Hi-C негизиндеги хроматиндин өз ара аракеттенүүсү
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● PE150 менен Illumina NovaSeq боюнча секвенирлөө.
● Кызмат формальдегид менен кайчылаш байланышты жана ДНК-белоктун өз ара аракеттенүүсүн сактоо үчүн алынган нуклеиндик кислоталардын ордуна кыртыш үлгүлөрүн талап кылат.
● Hi-C эксперименти жабышчаак учтарын биотин менен чектөөнү жана оңдоону, андан кийин өз ара аракеттенүүнү сактап, пайда болгон туңгуюк учтарды айлантууну камтыйт. Андан кийин ДНК стрептавидин мончоктору менен түшүрүлүп, китепкананы кийинки даярдоо үчүн тазаланат.
Кызматтын артыкчылыктары
●Оптималдуу чектөө энзиминин дизайны: 93% чейин жарактуу өз ара жуптар менен ар кандай түрлөр боюнча жогорку Hi-C натыйжалуулугун камсыз кылуу.
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуулары:BMKGene 800 түрдүү түрдөгү > 2000 Hi-C секвенирлөө долбоорлору жана ар кандай патенттер боюнча чоң тажрыйбага ээ. Аккумулятордук импакт-фактор 900дөн ашкан 100дөн ашык жарыяланган иштер.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы:Hi-C эксперименттери жана маалыматтарды талдоо үчүн ички патенттер жана программалык камсыздоонун автордук укуктары жана өз алдынча иштелип чыккан визуализация маалымат программасы менен.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Комплекстүү аннотация: биз аныкталган вариациялары бар гендерге функционалдык аннотациялоо үчүн бир нече маалымат базасын колдонобуз жана бир нече изилдөө долбоорлору боюнча түшүнүктөрдү камсыз кылуу менен тиешелүү байытуу анализин жүргүзөбүз.
Кызмат спецификациялары
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Сунушталган маалымат чыгаруу | Hi-C сигналынын чечилиши |
| Hi-C китепканасы | Illumina PE150 | Хроматин цикли: 150x TAD: 50x | Хроматин цикли: 10Kb TAD: 40Kb |
Кызмат талаптары
| Үлгү түрү | Керектүү сумма |
| Жаныбарлардын тканы | ≥2г |
| Whole Blood | ≥2 мл |
| Козу карындар | ≥1г |
| Өсүмдүк - жаш кыртыш | 1г/аликвот, 2-4 аликвот сунушталат |
| Маданияттуу клеткалар | ≥1x107 |
Төмөнкү анализди камтыйт:
● чийки маалымат QC;
● Карталоо жана Hi-C китепканасынын QC: жарактуу өз ара жуптар жана Interaction Decay Exponents (IDEs);
● Геном боюнча өз ара аракеттенүү профилин түзүү: cis/trans анализ жана Hi-C өз ара аракеттенүү картасы;
● А/В бөлүмдөрүнүн бөлүштүрүлүшүн талдоо;
● TAD жана хроматин илмектерин идентификациялоо;
● Үлгүлөрдүн арасындагы 3D хроматин структурасынын элементтерине дифференциалдык анализ жана тиешелүү гендердин функционалдык аннотациялары.
Cis жана транс пропорцияларынын бөлүштүрүлүшү
Үлгүлөрдүн ортосундагы хромосомалык өз ара аракеттенүүнүн жылуулук картасы
A/B бөлүмдөрүнүн геном боюнча бөлүштүрүлүшү
Хроматин илмектеринин геномдук таралышы
TADтердин визуализациясы
BMKGeneнин Hi-C секвенирлөө кызматтары тарабынан түзүлгөн илимий жетишкендиктерди басылмалардын тандалып алынган жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Менг, Т. жана башкалар. (2021) "Салыштырмалуу интеграцияланган мульти-омика анализи CA2ди хордома үчүн жаңы максат катары аныктайт",Нейро-онкология, 23(10), 1709–1722-беттер. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Сю, Л. жана башкалар. (2021) '3D дезорганизациясы жана геномдун кайра түзүлүшү интеграцияланган Hi-C, Nanopore жана РНК секвенциясы аркылуу NAFLD патогенези жөнүндө түшүнүк берет',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150–3164-бб. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
