-
BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
Мейкиндик транскриптомикасы илимий инновациялардын алдыңкы сабында туруп, изилдөөчүлөргө мейкиндиктик контекстти сактап, кыртыштардагы гендердин татаал экспрессияларын изилдөөгө мүмкүнчүлүк берет. Ар кандай платформалардын арасында BMKGene BMKManu S3000 мейкиндик транскриптомунун чипин иштеп чыкты, ал 3.5µm жакшыртылган резолюция менен мактанып, клетканын астындагы диапазонго жетет жана көп деңгээлдеги резолюция орнотууларын иштетет. Болжол менен 4 миллион такты камтыган S3000 чипинде мейкиндик штрих-коддору бар мончоктор менен катмарланган микроуюктарды колдонот. S3000 чипинен мейкиндик штрих-коддор менен байытылган cDNA китепканасы даярдалып, андан кийин Illumina NovaSeq платформасында секвенирленген. мейкиндик штрих-код үлгүлөрү жана UMIs айкалышы түзүлгөн маалыматтардын тактыгын жана өзгөчөлүгүн камсыз кылат. BMKManu S3000 чиптери ар кандай кыртыштарга жана деталдардын керектүү деңгээлдерине жакшы ыңгайлаштырылган көп деңгээлдүү резолюция орнотууларын сунуш кылган өтө ар тараптуу. Бул ийкемдүүлүк чипти ар түрдүү мейкиндик транскриптомикалык изилдөөлөр үчүн эң сонун тандоо катары жайгаштырып, минималдуу ызы-чуу менен мейкиндиктин так кластерин камсыз кылат. BMKManu S3000 менен клетка сегментациялоо технологиясын колдонуу транскрипциялык маалыматтарды клеткалардын чектерине делимитациялоого мүмкүндүк берет, натыйжада түз биологиялык мааниге ээ болгон талдоо. Андан тышкары, S3000 резолюциясы жакшыртылган гендердин жана UMIлердин саны ар бир клеткада аныкталып, мейкиндик транскрипциясынын моделдерин жана клеткалардын кластерлерин бир кыйла так талдоо мүмкүнчүлүгүн берет.
-
Бир ядролуу РНКнын тизилиши
Бир клетканы басып алуу жана жеке китепкана куруу ыкмаларын иштеп чыгуу, жогорку ылдамдыктагы секвенирлөө менен бирге, клетка деңгээлинде ген экспрессиясын изилдөөдө төңкөрүш жасады. Бул ачылыш комплекстүү клетка популяцияларын тереңирээк жана ар тараптуу анализдөөгө, бардык клеткалардагы ген экспрессиясын орточолоо менен байланышкан чектөөлөрдү жеңүүгө жана бул популяциялардын ичиндеги чыныгы гетерогендүүлүктү сактоого мүмкүндүк берет. Бир клеткалуу РНК тизмегинин (scRNA-seq) талашсыз артыкчылыктары бар, бирок ал бир клеткалуу суспензияны түзүү кыйынга турган жана жаңы үлгүлөрдү талап кылган кээ бир кыртыштарда кыйынчылыктарга туш болот. BMKGeneде биз заманбап 10X Genomics Chromium технологиясын колдонуу менен бир ядролуу РНК тизмегин (snRNA-seq) сунуштоо менен бул тоскоолдукту чечебиз. Бул ыкма бир клетка деңгээлинде транскриптомдук анализге ылайыктуу үлгүлөрдүн спектрин кеңейтет.
Ядролорду изоляциялоо новатордук 10X Genomics Chromium чипинин жардамы менен ишке ашат, ал сегиз каналдуу микрофлюидикалык тутумду кош кайчылаштары бар. Бул системанын ичинде штрих-коддорду, праймерлерди, ферменттерди жана бир ядрону камтыган гель мончоктору нанолитр өлчөмүндөгү мунай тамчыларына капсулдалып, Гель Bead-in-Emulsion (GEM) пайда болот. GEM пайда болгондон кийин, клетка лизиси жана штрих-кодду чыгаруу ар бир GEM ичинде болот. Кийинчерээк, мРНК молекулалары 10X штрих-коддорун жана Уникалдуу Молекулярдык Идентификаторлорду (UMIs) камтыган cDNAларга тескери транскрипциядан өтүшөт. Андан кийин бул cDNA'лар стандарттуу секвенирлөө китепканасынын курулушуна дуушар болушат, бул бир клеткалык деңгээлде ген экспрессия профилдерин бекем жана ар тараптуу изилдөөгө көмөктөшөт.
Платформа: 10 × Genomics Chromium жана Illumina NovaSeq платформасы
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Мейкиндик транскриптомикасы изилдөөчүлөргө мейкиндик контекстти сактап, кыртыштардагы ген экспрессияларын изилдөөгө мүмкүндүк берген алдыңкы технология. Бул домендеги бир күчтүү платформа Illumina секвенциясы менен бирге 10x Genomics Visium болуп саналат. 10X Visium принциби кыртыш бөлүмдөрү жайгаштырылган атайын кармоо аймагы бар адистештирилген чипте жатат. Бул басып алуу аймагы кыртыштын ичиндеги уникалдуу мейкиндикке туура келген штрих коддуу тактарды камтыйт. Андан кийин кыртыштан алынган РНК молекулалары тескери транскрипция процессинде уникалдуу молекулярдык идентификаторлор (UMIs) менен белгиленет. Бул штрих-коддуу тактар жана UMIs так мейкиндик картасын түзүүгө жана бир клеткалык резолюцияда ген экспрессиясын сандык аныктоого мүмкүндүк берет. мейкиндик штрих-код үлгүлөрү жана UMIs айкалышы түзүлгөн маалыматтардын тактыгын жана өзгөчөлүгүн камсыз кылат. Бул мейкиндиктик транскриптомика технологиясын колдонуу менен изилдөөчүлөр клеткалардын мейкиндик уюмун жана кыртыштарда болуп жаткан татаал молекулярдык өз ара аракеттенишүүнү тереңирээк түшүнүп, бир нече тармактарда, анын ичинде онкология, неврология, өнүгүү биологиясы, иммунологиядагы биологиялык процесстердин негизинде жаткан механизмдер жөнүндө баа жеткис түшүнүктөрдү сунуштай алышат. , жана ботаникалык изилдөөлөр.
Платформа: 10X Genomics Visium жана Illumina NovaSeq
