-
Hi-C негизиндеги хроматиндин өз ара аракеттенүүсү
Hi-C - жакындыкка негизделген өз ара аракеттешүүнү жана жогорку өтүмдүүлүк секвенирлөөсүн айкалыштыруу аркылуу геномдук конфигурацияны алуу үчүн иштелип чыккан ыкма. Метод хроматинди формальдегид менен кайчылаш байланыштырууга негизделген, андан кийин сиңирүү жана коваленттүү байланышта болгон фрагменттер гана лигатура продуктуларын түзө тургандай кайра байлашуу. Бул лигация продуктыларын секвенирлөө менен геномдун 3D уюштуруусун изилдөөгө болот. Hi-C геномдун бөлүкчөлөрүнүн бөлүштүрүлүшүн изилдөөгө мүмкүндүк берет (А бөлүктөрү, эухроматин) жана транскрипциялуу активдештирүү ыктымалы жогору, жана тыгызыраак пакеттелген аймактар (В бөлүмдөрү, гетерохроматин). Hi-C ошондой эле Топологиялык Ассоциацияланган Домендерди (TADs), бүктөлгөн структуралары бар жана окшош экспрессия схемаларына ээ болгон геномдун аймактарын, ошондой эле хроматин илмектерин, протеиндер менен бириктирилген ДНК аймактарын аныктоо үчүн да колдонулушу мүмкүн. көбүнчө жөнгө салуучу элементтер менен байытылган. BMKGeneнин Hi-C секвенирлөө кызматы изилдөөчүлөргө геномдун мейкиндик өлчөмдөрүн изилдөөгө мүмкүнчүлүк берип, геномдун жөнгө салынышын жана анын ден соолук менен ооруга тийгизген таасирин түшүнүү үчүн жаңы жолдорду ачат.
-
Хроматиндин иммунопреципитациясынын секвенциясы (ChIP-seq)
Хроматин иммунопреципитациясы (CHIP) бул ДНКны байланыштырган белокторду жана аларга тиешелүү геномикалык максаттарды тандап байытуу үчүн антителолорду колдонгон ыкма. Анын NGS менен интеграциясы гистондун модификациясы, транскрипция факторлору жана башка ДНКны байланыштыруучу белоктор менен байланышкан ДНК максаттарынын геномдук профилин түзүүгө мүмкүндүк берет. Бул динамикалык ыкма ар кандай клетка типтери, кыртыштар же шарттар боюнча байланыш сайттарды салыштырууга мүмкүндүк берет. ChIP-Seq тиркемелери транскрипциялык жөнгө салуу жана өнүгүү жолдорун изилдөөдөн оору механизмдерин түшүндүрүүгө чейин, аны геномдук жөнгө салуу пейзаждарын түшүнүү жана терапиялык түшүнүктөрдү өркүндөтүү үчүн алмаштырылгыс куралга айлантат.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Бүтүндөй геномдун бисульфит секвенциясы (WGBS)
Бүтүндөй геномдун бисульфиттик ырааттуулугу (WGBS) ДНКнын метилизациясын терең изилдөө үчүн алтын стандарттуу методология болуп саналат, өзгөчө цитозиндеги бешинчи позиция (5-mC), ген экспрессиясынын жана клеткалык активдүүлүктүн негизги жөнгө салуучусу. WGBSтин негизин түзгөн принцип бисульфит менен дарылоону камтыйт, метилденбеген цитозиндерди урацилге (Cдан U-га чейин) айландыруу, ал эми метилденген цитозиндерди өзгөртүүсүз калтырат. Бул ыкма изилдөөчүлөргө метиломду ар тараптуу иликтөөгө жана ар кандай шарттарга, айрыкча рак оорусуна байланыштуу анормалдуу метилация схемаларын ачууга мүмкүндүк берүүчү бир базалык резолюцияны сунуш кылат. WGBSди колдонуу менен, окумуштуулар ар түрдүү биологиялык процесстердин жана оорулардын негизинде жаткан эпигенетикалык механизмдердин нюанстык түшүнүгүн камсыз кылуу менен геномдук метилация ландшафттары боюнча теңдешсиз түшүнүккө ээ боло алышат.
-
Жогорку өтүмдүүлүк ырааттуулугу менен транспоазага жеткиликтүү хроматинди анализдөө (ATAC-seq)
ATAC-seq – геном боюнча кеңири хроматиндин жеткиликтүүлүгүн талдоо үчүн колдонулган жогорку өтүмдүү секвенирлөө ыкмасы. Аны колдонуу ген экспрессиясын глобалдык эпигенетикалык көзөмөлдөөнүн татаал механизмдерин тереңирээк түшүнүүгө мүмкүндүк берет. Метод секвенирлөө адаптерлерин киргизүү менен ачык хроматин аймактарын бир эле учурда фрагменттөө жана белгилөө үчүн гиперактивдүү Tn5 транспозазасын колдонот. Кийинчерээк ПТР күчөтүү секвенирлөө китепканасын түзүүгө алып келет, ал ачык хроматин аймактарын белгилүү мейкиндик-убакыт шарттарында комплекстүү идентификациялоого мүмкүндүк берет. ATAC-seq, транскрипция факторун байланыштырган жерлерге же белгилүү гистон менен модификацияланган аймактарга гана багытталган ыкмалардан айырмаланып, жеткиликтүү хроматин пейзаждарынын бирдиктүү көрүнүшүн камсыз кылат. Бул ачык хроматин аймактарын секвенирлөө менен, ATAC-seq геномдогу ген экспрессиясынын динамикалык модуляциясы боюнча баалуу түшүнүктөрдү сунуш кылуу менен, активдүү жөнгө салуучу ырааттуулуктар жана потенциалдуу транскрипция факторун байланыштырган аймактарды ачып берет.
-
Кыскартылган өкүлчүлүктүү бисульфит ырааттуулугу (RRBS)
Кыскартылган өкүлчүлүктүн бисульфитинин секвенциясы (RRBS) ДНКнын метилизациясын изилдөөдө бүтүндөй геномдун бисульфиттик ырааттуулугуна (WGBS) үнөмдүү жана натыйжалуу альтернатива катары пайда болду. WGBS бир базалык резолюцияда бүт геномду изилдөө менен ар тараптуу түшүнүктөрдү берет, бирок анын жогорку баасы чектөөчү фактор болушу мүмкүн. RRBS геномдун репрезентативдик бөлүгүн тандап талдоо аркылуу бул кыйынчылыкты стратегиялык жеңилдетет. Бул методология 200-500/600 бит/сек фрагменттердин өлчөмүн тандоо менен MspI бөлүү жолу менен CpG аралына бай аймактарды байытууга таянат. Демек, CpG аралдарына проксималдуу аймактар гана ырааттуулук менен жайгаштырылат, ал эми алыскы CpG аралдары барлар анализден чыгарылат. Бул процесс, бисульфиттик секвенирлөө менен айкалышып, ДНКнын метилдешин жогорку резолюцияда аныктоого мүмкүндүк берет, ал эми секвенирлөө ыкмасы, PE150, атайын ортого эмес, кыстармалардын учтарына көңүл буруп, метилдөө профилин түзүүнүн натыйжалуулугун жогорулатат. RRBS - бул ДНКнын метилизациясын үнөмдүү изилдөөгө жана эпигенетикалык механизмдер боюнча билимди өркүндөтүүгө мүмкүндүк берген баа жеткис курал.
