mRNA-seq (NGS) шилтеме геному менен

mRNA-seq (NGS) шилтеме геному менен

RNA-seq геномдор менен протеомалардын ортосундагы ажырымды жоюучу жашоо жана өсүмдүк илимдери боюнча стандарттуу курал. Анын күчү жаңы стенограммаларды табууда жана бир анализде алардын экспрессиясын сандык баалоодо турат. Бул салыштырмалуу транскриптомиялык изилдөөлөр үчүн кеңири колдонулат, ар кандай белгилерге же фенотиптерге тиешелүү гендерге жарык чачат, мисалы мутанттарды жапайы түрлөргө салыштыруу же белгилүү бир шарттарда ген экспрессиясын ачуу. BMKCloud mRNA (Шилтеме) APP экспрессиянын сандык аныктоосун, дифференциалдык экспрессия анализин (DEG) жана ырааттуулуктун структурасын талдоолорду mRNA-seq(NGS) биоинформатика түтүкчөсүнө бириктирет жана окшош программалык камсыздоонун күчтүү жактарын бириктирип, ыңгайлуулукту жана колдонуучуга ыңгайлуулукту камсыздайт. Колдонуучулар RNA-seq маалыматтарын булутка жүктөй алышат, бул жерде Колдонмо комплекстүү, бир жолу биоинформатикалык анализдин чечимин сунуштайт. Андан тышкары, ал кардарлардын тажрыйбасына артыкчылык берип, колдонуучулардын өзгөчө муктаждыктарына ылайыкташтырылган жекелештирилген операцияларды сунуштайт. Колдонуучулар өзүлөрү параметрлерди коюп, түтүк миссиясын тапшыра алышат, интерактивдүү отчетту текшере алышат, маалыматтарды/диаграммаларды көрө алышат жана маалыматтарды толук казып ала алышат, мисалы: максаттуу генди тандоо, функционалдык кластерлөө, диаграмма түзүү ж.б.

Демо натыйжалары

Маалыматтарды казып алуу

Импорт талабы

Негизги анализ

Шилтеме

Демо натыйжалары

Маалыматтарды казып алуу

Импорт талабы

Платформа:Illumina, MGI
Стратегия:RNA-Seq
Макет: Париленген, таза маалыматтар.
Китепкана түрү:fr-unstrand, fr-firststrand же fr-secondstrand
Окуу узундугу:150 bp
Файл түрү:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz же *.fq.gz. Система болот.fastq файлдарын алардын аталыштарына ылайык автоматтык түрдө жупташтыруу,мис. *_1.fastq *._2.fastq менен жупташкан.
Үлгүлөрдүн саны:Номерге эч кандай чектөөлөр жокүлгүлөрдүн саны, бирок талдоо убактысы саны көбөйөтүлгүлөрү өсөт.
Сунушталган маалымат суммасы:Ар бир үлгү үчүн 6G

Негизги анализ

mRNA-seqтын негизги анализи жана биоинформатикалык каражаттары (Шилтеме)түтүк төмөнкүдөй:

1. Чийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө:

•Төмөн сапаттагы ырааттуулуктарды, адаптер ырааттуулугун алып салуу,жана башкалар;

•Инструменттер: ишканада иштелип чыккан түтүк;

2. Маалыматтарды шилтеме геномуна тегиздөө:

• Окууларды сплайс-билимдүү алгоритм менен тегиздөөшилтеме геном.

•Куралдар:HISAT2, samtools

3. Китепкананын сапатын талдоо:

•Инсерттин узундугун талдоо, ырааттуулуктун каныккандыгын талдоо ж.б.;

•Куралдар:samtools;

4. Ырааттуулук структурасын талдоо:

• Альтернативдик сплайсинг анализи, ген структурасын оптималдаштыруу,жаңы генди болжолдоо ж.б.;

•Куралдар:StringTie, gffcompare, GATK,бриллиант, InterProScan, жанаHMMER.

5. Дифференциалдык туюнтма анализи:

•DEG скрининг, биргелешип мамилелерди талдоо, функционалдыкбайытуу;

•Ар кандай визуализация натыйжалары;

•RмененSEGseq, DSEq2, ggplot2, DEXSeq

Шилтеме

1. Ким, Daehwan et al. «Графка негизделген геномду тегиздөө жанаHISAT2 жана HISAT-генотип менен генотиптөө.ЖаратылышБиотехнология37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. «Геномду талдоо куралдары: аКийинки муундагы ДНКны талдоо үчүн MapReduce алкагымаалыматтарды секвенирлөө».Геном изилдөө20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. “Издик тегиздөө/Карта форматы жанаSAMtools."Биоинформатика25 (2009): 2078 - 2079.

4. Пертеа, Михаэла жана башкалар. "StringTie жакшыртылдыРНК-секвдан транскриптомду реконструкциялоо окуйт.ЖаратылышБиотехнология33 (2015): 290-295.

5. Сүйүү, Майкл I. et al. «Бүктөөнүн өзгөрүшүн модерацияланган баалоо жанаDESeq2 менен RNA-seq маалыматтары үчүн дисперсия.ГеномБиология15 (2014): n. бет.

6. Эдди, Шон Р.. "HMM профилинин тездетилген издөөлөрү."PLoS Эсептөө биологиясы7 (2011): n. бет.

mRNA-seq (NGS) шилтеме геному менен

mRNA-seq (NGS) шилтеме геному менен

цитата алуу

Бизге билдирүүңүздү жөнөтүңүз: