Hi-C Conventus |
| Animal Viscera | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Musculus animalis | ≥ 5 g | ||
| Mammalia Sanguis | 1.5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| GALLINA / Piscis Sanguinis | ≥ 0.5 mL | ||
| Plant- Fresh Folium | 1-2 g* | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cellulae cultae |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insect | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| extractum DNA | Retrahitur: ≥1 ng/ µL Moles ≥ 30 ng Limited vel nulla turpitudo vel contagione | Retrahitur: ≥ 50 ng/ µL Moles: 10 μg/profluunt cellam/sample OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Limited vel nulla turpitudo vel contagione |
-
|
Ad Genome annotationem cum transcriptomic;
| TEXTUS vel extractum acida nucleica | Illumina Transcriptome | PacBio Transcriptome | Nanopore Transcriptome |
| Plant- Root/Stem/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Plant - Folium / Semen | 300 mg | 300 mg | |
| Plant - Fruit | 1.2 g | 1.2 g | |
| Cordis animalis / Intestinum | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera animalis / Brain | 240 mg | 240 mg | |
| Musculus animalis | 450 mg | 450 mg | |
| Ossa animalis / Hair / Skin | 1 g* | 1 g* | |
| Arthropoda - Insect | 6 | 6 | |
| Arthropoda -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| totum sanguinem | 1 tube | 1 tube | |
| Extractum RNA | Retrahitur: ≥ 20 ng/ µL Moles ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Retrahitur: ≥ 100 ng/ µL Moles ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Retrahitur: ≥ 100 ng/ µL Moles ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Sample Delivery commendatur
Continens: 2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
(Plurimis enim exemplis commendamus ne in ethanol.
Sample labeling: Exemplaria clare intitulata et identificanda cum forma sample informationis submissa.
Shipment: siccum-glacies: Exemplaria primum in saccis referta necesse est, et in siccitate glaciei condita.
Workflow
Service Opus O
Experimentum design
Sample traditio
DNA extractionem
Library construction
Sequencing
Analysis Data
Post-venditionis officia
Completa analysis bioinformatica, in 4 gradibus separata:
1) Genome circumspectis in analysi k-mer cum NGS legit:
Genome estimate magnitudine
Aestimatio heterozygositatis
Repetita regiones estimate
2) Genome Conventus cum PacBio HiFi;
De novoconventus
Conventus taxatio: inter BUSCO analysin pro genome perfectione et maculorum posteriorum NGS et PacBio HiFi legit.
3) Hi-c ecclesia;
Hi-C bibliotheca QC: Hi-C validorum aestimatio interactiones
Hi-C conventus: glomeratio contiguum in coetibus, iuxta ordinationem contiguum intra unumquemque coetum et contiguum orientationem assignans
Hi-C iudicium
4) Genome annotationem;
Non-coding RNA praedictio
Repetita sequentia idem (transposons et tandem repetit)
Gene praedicatio
§De novo: ab initio algorithms
§ Ex homologia
§ Ex transcripto, cum longis et brevibus legit: arede novoconvenerunt vel divisi ad capturam genome
§ Annotationes generum praedictarum cum multiplicibus databases
1) Genome Survey- k-mer analysis
2) Genome Conventus
2) Genome Conventus - PacBio HiFi legit destinata ad ecclesiam redactam
II) Hi-C Conventus - aestimatio Hi-C verum commercium pairs
3) Hi-C Post-ecclesia iudicium
4) Genome Annotation - integration genes praedictae
4) Genome annotationem
Progressiones explorare faciliores per BMKGene's de novo genome conventus officia per collectionem publicationum curatarum:
Li, C. et al. (2021) 'Genome sequentia patefaciunt vias globales dissipatas et convergentes geneticas aptationes in evolutione maritimae evolutionis suadeant', Natura Communicationum 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) Mutationes chromosomales magnae-Scalee deduc ad expressionem Genome-Level Alterationes, Accommodationes Environmentales, et Speciationem in Gayal (Bos frontalis), Biologiae Moleculares et Evolutionis 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Conventus Genome et genetica dissectione siccitatis eminentis spelte repugnantis germplasmi', Natura Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Evolutionem tropani alkaloidei biosynthesis revelans duo genomata in familiae Solanaceae', Natura Communicationis 2023 14:1, 14(1), pp. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Casus-studia provocantes:
Telomere-to-Telomere ecclesia;Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-to-telomere genome conventus cucumis amarae (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) fructus progressionis, compositionis et maturationis geneticae notae manifestat', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotype conventus;Hu, W. et al. (2021) Allele-genome definitum ostendit differentiam biallelicam in evolutione cassava', Planta molecularis, 14(6), pp. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
conventus Gigantis genome;Yuan, J. et al. (2022) ' Fundamentum genomic giga-chromosomorum et giga-genome arboris peony Paeoniae ostii', Natura Communicationis 2022 13, 1, 13(1), pp. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploidis genome conventus;Zhang, Q. et al. (2022) 'Perspectiones genomicas in recentem chromosomatum reductionem saccharum spontanei autopolyploidi saccharum', Natura Geneticorum 2022 54:6, 54(6), pp. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
