● Зонддор менен максаттуу байытуунун негизинде эки экзома панели жеткиликтүү: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) жана xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Illumina NovaSeq боюнча секвенирлөө.
● Оорунун анализине же шишик анализине багытталган биоинформатикалык түтүк.
●Протеинди коддоо аймагын максат кылат: Белок коддоо аймактарын басып жана секвенирлөө менен, hWES белоктун түзүлүшү менен байланышкан варианттарды ачуу үчүн колдонулат.
●Эффективдүү чыгымдар:hWES адам геномунун 1% адам оорусу менен байланышкан мутациялардын болжол менен 85% берет.
●Жогорку тактык: Жогорку секвенирлөө тереңдиги менен hWES жалпы варианттарды да, жыштыгы 1% дан төмөн болгон сейрек варианттарды да табууга көмөктөшөт.
●Катуу сапатты көзөмөлдөө: Биз үлгүлөрдү жана китепкананы даярдоодон секвенирлөө жана биоинформатикага чейинки бардык этаптарда беш негизги контролдук пункттарды ишке ашырабыз. Бул кылдат мониторинг ырааттуу жогорку сапаттагы натыйжаларды берүүнү камсыз кылат.
●Комплекстүү биоинформатика анализи: биздин түтүк референт геномунун вариацияларын аныктоо менен чектелбейт, анткени ал оорулардын генетикалык аспектилерине же шишик анализине байланыштуу изилдөө суроолорун чечүү үчүн иштелип чыккан өркүндөтүлгөн анализди камтыйт.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Exon Capture Strategy | Секвенирлөө стратегиясы | Сунушталган маалымат чыгаруу |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) же xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Гб Менделиялык оорулар/сейрек кездешүүчү оорулар үчүн: > 50x шишик үлгүлөрү үчүн: ≥ 100x |
Үлгү түрү
| Суммасы(Qubit®)
| Концентрация | Көлөм
| Тазалык(NanoDrop™) |
Геномдук ДНК
| ≥ 50 нг | ≥ 6 нг/мкл | ≥ 15 мкл | OD260/280=1,8-2,0 деградация, булгануу жок
|
hWES-оорунун үлгүлөрүн биоинформатикалык талдоо төмөнкүлөрдү камтыйт:
● Берилиштерди иреттөө QC
● Геномду тегиздөө
● SNP жана InDels идентификациясы
● SNP жана InDels функционалдык аннотациясы
Шишик үлгүлөрүнүн биоинформатикалык анализи төмөнкүлөрдү камтыйт:
● Берилиштерди иреттөө QC
● Геномду тегиздөө
● SNPs, InDels жана соматикалык вариацияларды аныктоо
● урук линиясынын варианттарын аныктоо
● Мутация колтамгаларын талдоо
● Функцияга ээ болгон мутациялардын негизинде жетектөөчү гендерди идентификациялоо
● Дарыга сезгичтик деңгээлиндеги мутация аннотациясы
● Гетерогендүүлүк анализи – тазалыкты жана плоиддүүлүктү эсептөө
Маалымат QC - Exome басып алуу статистикасы
Варианттын идентификациясы – InDels
Өркүндөтүлгөн анализ: зыяндуу SNP/InDels аныктоо жана бөлүштүрүү - Circos сюжет
Шишик анализи: соматикалык мутацияларды аныктоо жана бөлүштүрүү - Circos сюжети
Шишик анализи: клондук тукумдар