Nanopore Толук узундуктагы транскриптом

Nanopore транскриптомунун секвенциясы толук узундуктагы кДНКларды секвенирлөөнүн, транскрипт изоформаларын так аныктоонун жана санын аныктоонун күчтүү ыкмасы болуп саналат. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline Nanopore платформасында түзүлгөн RNA-Seq маалыматтарын ген жана транскрипт деңгээлинде сапаттык жана сандык анализди камсыз кылуучу, жогорку сапаттагы жакшы аннотацияланган маалымдама геномуна каршы талдоо үчүн иштелип чыккан. Сапатты контролдоодон кийин толук узундуктагы химерикалык эмес (FLNC) ырааттуулуктар алынат жана ашыкча транскрипттерди алып салуу үчүн консенсус тизмектери шилтеме геномуна түшүрүлөт. Бул транскрипт топтомунан экспрессия сандык жана дифференциалдуу экспрессияланган гендер жана транскрипттер аныкталып, функциялык аннотацияланат. Түтүк ошондой эле альтернативдик полиаденилдөө (APA) анализин, альтернативдик сплайсинг анализин, жөнөкөй ырааттуулукту кайталоону (SSR) анализин, lncRNA жана тиешелүү максаттарды болжолдоо, коддоо ырааттуулугун (CDS), гендердин үй-бүлөсүнүн анализин, транскрипция факторунун анализин, жаңы гендердин болжолун камтыйт. жана стенограммалардын функционалдык аннотациясы.