Өсүмдүктөрдүн/жаныбарлардын бүтүндөй геномунун тизилиши
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● Китепкананы даярдоо стандарттуу же ПТРсиз болушу мүмкүн
● 4 секвенирлөө платформасында жеткиликтүү: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 же PacBio Revio.
● Биоинформатикалык талдоо варианттарды аныктоого багытталган: SNP, InDel, SV жана CNV
Кызматтын артыкчылыктары
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуулары: 1000ден ашуун түр үчүн геномду секвенирлөө боюнча топтолгон тажрыйба 5000ден ашык импакт-фактор менен 1000ден ашык жарыяланган учурларды алып келди.
●Комплекстүү биоинформатика анализи: Анын ичинде вариация чалуу жана функция аннотациясы.
● Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Комплекстүү аннотация: Биз аныкталган вариациялары бар гендерге функционалдык аннотациялоо үчүн бир нече маалымат базасын колдонобуз жана бир нече изилдөө долбоорлору боюнча түшүнүктөрдү камсыз кылуу менен тиешелүү байытуу анализин жүргүзөбүз.
Кызмат спецификациялары
| Варианттарды аныктоо керек | Секвенирлөө стратегиясы | Сунушталган тереңдик |
| SNP жана InDel | Illumina NovaSeq PE150 же MGI T7 | 10x |
| SV жана CNV (азыраак так) | 30x | |
| SV жана CNV (так) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV жана CNV | PacBio Revio | 10x |
Үлгү талаптары
| кыртыш же экстракцияланган нуклеиндик кислоталар | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Жаныбарлардын ички органдары | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Animal Muscle | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Сүт эмүүчүлөрдүн каны | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Канаттуулардын/Балыктын каны | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Өсүмдүк - жаңы жалбырак | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Маданияттуу клеткалар |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Курт-кумурскалардын жумшак ткандары/Индивидуалдуу | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Алынган ДНК
| Концентрация: ≥ 1 нг/ µL Суммасы: ≥ 30 нг Чектелген же жок деградация же булгануу
| Концентрация Суммасы
OD260/280
OD260/230
Чектелген же жок деградация же булгануу
| ≥ 40 нг/мкл 4 мкг/агым клеткасы/үлгү
1.7-2.2
≥1,5 | Концентрация Суммасы
OD260/280
OD260/230
Чектелген же жок деградация же булгануу | ≥ 50 нг/мкл 10 мкг/агым клеткасы/үлгү
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| ПЦРсиз китепкананы даярдоо: Концентрация≥ 40 нг/мкл Суммасы≥ 500 нг | |||||
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
ДНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Маалымат жеткирүү
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
- Маалыматтык геномго туура келүү статистикасы
- Variant аныктоо: SNP, InDel, SV жана CNV
- Варианттардын функционалдык аннотациясы
Маалыматтык геномго тегиздөө статистикасы – секвенирлөө тереңдигин бөлүштүрүү
SNP бир нече үлгүлөрдүн арасында чалуу
InDel идентификациясы - CDS аймагындагы жана геномдук аймактагы InDel узундугунун статистикасы
Геном боюнча Variant бөлүштүрүү - Circos сюжет
Белгиленген варианттары бар гендердин функционалдык аннотациясы – Ген онтологиясы
Чаи, Q. жана башкалар. (2023) 'Glutathione S-transferase GhTT19 пахтада антоцианиндин топтолушун жөнгө салуу аркылуу гүлдүн желекчесинин пигментациясын аныктайт', Plant Biotechnology Journal, 21(2), б. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Ченг, H. жана башкалар. (2023) 'Хромосома деңгээлиндеги жапайы Hevea brasiliensis геному геномдун жардамы менен асылдандыруу үчүн жаңы инструменттерди жана резина түшүмдүүлүгүн жогорулатуу үчүн баалуу локустарды камсыз кылат', Plant Biotechnology Journal, 21(5), 1058–1072-беттер. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. жана башкалар. (2021) 'Эстуарий устрицасынын геному климаттын таасири жана адаптивдик пластика жөнүндө түшүнүктөрдү берет', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), 1–12-бб. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Убакыттын өтүшү менен кытайдын жергиликтүү тоокторундагы геномдун жана метилизациялык өзгөрүүлөрдүн анализи түрлөрдүн сакталышы боюнча түшүнүк берет', Communications Biology, 5(1), 1–12-беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
