Бүт генүм
Сар-Ков-2 Сар-Сар-Ков-2 геномика мониторинги NSP1 жок экендигин ачты
Нанокоре | Иллюмина | Бүт геномду кайрадан калыбына келтирүү | Метагеномика | RNA-SEQ | Сангер
Биомаркерлер технологиялары бул изилдөөдө үлгүлүү ырааттуулукта техникалык колдоо көрсөтүштү.
Урунттуу ойлор
1.Sars-COV-2 Геномумдун ырааттуулугу жана филольнечиялык анализи 35 Recurrent мутациясын, анын ичинде 31 SNPS жана 4 индексиңизди аныктаңыз.
2. 117 клиникалык фенотип менен коштолгон
Маанилүү мутациялар.
Δ500-532 НОСП1де коддоо режиминде төмөн вирустук
3. Жүктөө жана Сары-Сары IFN-β.
4. δ500-532 Мутациясы менен мутация менен утушка ээ Ifn-i
жуккан клеткаларга жооп.
Эксперименталдык дизайн
Жетишкендиктер
1 Ковид-19 Эпидемиологиялык жана Геномикалык көзөмөл
2020-жылдын 20-январга чейин Сычуань провинциясында клиникалык маалыматтар, 2020-жылдын 20-февралына чейин чогултулган. Капитал. Сичуандагы учурларды тастыктаган учурлар 30-январда чайпалап чыкты. Ошондой эле, маалыматтарды колдоого алынды, бул вирустун жайылышынын алдын алуу үчүн негизги фактор болушу мүмкүн.
1-сүрөт. Сичуан провинциясындагы Ковид-19 Эпидемиологиялык Изилдөө
2. Сарс-ков-2 Геном куруу жана варианттар идентификациялоо
Мультиплекстүү пОКнын амплитиясы менен, андан кийин Нанипордун ырааттуулугу, болжол менен 310 жакынкы же жарым-жартылай толук же жарым-жартылай толук геномдорду түздү. 10 окуган геномдордун 80% (орточо тереңдикте: 0,39 м үлгүгө окуйт).
2-сүрөт. Сычуань Кохорттун ар бир варианттарынын жыштыгы
Сар-Ков-2 геномдорунан жалпысынан 104 серия жана 18 индекс аныкталган, ал 31 SRS жана 4 жана 4 индекстин кайталануучу генетикалык варианттары катары аныкталган. Аларды 169 үлгүлөр менен салыштыруу менен, Вухандан 81,391 жогорку сапаттагы ПАЙДАЛУУ ПАЙДАЛАНУУЛУКТЫН ТИЗМЕСИ, 19 вариант башка континенттерде сунушталган 35 жашта табылган 29 жашта. Белгилей кетсек, ac18108at, ac18108at, ac18108at, ac1834, ac12243c, Сичуан жана Уханга жана Вуханга катышкан, бул вариант Вухан менен таанышууга үндөгөн деп эсептешкен бейтаптардын саякат жазуулары.
Эволюционистикалык талдоо - максималдуу ыктымалдуулук (мл) методу жана байисян молекулярдык саатына байланыштуу 88 жаңы вирус Сичуан Сичуан жана башка региондордон 250 кургатылган геномду иштеп чыгышкан. Δ500-532 менен геномдор (NSP1 Капдоо аймагында жок кылуу) филогенетикалык даракта сейрек кездешет. NSP1 варианттары боюнча Haplotype анализи бир нече шаардан 5и аныкталды. Бул натыйжалар δ500-532 Бир нече шаарларда болгонун жана Ухандан бир нече жолу импорттолушу мүмкүн деп болжолдошкон.
2-сүрөт. Сарс-Сов-2деги Фимогенетикалык анализ
3. Клиникалык кесепеттер менен кайталануучу генетикалык варианттардын ассоциациясы
117 Клиникалык фенотип, Ковид-19 оорулуу менен байланыштуу, ал жерде 19 катаал фенотиптер катуу жана катуу эмес белгилерге бөлүнгөн. Бул белгилер менен 35 кайталануучу генетикалык ички варианттардын ортосундагы мамиле би-кластердин ыплас картасында болгон. GEEAга окшогон рангдагы байытууну көрсөтүп, δ500-532 эскр менен байланышкан, сарысфа, IFN-β andCd3 + CD8 + CD-клетканын клеткалары менен терс байланышкан. Андан тышкары, QPCR тесттери Вирус Харбор менен жуккан бейтаптар δ500-532 жуккан пациенттер эң жогорку деңгээлге ээ, б.а. вирустук жүктүн жүгүн түзгөнүн көрсөттү.
3-сүрөт. Клиникалык фенотиптери бар 35 кайталануучу генетикалык варианттардын бирикмелери
4. Вирустук мутация боюнча вирустук мутация боюнча текшерүү клиникалык фенотиптер
NSP1 функциялары боюнча δ500-532 фундаментинин таасирин түшүнүү үчүн, хек 239.229T клеткаларын толук узундуктагы, wt nsp1 жана мутант пайда болгон плазмиддер менен өткөрүлүп берилди. Транскриптомдун ар бир дарылоочунун транскриптома профилдери PCA талдоосу үчүн иштелип чыккан, бирок өчүрүү мутанттар салыштырмалуу жакыныраак жана WT NSP1ден олуттуу айырмаланган. Мутанттарда бир топ жөнгө салынган гендер "Рибонуклеопроотетика процесси", "Рибонуклеопроотетикалык процесстерине байытылган", "Мембранага багытталган белок / E.
4-сүрөт. WT NSP1 тарабынан өткөрүлүп берилген Hek230 клеткаларындагы транскриптомдук анализ жана жок кылуу менен
ИФН-1 жоопторунун жок кылынышына карабастан, overexpressed изилдөөдө да сыналган. Бардык сыналган жок кылуулар, трансприптом деңгээлиндеги транскриптом деңгээлдеги жана протеин деңгээлинде эки транскриптомдук деңгээлде эки жана A549 клеткаларын азайтуу үчүн көрсөтүлдү. Кызыктуусу, "Вирустун коргонуусуна" олуттуу түрдө жөнгө салынуучу гендер "Вируска", "Вирустук реплика", "РНК полимераза II тарабынан" транскрипциясын жөнгө салуу "жана" I Interveron'го жооп берүү ".
5-сүрөт. Δ500-532 Мутантка interweroning жолдору
Бул изилдөөдө бул жок кылуунун вирусуна тийгизген таасири вирустук инфекция иликтөөсү менен тастыкталды. Айрым мутанттар менен вирустар клиникалык үлгүлөрдөн обочолонуп, калу-3 клеткага жуккан. Вирустук инфекцияны изилдөө боюнча деталдуу натыйжалар документти окууга болот.
DOI:10.1016 / J.Hom.2021.01.015
Маалымдама
Лин Дж, Танг С, Вэй Х жана В. SARS-COV-2 геномикалык мониторинги NSP1 жок, бул модулалар INHERFERONT жоопторунун түрүн ачып, NSP1 жок. Клетка хост жана Микроб, 2021.
Жаңылыктар жана маанилүү учурлар Ийгиликке жеткен илимий жетишкендиктерди, ошондой эле изилдөө учурунда колдонулган көрүнүктүү ыкмаларды жана белгилүү бир ыкмаларды тарткан акыркы ийгиликтүү иштерди бөлүштүрүүдө.
Пост убактысы: январь-06-2022