PacBio 2+3 Толук узундуктагы мРНК чечими
Өзгөчөлүктөрү
● Окуу дизайны:
Транскрипт изоформаларын аныктоо үчүн PacBio менен ырааттуу топтолгон үлгү
менен ырааттуу өзүнчө үлгүлөр (репликалар жана сыноо үчүн шарттар).NGS транскрипт билдирүүнү сандык аныктоо үчүн
● CCS режиминде PacBio секвенциясы, HiFi окууларын жаратат
● Толук узундуктагы транскрипттердин ырааттуулугу
● Анализ шилтеме геномун талап кылбайт; бирок, аны колдонууга болот
● Биоинформатикалык анализ ген жана изоформа деңгээлиндеги экспрессияны гана эмес, ошондой эле lncRNA, гендердин синтези, поли-аденилизация жана ген структурасынын анализин камтыйт.
Артыкчылыктары
● Жогорку тактык: HiFi тактык менен окуйт >99,9% (Q30), NGS менен салыштырууга болот
● Альтернативдик Splicing анализи: бардык транскрипттердин ырааттуулугу изоформаны идентификациялоого жана мүнөздөөгө мүмкүндүк берет.
● PacBio жана NGS күчтүү жактарынын айкалышы: изоформа деңгээлинде экспрессияны сандык аныктоого мүмкүндүк берүү, бүт ген экспрессиясын талдоодо жашырылышы мүмкүн болгон өзгөрүүлөрдү ачуу
● Кеңири тажрыйба: 1100дөн ашык PacBio толук метраждуу транскриптомдук долбоорлорду аяктоо жана 2300дөн ашык үлгүлөрдү иштетүү тажрыйбасы менен биздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйбаны алып келет.
● Сатуудан кийинки колдоо: биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде, биз натыйжаларга байланыштуу бардык суроолорду чечүү үчүн долбоорлорду көзөмөлдөө, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардам жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| PolyA байытылган mRNA CCS китепканасы | PacBio уландысы II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A байытылган | Illumina PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиддер
|
| Конц.(нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | актык |
| Illumina китепканасы | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥4,0; Жаныбарлар үчүн: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
| PacBio китепканасы | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр: RIN≥7,5 Жаныбарлар: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз:Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНКны турукташтыруучу түтүктө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Төмөнкү анализди камтыйт:
Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
Альтернативдик полиаденилдөө анализи (APA)
Fusion транскрипт талдоо
Альтернативалык Splicing Талдоо
Universal Sing-Copy Orthologs (BUSCO) анализин салыштыруу
Жаңы транскрипт анализи: коддоо ырааттуулугун (CDS) алдын ала айтуу жана функционалдык аннотация
lncRNA анализи: lncRNA жана максаттарды болжолдоо
MicroSatelite Identification (SSR)
Дифференциалдык Транскрипттердин (DETs) анализи
Дифференциалдык экспрессияланган гендердин (DEGs) анализи
DEGs жана DETs функционалдык аннотациялары
BUSCO анализи
Альтернативалык Splicing Талдоо
Альтернативдик полиаденилдөө анализи (APA)
Дифференциалдык экспрессияланган гендер (DEGs) жана Транскрипттер (DETs9 анализи
DETs жана DEGs протеин-белок өз ара тармактары
BMKGene компаниясынын PacBio 2+3 толук узундуктагы mRNA секвенирлөөсүнө көмөктөшкөн жетишкендиктерди изилдеңиз.
Чао, Q. жана башкалар. (2019) 'Populus странскриптомунун өнүгүү динамикасы', Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206–219-беттер. doi: 10.1111/PBI.12958.
Денг, H. жана башкалар. (2022) ' Actinidia latifolia (аскорбатка бай жемиш өсүмдүктөрү) жемиштердин өнүгүүсү жана бышып жетилиши учурунда аскорбин кислотасынын курамындагы динамикалык өзгөрүүлөр жана ага байланыштуу молекулярдык механизмдер', Эл аралык Молекулярдык илимдер журналы, 23(10), б. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. жана башкалар. (2022) 'Париж полифилласындагы биоактивдүү полифиллиндерге катышкан биосинтетикалык жол гендерин эффективдүү болжолдоо', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1-10-беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. жана башкалар. (2023) 'Tuta absoluta (Мейрик) Транскриптомунун жана Цитохром Р450 генинин PacBio Iso-Seq жана Illumina RNA-Seq анализи', Insects, 14(4), б. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Ricinus communisтеги рицинол кислотасынын биосинтезин жакшыраак түшүнүү үчүн Illumina РНК секвенциясы менен айкалышкан PacBio бир молекулалуу реалдуу убакыт анализин колдонуу менен транскриптомдун татаалдыгын изилдөө', BMC Genomics, 20(1), 1–17-беттер. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
