Өзгөчө локустун күчөтүлгөн фрагменттеринин тизилиши (SLAF-Seq)
Workflow
Техникалык схема
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● PE150 менен NovaSeq боюнча секвенирлөө.
● 1000ден ашык үлгүлөрдү бириктирүүгө мүмкүндүк берүүчү кош штрих-код менен китепкананы даярдоо.
● Бул ыкманы шилтеме геному менен же ансыз колдонсо болот, ар бир учур үчүн ар кандай биоинформатикалык түтүктөр менен:
Шилтеме геному менен: SNP жана InDel ачылышы
Маалымдама геному жок: үлгүлөрдү топтоо жана SNP ачылышы
● ичиндекремнийдеДизайнга чейинки этапта бир нече чектөө ферменттеринин айкалышы геном боюнча SLAF тегдерин бирдей бөлүштүрүүчүлөрдү табуу үчүн текшерилет.
● Алдын ала эксперимент учурунда 9 SLAF китепканасын түзүү үчүн үч ферменттин айкалышы 3 үлгүдө сыналат жана бул маалымат долбоор үчүн оптималдуу чектөө ферменттеринин айкалышын тандоо үчүн колдонулат.
Кызматтын артыкчылыктары
●Жогорку генетикалык маркердин ачылышы: Жогорку өтүмдүү кош штрих-код системасын интеграциялоо чоң популяцияларды бир эле учурда ырааттуулук менен бөлүштүрүүгө мүмкүндүк берет, ал эми локустун өзгөчө күчөтүү эффективдүүлүгүн жогорулатып, тег номерлеринин ар кандай изилдөө суроолорунун ар түрдүү талаптарына жооп беришин камсыз кылат.
● Геномдун төмөн көз карандылыгы: Аны шилтеме геному бар же жок түрлөргө колдонсо болот.
●Ийкемдүү схема дизайн: Бир ферменттүү, кош ферменттүү, көп ферменттүү сиңирүү жана ферменттердин ар кандай түрлөрү ар кандай изилдөө максаттарына же түрлөргө жооп берүү үчүн тандалышы мүмкүн. Theкремнийдеалдын ала долбоорлоо оптималдуу фермент дизайнын камсыз кылуу үчүн жүргүзүлөт.
● Ферменттик сиңирүүдөгү жогорку эффективдүүлүк: жүргүзүүкремнийдеалдын ала долбоорлоо жана алдын ала эксперимент SLAF тэгдерин хромосома боюнча бирдей бөлүштүрүү (1 SLAF теги/4Кб) жана кайталануучу ырааттуулукту кыскартуу (<5%) менен оптималдуу дизайнга кепилдик берди.
●Extensive Expertise: Биздин команда жүздөгөн түрлөр, анын ичинде өсүмдүктөр, сүт эмүүчүлөр, канаттуулар, курт-кумурскалар жана суу организмдери боюнча 5000ден ашык SLAF-Seq долбоорлорун жабуу тажрыйбасы менен ар бир долбоорго бай тажрыйбаны алып келет.
● Өз алдынча иштелип чыккан Биоинформатикалык Workflow: BMKGENE акыркы чыгаруунун ишенимдүүлүгүн жана тактыгын камсыз кылуу үчүн SLAF-Seq үчүн интеграцияланган биоинформатикалык иш агымын иштеп чыккан.
Кызмат спецификациялары
| Анализдин түрү | Сунушталган калктын масштабы | Секвенирлөө стратегиясы | |
| Тег ырааттуулугунун тереңдиги | Тег номери | ||
| Генетикалык карталар | 2 ата-эне жана >150 тукуму | Ата-энелер: 20x WGS Тукум: 10x | Геном өлчөмү: <400 Мб: WGS сунушталат <1Гб: 100К тег 1-2Гб:: 200К тег >2Гб: 300К тег Макс 500к тэг |
| Геном-Wide бирикмеси изилдөөлөр (GWAS) | ≥200 үлгү | 10x | |
| Генетикалык эволюция | ≥30 үлгү, ар бир подгруппадан >10 үлгү | 10x | |
Кызмат талаптары
Концентрация ≥ 5 нг/мкЛ
Жалпы суммасы ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Агароз гели: бузулуу же булгануу жок же чектелген
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү
(Үлгүлөрдүн көбү үчүн этанолдо сактабоо сунушталат)
Үлгүлөрдү белгилөө: Үлгүлөр так белгилениши жана берилген үлгү маалымат формасына окшош болушу керек.
Жеткирүү: Кургак муз: Үлгүлөрдү алгач баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
Кызматтын иш процесси
QC үлгүсү
Пилоттук эксперимент
SLAF-эксперимент
Китепкана даярдоо
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Берилиштерди иреттөө QC
- SLAF тэгин иштеп чыгуу
Референдум геномунун картасы
Маалымдама геному жок: кластерлөө
- SLAF тэгдерин талдоо: статистика, геном боюнча бөлүштүрүү
- Маркердин ачылышы: SNP, InDel, SNV, CV чакыруу жана аннотация
SLAF теги хромосомаларга таралышы:
СНПнын хромосомаларга таралышы:
SNP аннотациясы
| Жыл | Журнал | IF | Title | Тиркемелер |
| 2022 | Жаратылыш байланыштары | 17.694 | Дарак пионунун гига-хромосомаларынын жана гига-геномунун геномдук негиздери Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Жаңы фитолог | 7.433 | Үй-жайдын издери агрономиялык мааниге ээ геномдук аймактарды бириктирет соя | SLAF-GWAS |
| 2022 | Advanced Research журналы | 12.822 | Gossypium barbadenseтин G. hirsutumга геномдук жасалма интрогрессиялары пахтанын буласынын сапатын жана тушумдуулугун бир эле мезгилде жогорулатуу учун жогорку локту ачып өзгөчөлүктөрү | SLAF-Эволюциялык генетика |
| 2019 | Молекулярдык өсүмдүк | 10.81 | Популяциянын геномдук анализи жана Де Ново Ассамблеясы отоолордун келип чыгышын ачып берет Райс эволюциялык оюн катары | SLAF-Эволюциялык генетика |
| 2019 | Жаратылыш генетикасы | 31.616 | Кадимки карп балыгынын геномунун ырааттуулугу жана генетикалык ар түрдүүлүгү, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage картасы |
| 2014 | Жаратылыш генетикасы | 25.455 | Өстүрүлгөн жержаңгактын геному буурчак өсүмдүктөрүнүн кариотиптери, полиплоиддери жөнүндө түшүнүк берет. эволюция жана айыл чарба өсүмдүктөрүн үй. | SLAF-Linkage картасы |
| 2022 | Өсүмдүк биотехнологиясы журналы | 9.803 | ST1 идентификациясы уруктардын морфологиясын автостоп менен тартууну камтыган тандоону көрсөтөт жана сояны уй-буледе естуруу учурунда май-дын | SLAF-Маркерди өнүктүрүү |
| 2022 | Молекулярдык илимдердин эл аралык журналы | 6.208 | Буудай-Леймус моллис 2Ns үчүн идентификация жана ДНК маркерди иштеп чыгуу (2D) Дисомдук хромосоманы алмаштыруу | SLAF-Маркерди өнүктүрүү |
| Жыл | Журнал | IF | Title | Тиркемелер |
| 2023 | Өсүмдүк илиминдеги чек аралар | 6.735 | Pyrus pyrifolia мөмө-жемиш бышкан учурунда кант мазмунун QTL картасы жана транскриптом талдоо | Генетикалык карта |
| 2022 | Өсүмдүк биотехнологиясы журналы | 8.154 | ST1ди идентификациялоо сояны үйгө айландыруу учурунда уруктардын морфологиясын жана майдын курамын автостоп менен тартууну камтыйт.
| SNP чалуу |
| 2022 | Өсүмдүк илиминдеги чек аралар | 6.623 | Кургакчылык чөйрөсүндө Hulless эптеп фенотиптеринин Геном-Wide Ассоциациясынын картасы.
| GWAS |
