Завод / Animal De Novo Genome Stecencing
Де НовоСерикти маалымдама геномунун жоктугунда секвелдик технологияларды колдонуп, секунддун бүткүлүмүн курууну билдирет. Үчүнчү муундардын ырааттуулугун тааныштыруу жана кеңири жайылуу, узакка созулат, ошончолук көп окуйт, геном чогулуштарды окуганын айландыруу менен бир кыйла өркүндөтөт. Бул өркүндөтүү өзгөчө, жогорку гетерозаторлорду, мисалы, жогорку гетерозаторлордун, полиплоиддердин жана региондордун өзгөчө катышы, анормалдуу гк мазмунун, адатта, кыскача окуган г. жалгыз.
Биздин бирдиктүү чечимибизде Сапаттуу Де Ново-Ново-Сапаттуу Геномду жеткирген интеграциялык кызматтын жана биоинформатикалык анализди камсыз кылат. Иллюмина менен баштапкы геномдук изилдөөнүн геномдун көлөмүн жана татаалдыгын эсептейт, жана бул маалымат Пасбио Хифи менен Пасбио Хифи менен кийинкиге калтыруунун кийинки кадамын көрсөтөтДе Новокоштоочулардын жыйыны. Чакан жыйынын кийинки колдонулушун кийинки колдонууга шифрлерден ченемге, хромосома-деңгээлдеги чогулушту алуу мүмкүнчүлүгүнөн көрсөтүүгө мүмкүндүк берет. Акыры, геном гендердик божомол менен анонотацияланган гендердеги жана кыска жана узак окулган транскриптизмдерге баруучу гендер менен таанышуу.
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● Бирден-бирден үзгүлтүксүз кызматтарды бир гана жолу токтотуу боюнча бир нече кызматтарды интеграциялоо:
Геном өлчөмүн болжолдоо жана кийинки кадамдарды эсептөө үчүн illumina менен геном сурамжылоо;
Узак окуу үчүнДе Новокоштоочу жыйын;
Хоромосома казышына каршы секиринг;
Гендердин аннотациясына байланыштуу мырза ырааттуулук;
Ассамблеяны текшерүү.
● Кызыкчылыктардын түрлөрү үчүн геномдорду түзүүгө же учурдагы маалымдама геномдорун өркүндөтүүгө жарактуу кызмат.
Кызматтын артыкчылыктары
Секент платформаларын жана биоинформатиканы өнүктүрүүДе НовоГеном Ассамблея
(Amarasinghe SL жана AL.,Геном Биология, 2020)
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо: BMKGENE ар түрдүү түрлөрдүн жогорку сапаттагы геномдук ассамблеясында, анын ичинде диплолиддик геномдорду жана полиплоплоиддик жандыктардын жогорку татаал геномдору жана жогорку татаал геномдорун топтогон. 2018-жылдан бери биз өз салымын коштук300 ири таасирдүү басылмалар, жана алардын 20+ 20+ жаратылыш генетикасында жарыяланган.
● Бирдиктүү чечим: Биздин интеграцияланган мамилебиз бир нече жолу катышкан технологияларды жана биоинформатикалык анализдерди бириктирип, жогорку сапаттагы чогултулган геномун жеткирүү.
●Сиздин муктаждыктарыңызга ылайыкташтырылган: Биздин кызматтын иштөө иштери ыңгайлаштырылган, ар түрдүү өзгөчөлүктөр жана конкреттүү изилдөө керек. Буга ири галстук геномдорду, полиплоид геномдорун, жогорку гетерозигой геномдору жана башкаларын камтыйт.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика жана лабораториялык командаТатаал геном-чогулуштардын алдыңкы тажрыйбасы жана биоинформатикада чоң тажрыйба жана бир катар патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенме долбооруңуздун аяктагандан кийин, сатуу кызматынын мөөнөтү 3 айлык кызматы менен аяктайт. Ушул убакыт аралыгында биз долбоорду чечүү үчүн, көйгөйлөрдү чечүү үчүн, көйгөйлөрдү чечүү үчүн жана сессияларын жана жыйынтыктарын чечүү үчүн сессияларды сунуштайбыз.
Кызмат мүнөздөмөлөрү
| Геном сурамжылоо | Геном Ассамблея | Хромосома-деңгээл | Genome Anotation |
| 50x иллюмина Novaseq PE150
| 30x pacbio ccs hifi окуйт | 100x hi-c | RNA-SEQ Hillumina PE150 10 GB + (кошумча) Толук узундугу RNA-SEQ Pacbio 40 GB же Наноопере 12 ГБ |
Кызматтын талаптары
Геномумду изилдөө үчүн, Геном Ассамблеясы жана Hi-C Ассамблеясы үчүн:
| Кыртыш же казылып алынган нуклеин кислоталары | Геном сурамжылоо | Пасбио менен геном жыйын | Hi-C жыйындысы |
| Animal Viscera | 0,5-1 г
| ≥ 3.5 г | ≥2 g |
| Жаныбарлардын булчуңдары | ≥ 5 г | ||
| Маммалиан каны | 1.5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Канаттуулар / балык кан | ≥ 0.5 мл | ||
| Отургузуу- жаңы жалбырак | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Маданияттуу клеткалар |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Курт-кумурскалар | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Тазаланган ДНК | Концентрация: ≥1 ng / μl Суммасы ≥ 30 ng Чектелген же деградация же булганыштыруу | Концентрация: ≥ 50 ng / μl Суммасы: 10 мг / агым клеткасы / үлгү OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Чектелген же деградация же булганыштыруу |
-
|
Транспорттун жанында геном үчүн:
| Кыртыш же казылып алынган нуклеин кислоталары | Иллюмина транскриптом | Pacbio трансприптом | Нанопоре транскриптом |
| Отургузуу / тамыр / Суб / Петр | 450 мг | 600 мг | |
| Өсүмдүк - жалбырак / үрөн | 300 мг | 300 мг | |
| Өсүмдүк - жемиш | 1.2 g | 1.2 g | |
| Жаныбарлардын жүрөгү / ичегинин ичегиси | 300 мг | 300 мг | |
| Жаныбарлар Виспера / Мээ | 240 мг | 240 мг | |
| Жаныбарлардын булчуңдары | 450 мг | 450 мг | |
| Жаныбарлардын сөөктөрү / чач / тери | 1 г | 1 г | |
| Артропод - курт-кумурскалар | 6 | 6 | |
| Артропод -Crustacea | 300 мг | 300 мг | |
| Бүт кан | 1 Tube | 1 Tube | |
| РНК казып алынган | Концентрация: ≥ 20 Ng / μl Сумма ≥ 0.3 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Рин≥ 6 5≥28 / 18s≥1 | Концентрация: ≥ 100 ng / μl Суммасы ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Рин≥ 8 5≥28 / 18s≥1 | Концентрация: ≥ 100 ng / μl Суммасы ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Рин≥ 7.5 5≥28 / 18s≥1 |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүк (калай фольга сунушталбайт)
(Үлгүлөрүнүн көпчүлүгү үчүн этанолдо сактоону сунуштайбыз.)
Үлгү этикетинин үлгүлөрү: үлгүлөрдү так белгилениши керек жана берилген үлгү маалымат формасына окшош.
Жөнөтүү: кургак-муз: Үлгүлөр алгач сумкаларга салынып, кургак музга көмүлүшү керек.
Workflow
Кызматтын агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
ДНК казып алуу
Китепкана курулушу
Sequencing
Маалыматтарды талдоо
Сатуу кызматтары
Биоинформатикалык анализдин толук биоинформатикалык анализи, 4 кадамга бөлүнгөн:
1) K-MER анализине негизделген Геномдун сурамжылоосу:
Геном өлчөмүн баалоо
Гетерозотиялыкты баалоо
Кайталануучу аймактарды баалоо
2) Пасбио Хифи менен Геном:
Де НовоАссамблея
Ассамблеяны баалоо: Буско талдоосу
3) Hi-C Ассамблеясы:
Hi-C китепкана QC: жарактуу Hi-C өз ара аракеттенүүсүн баалоо
Салам жана С монтажы: топторго караштуу, ар бир топтун ичиндеги кониг заказ кылуу жана Контиг багыт берүү
Hi-c баалоо
4) Геномдун аннотациясы:
Коддоо эмес rna божомолдоо
Кайталануучу ырааттуулуктар идентификациялоо (транспоздер жана тандем кайталоо)
Гендин божомолу
§Де Ново: AB демилгеси алгоритмдери
§ Гомологияга негизделген
Transriptome транскриптомго негизделген, узак жана кыска окулган: окуганДе Новочогултулган же Genome долбооруна жөнөтүлдү
Profiese Болжолдонгон гендердин бир нече маалымат базасы менен аннотациялоо
1) Genome Survey- K-MER анализ
2) Геном Ассамблея
2) Геномдун Ассамблеясы - Пасбио Хифи конструкторду түзүүнү билдирет
2) Hi-C Ассамблеясы - HI-C Жарактуу өз ара аракеттенүү жуптарын баалоо
3) Хи-С топтомдон кийинки баалоо
4) Геномдун аннотациясы - болжолдонгон гендерди интеграциялоо
4) Геномдун аннотациясы - болжолдонгон гендер аннотация
Бмкгендин Ново Ассамблея кызматынын жардамы менен BMKGENE's NOVO Sос монтаждык кызматтарынын жардамы менен таанышуу менен таанышыңыз:
Li, C. ж.б. (2021) 'Генома ырааттуулугу глобалдык диспрестрдик маршруттарды ачып берет жана саххорс эволюциясында "табият байланышы", 12 (1). DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Ли, Ю. (2023) "Хромосомалык өзгөрүүлөр Гейл (боолор фронталдык биология жана эволюция, молекулярдык биология жана эволюция, молекулярдык биология жана эволюция, экологиялык адаптациялоо жана мүнөздөөгө алып келет. DOI: 10.1093 / Молбев / MSAD006.
Тянь, Т., Ал. (2023) "Кургакчылыкка туруштук бере турган генетикалык монтаж жана генетикалык бөлүнүү", жаратылыш генетикасы 2023 55: 3, 55 (3), 496-506-бб. DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-Y.
Чжан, Ф. жана Ал. (2023) "Солана-Аялдарынын үй-бүлөсүндө эки геномду талдоо менен" Тропан Алкалоиддин биосинтездин эволюциясын ачып берүү 2023 14: 1, 14 (1), 1-18-бб. DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Кыйын окуялар:
Теломере-Теломере Ассамблеясы:Фу, А. ж.б. (2023) "Теломере-Теломере-Теломере Геномили (Моморика Чантия Л. Вар. Аббревиата Сер.) Жемиш өнүгүүсүн, курамын жана бышып жетилген генетикалык мүнөздөмөлөрдү көрсөтөт DOI: 10.1093 / HR / UHA228.
Haplotype жыйындысы:Ху, В. жана Ал. (2021) 'Аллел аныкталган геном кассава эволюциясында, молекулярдык завод, 14 (6), 851-854-бб. DOI: 10.1016 / J.MolP.2021.04.009.
Giant геном жыйыны:Юань, Дж. Е. (2022) "Гиг-хромосомалар жана Гига-Гига-Гига-Генома" Тарыхы, жаратылыштагы байланыштар 2022 13: 1, 13 (1), 1-16-бб. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Полиплоид Геном Ассамблеясы:Чжан, Q. et al. (2022) "Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакарум Сакчарум Сакчарум Сакчарум Сакчарум Сакчарумду азайтуу боюнча түшүнүктөрү 2022 54: 6, 54 (6), 885-896-бб. DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
