Шилтеме эмес негизделген mRNA Sequencing-NGS
Өзгөчөлүктөрү
● китепкана даярдоо алдында поли мРНК басып алуу
● Эч кандай маалымдама геномуна көз каранды эмес: транскрипттердин жаңы чогулушунун негизинде, бир нече маалымат базалары менен аннотацияланган унигендердин тизмесин түзүү (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
zz ген экспрессиясын жана транскрипт структурасын комплекстүү биоинформатикалык талдоо
Кызматтын артыкчылыктары
●Extensive Expertise: BMKGENEде 600,000ден ашуун үлгүлөрдү иштетүү боюнча тажрыйбага ээ болгон, клетка маданияттары, кыртыштар жана дене суюктуктары сыяктуу үлгүлөрдүн ар кандай түрлөрүн камтыган биздин команда ар бир долбоорго бай тажрыйбаны алып келет. Биз ар кандай изилдөө домендеринде 100 000 mRNA-Seq долбоорлорун ийгиликтүү жаптык.
●Катуу сапатты көзөмөлдөө: биз үлгүлөрдү жана китепкананы даярдоодон секвенирлөө жана биоинформатикага чейин бардык этаптарда негизги контролдук пункттарды ишке ашырабыз. Бул кылдат мониторинг ырааттуу жогорку сапаттагы натыйжаларды берүүнү камсыз кылат.
● Комплекстүү аннотация: Биз дифференциалдык экспрессияланган гендерди (DEGs) функционалдык аннотациялоо үчүн бир нече маалымат базасын колдонобуз жана тиешелүү байытуу анализин жүргүзөбүз, бул транскриптомдук жооптун негизинде жаткан клеткалык жана молекулярдык процесстер жөнүндө түшүнүк берет.
●Сатуудан кийинки колдоо: биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| Poly A байытылган | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Конц.(нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | актык |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥4,0; Жаныбарлар үчүн: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
● Өсүмдүктөр:
Тамыр, сабагы же желекчеси: 450 мг
Жалбырак же үрөн: 300 мг
жемиш: 1,2 г
● Жаныбар:
Жүрөк же ичеги: 300 мг
Viscera же мээ: 240 мг
Булчуң: 450 мг
Сөөк, чач же тери: 1г
● муунак буттуулар:
Курт-кумурскалар: 6г
Crustacea: 300 мг
● Толук кан: 1 түтүк
● Клеткалар: 106 клеткалар
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. RNAstable түтүктөр: РНК үлгүлөрүн РНКны турукташтыруучу түтүктө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
Транскриптомдук жыйын жана униген тандоо
Unigene аннотация
Үлгү корреляциясы жана биологиялык репликаларды баалоо
Дифференциалдык экспрессияланган гендер (DEGs)
DEG функционалдык аннотациялары
DEGs функционалдык байытуу
BMKGeneнин эукариоттук NGS mRNA секвенирлөө кызматтары тарабынан түзүлгөн жетишкендиктерди изилдеңиз.
Шен, F. жана башкалар. (2020) 'Амур сомунун (Silurus asotus) жыныс бездеринде де ново транскриптомдун жыйындысы жана жыныска багытталган ген экспрессиясы', Геномика, 112(3), 2603–2614-беттер. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Чжан, C. жана башкалар. (2016) 'Транскриптомдук анализи сахарозанын метаболизминин лампочканын шишип кетиши жана пиязда өнүгүүсү (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Сентябрь), б. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Жу, C. жана башкалар. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis транскриптомунун жаңы жыйыны, мүнөздөмөсү жана аннотациясы', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Зоу, Л. (2021) 'De novo transscriptome анализи туздуу стресстин астында Podocarpus macrophyllus тузунун толеранттуулугуна түшүнүк берет', BMC Plant Biology, 21(1), 1-17-беттер. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
